PFI-7 PWWP 结构域抑制剂:研究使用指南
PFI-7 PWWP 结构域抑制剂:研究使用指南
PFI-7 是一种选择性、细胞活性化学探针,专门设计用于抑制PWWP读取结构域,帮助研究人员深入解析PWWP介导的组蛋白识别在表观遗传调控中的作用。
- 产品名称
- PFI-7
- 货号
- P1441830
- 靶点类别
- PWWP读取结构域(表观遗传)
- 应用方向
- 表观遗传学研究;染色质生物学化学探针
- 细胞活性
- 具有细胞活性(请以供应商数据表为准)
- 推荐储存条件
- -20 °C,避光防潮储存(请以质检报告为准)
简介与作用机制
PFI-7是一种选择性化学探针,靶向PWWP(Pro-Trp-Trp-Pro)读取结构域——一类能够识别甲基化组蛋白残基并促进下游染色质调控事件的表观遗传识别模块。PWWP结构域存在于多种组蛋白甲基转移酶及染色质相关蛋白中,包括NSD(核受体SET结构域)家族成员。PFI-7通过竞争性占据PWWP结构域的组蛋白结合口袋,破坏蛋白质-染色质相互作用,而不直接抑制催化性SET结构域的酶活性,从而提供了一种机制上独特的表观遗传干预方式。
这种作用模式使PFI-7成为研究多结构域表观遗传调控因子中读取功能与甲基转移酶活性分离的重要研究工具,有助于在肿瘤、发育及基因调控领域推动读取结构域生物学研究。
制备与溶解性
使用前,请查阅随每批次PFI-7(货号:P1441830)提供的质检报告(CoA)和安全数据表(SDS),以获取经确认的纯度、分子量及溶解性数据。以下为适用于此类小分子PWWP抑制剂的通用最佳操作指南:
- 储备液制备:PFI-7通常溶于二甲基亚砜(DMSO)制备高浓度储备液(一般为10–50 mM)。在制备高浓度储备液前,请参照批次专属CoA核实溶解度限值。
- 工作浓度:使用前将储备液立即稀释至水相检测缓冲液或细胞培养基中。在细胞实验中,确保DMSO终浓度不超过0.1–0.5%(v/v),以避免细胞毒性干扰。
- 过滤除菌:若制备水相溶液,充分混匀后经0.2 µm滤膜过滤,以确保细胞培养应用的无菌性。
- 超声处理:若出现沉淀,可短暂水浴超声以助溶解。
注意:所有溶解度及浓度数值应以批次专属CoA为准。如发现任何差异,请联系Aladdin Scientific技术支持。
储存与稳定性
妥善储存PFI-7对于维持化合物完整性和实验重现性至关重要:
- 长期储存:将纯品置于密封容器中,在-20 °C避光防潮条件下储存。具体储存条件请以产品CoA为准。
- 储备液:DMSO储备液可在-20 °C短至中期保存(最长数月)。避免反复冻融;条件允许时建议分装为单次使用量。
- 工作液:水相工作液应在实验当天新鲜配制,勿长时间保存稀释的水相溶液。
- 容器:使用棕色瓶或铝箔包裹的样品瓶以减少光降解。
所有稳定性数据均应以批次专属CoA和SDS为准。Aladdin Scientific建议在长期储存后通过分析方法(如HPLC、NMR)验证化合物完整性。
实验应用与对照设置
PFI-7作为研究工具化合物,适用于探索PWWP读取结构域生物学的生化及细胞实验。建议应用场景包括:
- 生化结合实验:将PFI-7用于等温滴定量热法(ITC)、表面等离子体共振(SPR)或AlphaScreen实验,以表征PWWP结构域与组蛋白肽段的相互作用并确认靶点结合。
- 细胞染色质研究:以经验确定的浓度处理细胞,通过染色质免疫沉淀(ChIP)或细胞热位移实验(CETSA)评估含PWWP蛋白的染色质定位变化。
- 基因表达谱分析:将PFI-7处理与RNA-seq或定量RT-PCR相结合,鉴定由PWWP读取活性调控的转录程序。
- 对照设置:实验中务必包含:(1)溶剂对照(等量DMSO浓度);(2)具有相同化学骨架但缺乏PWWP结合活性的阴性对照化合物(如有);(3)适用时设置阳性对照。
研究人员应根据具体实验背景,经验性优化化合物浓度、处理时间及细胞系选择。如需已验证实验方案的指导,请参阅描述PFI-7表征的原始文献。
安全、操作及法规注意事项
PFI-7仅供实验室研究使用,未经批准用于人体或兽医诊断及治疗用途。请遵守以下注意事项:
- 依照货号P1441830随附的SDS进行操作。穿戴适当个人防护装备(PPE):实验室工作服、耐化学品手套及护目镜。
- 在通风良好的区域或通风橱中操作,尤其在处理DMSO储备液时。
- 依照所在机构及政府关于化学废物的法规妥善处置化合物废液。
- DMSO会增强溶解化合物的皮肤渗透性;避免含PFI-7溶液与皮肤接触。
- 该化合物未被列为管制物质,但研究人员应遵守所有适用的机构生物安全及化学品安全规定。
如需最新危害分类信息,请参阅Aladdin Scientific为批次P1441830提供的SDS。
常见问题
PFI-7的主要靶点是什么?
PFI-7是PWWP读取结构域的选择性抑制剂,PWWP是一类能够识别组蛋白甲基化修饰并招募染色质调控复合物的表观遗传模块。PFI-7不直接抑制其靶蛋白的催化性甲基转移酶(SET结构域)活性。
PFI-7应溶于何种溶剂?
PFI-7通常溶于DMSO以制备高浓度储备液,随后将工作液稀释至适当的水相缓冲液或细胞培养基中。配制溶液前,请务必参照批次专属质检报告核实溶解性。
在细胞实验中使用PFI-7时应设置哪些对照?
研究人员应设置溶剂对照(相同终浓度的DMSO)、无活性阴性对照化合物(如有)以及阳性对照(条件允许时)。这样可确保观察到的效应归因于PWWP结构域抑制,而非溶剂毒性或脱靶活性。
应如何储存PFI-7储备液以保持其稳定性?
PFI-7的DMSO储备液应在-20 °C避光防潮条件下储存,建议分装为单次使用量以避免反复冻融。具体长期稳定性条件请以每批次随附的CoA为准。
PFI-7是否适用于体内研究?
PFI-7主要被表征为具有细胞活性的体外研究工具。其用于体内药理学研究的适用性取决于药代动力学特性,而现有资料对此描述尚不完整;研究人员在使用前应查阅原始文献并进行适当的体内可行性评估。
参考文献
- Böttcher J et al. Fragment-based discovery of a chemical probe for the PWWP1 domain of NSD3. Nature Chemical Biology, 2019.
- Structural Genomics Consortium (SGC). PFI-7 chemical probe characterisation data. Available at: www.thesgc.org
- Aladdin Scientific. Product datasheet and Certificate of Analysis for PFI-7, SKU P1441830.
产品仅供科研与开发使用,不用于人体、动物、诊断或治疗。
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