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Dmt-2'fluoro-da(bz) amidite
别名
2'fluoro-da(bz)亚磷酰胺单体|DMT-2'-氟-dA(Bz)亚磷酰胺|N-苯甲酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-3'-O-[(2-氰基乙氧基)(二异丙基氨基)膦基]-2'-脱氧-2'-氟腺苷|N-苯甲酰基-5'-O-[双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]-3'-O-[(2-氰基乙氧基)(二异丙基氨基)膦基]-2'-脱氧-2'-氟腺苷
概述
Dmt-2'fluoro-da(bz) amidite, an uniformly modified 2'-deoxy-2'-fluoro phosphorothioate oligonucleotide, is a nuclease-resistant antisense compound with high affinity and specificity for RNA targets. Dmt-2'fluoro-da(bz) amidite is also an intermediate for 5’-DMT-3’-phosphoramidite synthesis.
Form:Solid
规格
别名
2'fluoro-da(bz)亚磷酰胺单体 | DMT-2'-氟-dA(Bz)亚磷酰胺 | N-苯甲酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-3'-O-[(2-氰基乙氧基)(二异丙基氨基)膦基]-2'-脱氧-2'-氟腺苷 | N-苯甲酰基-5'-O-[双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]-3'-O-[(2-氰基乙氧基)(二异丙基氨基)膦基]-2'-脱氧-2'-氟腺苷
英文别名
DMT-2'Fluoro-dA(bz) Phosphoramidite, configured for ABI | (2R,3R,4R,5R)-5-(6-Benzamido-9H-purin-9-yl)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-fluorotetrahydrofuran-3-yl (2-cyanoethyl) diisopropylphosphoramidite | N-[9-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl] 展开
规格或纯度
≥98%(mixture of isomers)
英文名称
Dmt-2'fluoro-da(bz) amidite
生化机理
Dmt-2'-氟-da(bz)脒是一种均匀修饰的 2'-脱氧-2'-氟硫代磷酸酯寡核苷酸，是一种抗核酸酶的反义化合物，对 RNA 靶点具有高亲和力和特异性。Dmt-2'-氟-da(bz)亚酰胺也是一种能与 RNA 结合的中间体。
纯度
≥98%(mixture of isomers)
名称和识别符
IUPAC Name
N-[9-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxy-3-fluorooxolan-2-yl]purin-6-yl]benzamide
INCHI
1S/C47H51FN7O7P/c1-31(2)55(32(3)4)63(60-27-13-26-49)62-42-39(61-46(40(42)48)54-30-52-41-43(50-29-51-44(41)54)53-45(56)33-14-9-7-10-15-33)28-59-47(34-16-11-8-12-17-34,35-18-22-37(57-5)23-19-35)36-20-24-38(58-6)25-21-36/h7-12,14-25,29-32,39-40,42,46H,13,27-28H2,1-6H3,(H,50,51,53,56)/t39-,40-,42-,46-,63?/m1/s1
InChi Key
VCCMVPDSLHFCBB-MSIRFHFKSA-N
Smiles
CC(C)N(C(C)C)P(OCCC#N)OC1C(OC(C1F)N2C=NC3=C(N=CN=C32)NC(=O)C4=CC=CC=C4)COC(C5=CC=CC=C5)(C6=CC=C(C=C6)OC)C7=CC=C(C=C7)OC
Isomeric SMILES
CC(C)N(C(C)C)P(OCCC#N)O[C@@H]1[C@H](O[C@H]([C@@H]1F)N2C=NC3=C(N=CN=C32)NC(=O)C4=CC=CC=C4)COC(C5=CC=CC=C5)(C6=CC=C(C=C6)OC)C7=CC=C(C=C7)OC
高级数据
系统学分类
界（kingdom)
有机化合物
超类（Superclass)
核苷、核苷酸及其类似物
类（Class)
核苷和核苷酸类似物
亚类（Subclass）
核糖核苷亚磷酰胺
中间层级节点（Intermediate Tree Nodes）
暂无
直接上位类(Direct Parent)
核糖核苷亚磷酰胺
其他上位类（Alternative Parents）
咪唑并嘧啶类 苄醚 苯甲酰胺类 苯氧基化合物 甲氧基苯 苯甲酰衍生物 茴香醚 烷基芳基醚 嘧啶和嘧啶衍生物 N-取代咪唑 N-酰胺 单糖 咪唑内酰胺类 四氢呋喃 咪唑啉 杂芳族化合物 炔丙基型1,3-偶极有机化合物 氧环化合物 腈类 甲脒 二烷基醚 羧酸酰胺 甲脒类 氮杂环化合物 有机光子化合物 有机氟化物 有机氧化物 碳氢化合物衍生物 烷基氟化物
分子骨架（Molecular Framework)
芳香族杂多环化合物
取代基（Substituents）
2-碘苯酚 - 芳基醚 - 氟化烷基 - 烷基溴化物 - 氨基脒 - 茴香醚 - 芳香族杂多环化合物 - 氮杂环 - 吡唑 - 苯甲酰胺 - 苯基化合物 - 苯甲酸或衍生物 - 苯甲酰 - 苄基醚 - 碳腈 - 羧酰胺基 - 羧酰亚胺 - 羧酸衍生物 - 二烷基醚 - 乙醚 - 甲酰胺 - 杂芳香族化合物 - 烃衍生物 - 咪唑哌啶 - 咪唑内酰胺 - 甲氧基苯 - 单环苯基基团 - 单糖 - N-酰胺基胺 - N-取代咪唑 - 氰基化合物 - 有机1,3-双极性化合物 - 有机硝基化合物 - 有机氧化物 - 有机氧化合物 - 有机氟化物 - 有机卤化物 - 有机杂环化合物 - 有机氮化合物 - 有机氧化合物 - 有机氮化合物 - 氧杂环 - 苯酚醚 - 苯氧基化合物 - 丙炔型1,3-双极性有机化合物 - 嘧啶 - 核糖核苷磷酰胺酯 - 四氢呋喃
描述（Description）
该化合物属于核糖核苷磷酰胺酯类有机化合物。这类核糖核苷类似物由核碱基（通常为嘌呤或嘧啶）与核糖或脱氧核糖连接而成，其2'、3'或5'位通过磷酰胺酯基团进行保护。
外部描述符（External Descriptors）
暂无
化学和物理性质
溶解性
DMSO : 100 mg/mL (114.17 mM; Need ultrasonic)
氢键供体数Hydrogen Bond Donor Count
1
氢键受体数Hydrogen Bond Acceptor Count
13
可旋转键计数Rotatable Bond Count
19
精确质量Exact Mass
875.357 Da
单同位素质量Monoisotopic Mass
875.357 Da
拓扑极表面积Topological Polar Surface Area
155.000 Ų
同位素原子数Isotope Atom Count
0
定义的原子立体中心计数Defined Atom Stereocenter Count
4
未定义的原子立体中心计数Undefined Atom Stereocenter Count
1
定义的键立体中心计数Defined Bond Stereocenter Count
0
未定义的键立体中心计数Undefined Bond Stereocenter Count
0
所有立体化学键的总数The total count of all stereochemical bonds
0
共价键合单元计数Covalently-Bonded Unit Count
1
质检证书(CoA,COO,BSE/TSE 和分析图谱)
溶液计算器
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