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N3-乙基假尿苷:性质、用途及实验室操作指南

N3-Ethyl pseudouridine是天然RNA核苷假尿苷的一种合成N3-烷基化类似物,用于研究RNA修饰生物学,并评估N3-取代对核苷碱基配对、稳定性及翻译活性的影响。

化学名称
N3-乙基假尿苷(5-(β-D-呋喃核糖基)-3-乙基尿嘧啶)
母体化合物
假尿苷(Ψ),是含量最丰富的转录后RNA修饰核苷
关键结构特征
在尿嘧啶碱基的N3位引入乙基,阻断该位点经典的Watson-Crick氢键
研究用途
用于研究N3修饰对RNA功能、翻译及免疫识别影响的工具化合物
供应商编号
Aladdin货号:N1425682;亦可参考MCE编号HY-152417
建议储存条件
按供应商SDS储存;通常建议-20°C避光防潮保存(请以产品SDS为准)

背景与化学性质

假尿苷(Ψ)是真核生物RNA中最常见的转录后修饰,由尿苷经异构化形成,糖苷键从尿嘧啶碱基的N1位转移至C5位。这种重排使N1-H暴露于大沟中,可参与额外的氢键形成,被认为能增强RNA结构稳定性。

N3-乙基假尿苷是一种化学合成的类似物,在假尿苷碱基的N3氮原子上引入了乙基。由于N3在天然假尿苷的Watson-Crick碱基配对中发挥作用,在该位置引入较大的乙基取代基会破坏或显著改变经典氢键,使N3-乙基假尿苷成为研究RNA行为中各功能基团机制贡献的重要工具化合物。

关键理化性质注意事项(具体数值请以产品质检报告为准):

  • 分子骨架:假尿苷核糖核苷,尿嘧啶部分N3位具有乙基取代。
  • 核糖保留标准的β-D-呋喃糖构型。
  • 溶解性:预计具有中等水溶性;通常采用先溶于DMSO再水溶液稀释的方式配制储液(请参阅SDS确认)。

科研应用

N3-乙基假尿苷主要作为以下研究场景中的机制探针和合成构建单元:

  1. RNA修饰生物学:研究人员利用N3-烷基化假尿苷类似物,研究含假尿苷RNA结构、核糖体RNA及小核RNA(snRNA)中N3-H氢键的功能重要性。
  2. mRNA治疗学研究:核苷修饰mRNA领域(以已获批mRNA疫苗中N1-甲基假尿苷的应用为代表)对多种修饰核苷的需求不断增加。N3-乙基假尿苷可用于比较研究不同N3取代对先天免疫激活、翻译效率及mRNA稳定性的影响,以未修饰或N1修饰类似物为对照。
  3. 化学生物学工具化合物:该化合物可通过化学合成掺入寡核苷酸,用于探究局部RNA结构、蛋白质-RNA相互作用界面以及核糖体解码保真度。
  4. 合成化学参考标准品:N3-乙基假尿苷可作为制备更复杂修饰核苷库的中间体或参考标准品。

注意:具体生物活性数据应参考原始文献或经验证的检测数据;上述内容代表该类化合物在研究中的一般性应用背景。

操作、溶解与储存规范

遵守正确的操作规程对于保持化合物完整性、确保实验结果可重复性至关重要。以下为核苷类似物试剂的通用最佳操作规范;请务必查阅Aladdin Scientific提供的产品专用安全数据表(SDS)和质检报告(CoA)。

个人防护装备(PPE)

  • 操作时穿戴合适的实验服、丁腈手套和护目镜。
  • 若产生粉尘或气溶胶,应在通风良好的区域或通风橱中操作。

储液配制

  • 开瓶前应将样品瓶平衡至室温,以防止水分凝结在化合物上。
  • 配制水性储液时,如溶解度允许,建议溶于无核酸酶水或适当缓冲液(如pH 7.4磷酸盐缓冲盐水)。
  • 若水溶性不足,可先用无水DMSO配制主储液(通常为10–100 mM),再用水性介质稀释。确保终DMSO浓度与实验体系相容(细胞实验通常≤0.1% v/v)。
  • 轻柔涡旋混匀,使用前目视确认完全溶解。

储存条件

  • 将原料储存于-20°C密封干燥避光容器中。
  • 将储液分装成小份,避免反复冻融,因为反复冻融会导致核苷类似物降解。
  • 在每个分装小份上记录配制日期和有效期。

所有储存温度和稳定性数据应以Aladdin Scientific货号N1425682产品SDS和CoA为准,制造商验证数据优先于通用指南。

质量、纯度与法规注意事项

N3-乙基假尿苷等研究级核苷类似物仅供实验室研究使用,未获批用于人体治疗或诊断。以下质量注意事项适用于本产品:

  • 纯度:从每批次附带的质检报告中确认纯度等级(例如HPLC法≥95%或≥98%)。如需获取货号N1425682的CoA文件,请联系Aladdin Scientific客户服务。
  • 鉴别验证:常用鉴别分析方法包括1H NMR、13C NMR、高分辨质谱(HRMS)和HPLC-UV。将检测数据与假尿苷类似物的文献值进行比对。
  • 批次间一致性:对于需要高重复性的研究(如体外转录或细胞实验),请索取批次专属分析数据,并考虑从同一批次配制冻存主储液。
  • 法规状态:本化合物仅供研究使用(RUO)。用户有责任遵守所有适用的地方、国家及机构关于研究化学品采购、储存和使用的法规。

常见问题

N3-乙基假尿苷与mRNA疫苗中使用的N1-甲基假尿苷有何区别?

N1-甲基假尿苷在假尿苷碱基的N1位携带甲基,已在已获批mRNA疫苗中得到验证,能够降低先天免疫激活同时保持较高的翻译效率。相比之下,N3-乙基假尿苷在N3位携带乙基,干扰N3位而非N1位的Watson-Crick氢键;其相对于N1-甲基假尿苷的免疫学和翻译特性尚未在临床应用中得到确立,需要针对每种预期用途进行实验表征。

如何为体外转录反应配制N3-乙基假尿苷工作溶液?

首先,开瓶前将样品瓶平衡至室温。若化合物具有足够的水溶性,可将其溶于无核酸酶水或适当的反应相容性缓冲液,配制储液(如10–100 mM);如有准确消光系数,可通过分光光度法确认浓度。若水溶性受限,可先用无水DMSO配制中间储液,再稀释至不抑制所用聚合酶的终DMSO浓度。请务必查阅货号N1425682产品的CoA和SDS以获取产品专属溶解度数据。

N3-乙基假尿苷在室温下稳定吗?如何管理长期储液?

与大多数核苷类似物一样,N3-乙基假尿苷在低温、干燥、避光条件下储存时稳定性更好。建议将长期储液在-20°C以单次用量分装保存,避免反复冻融导致降解。室温稳定性未在本指南中独立验证;用户应以产品SDS和CoA中制造商提供的稳定性数据为准。

N3-乙基假尿苷能否通过固相合成掺入RNA寡核苷酸?

原则上,带有适当保护基和亚磷酰胺活化的假尿苷类似物可通过标准固相合成方案掺入RNA寡核苷酸。然而,N3-乙基假尿苷的亚磷酰胺衍生物是否已商业化或已合成用于此目的,需查阅原始文献并与寡核苷酸合成供应商确认;Aladdin货号N1425682产品为游离核苷形式。

参考文献

  1. Karikó K, Buckstein M, Ni H, Weissman D. Suppression of RNA recognition by Toll-like receptors: the impact of nucleoside modification and the evolutionary origin of RNA. Immunity. 2005;23(2):165-175. doi:10.1016/j.immuni.2005.06.008
  2. Roundtree IA, Evans ME, Pan T, He C. Dynamic RNA modifications in gene expression regulation. Cell. 2017;169(7):1187-1200. doi:10.1016/j.cell.2017.05.045
  3. Charette M, Gray MW. Pseudouridine in RNA: what, where, how, and why. IUBMB Life. 2000;49(5):341-351. doi:10.1080/152165400410182
  4. Aladdin Scientific product page. N3-Ethyl pseudouridine, SKU N1425682. [Supplier product information; cross-referenced to MCE HY-152417].

产品仅供科研与开发使用,不用于人体、动物、诊断或治疗。

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Da — 若无特别说明,分子量单位默认为道尔顿。   Mw — 重均分子量。   Mn — 数均分子量。

产品仅供科研与开发使用,不用于人体、动物、诊断或治疗。

引用本文

阿拉丁科学.《N3-乙基假尿苷:性质、用途及实验室操作指南》. 阿拉丁知识库,更新于 2026年9月28日。 https://www.aladdin-e.com/zh_cn/faqs/n3-ethyl-pseudouridine-properties-uses-lab-handling-guide.html
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