2,4-Dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-5-sulfonyl chloride: Handling & Use Protocol
2,4-Dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-5-sulfonyl chloride: Handling & Use Protocol
2,4-Dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-5-sulfonyl chloride is a reactive heterocyclic sulfonyl chloride reagent derived from uracil, widely employed in the synthesis of sulfonamides, sulfonate esters, and functionalized pyrimidine conjugates for medicinal chemistry and chemical biology research.(2,4-二氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-磺酰氯是一种源自尿嘧啶的活性杂环磺酰氯试剂,广泛用于磺酰胺、磺酸酯及功能化嘧啶偶联物的合成,在药物化学和化学生物学研究中具有重要应用。)
- 化学名称
- 2,4-二氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-磺酰氯
- 常用别名
- 尿嘧啶-5-磺酰氯
- 分子式
- C₄H₃ClN₂O₄S
- CAS号
- 待核实——源材料中未确认
- 活性官能团
- 磺酰氯(–SO₂Cl)
- 主要应用
- 磺酰胺合成、磺酸酯形成、生物偶联、药物化学
- 储存建议
- 存放于阴凉干燥处;防潮防热;在惰性气氛下保存
- Aladdin货号
- D696629
概述与化学性质
2,4-二氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-磺酰氯(通常称为尿嘧啶-5-磺酰氯)是一种双功能杂环构建模块,将具有药理学意义的尿嘧啶(嘧啶-2,4-二酮)骨架与C-5位高度亲电性的磺酰氯基团相结合。磺酰氯基团(–SO₂Cl)是有机合成化学中反应活性最强的酰基化基团之一,可与胺、醇和硫醇发生亲核取代反应,分别生成磺酰胺、磺酸酯和磺硫酸酯。
尿嘧啶核心具有氢键供体和受体能力,并可被许多生物靶标识别,使该化合物在含核碱基生物活性分子、前药和标记探针的设计中极具吸引力。研究人员应注意,磺酰氯基团对水分敏感,长时间暴露于水或潮湿空气中会水解生成相应的磺酸。
安全与操作要求
个人防护装备(PPE):操作本试剂时,始终佩戴耐化学品手套(如丁腈或氯丁橡胶手套)、实验室外套和安全护目镜。务必在通风良好的通风橱内操作。磺酰氯具有催泪性和腐蚀性;皮肤或眼睛接触可能导致灼伤。
水分控制:由于–SO₂Cl基团会被水迅速水解,反应中使用的所有玻璃器皿、溶剂和试剂必须严格干燥。在需要最大反应活性时,转移操作应在惰性气氛(氮气或氩气)下使用Schlenk技术或手套箱进行。
废物处理:在通风橱中将残余磺酰氯小心加入碳酸氢钠水溶液中猝灭后再进行处置。所有废物的处理须符合当地机构和政府关于卤代有机化合物的相关法规。
紧急处理程序:皮肤接触时,立即用大量清水冲洗至少15分钟并就医。眼睛接触时,持续用清水冲洗并立即就医。
逐步合成规程:磺酰胺的制备
以下通用规程描述了由2,4-二氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-磺酰氯(D696629)与伯胺或仲胺制备磺酰胺的操作步骤。应针对每种特定胺底物对反应条件进行优化。
- 试剂制备:在惰性气氛下称取所需量的2,4-二氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-磺酰氯,溶于无水溶剂(如无水二氯甲烷、THF或乙腈)中配制储备溶液(通常为0.1–0.5 M)。
- 碱的加入:向胺亲核试剂(1.0当量)的无水溶剂溶液中加入非亲核性碱,如三乙胺或N,N-二异丙基乙胺(DIPEA;1.5–2.0当量),以中和反应生成的HCl。
- 偶联反应:在惰性气氛下于0 °C将磺酰氯溶液(1.0–1.2当量)逐滴加入胺/碱混合物中。升温至室温后继续搅拌1–12小时,通过TLC或LC-MS监测转化率。
- 后处理:用乙酸乙酯或二氯甲烷稀释,依次用稀盐酸(1 M)、饱和碳酸氢钠溶液和饱和食盐水洗涤。用无水MgSO₄或Na₂SO₄干燥有机层,过滤后在减压下浓缩。
- 纯化:通过柱层析(硅胶)或重结晶对粗产品进行纯化。通过¹H NMR、¹³C NMR和HRMS进行表征。
注意:反应时间、温度、溶剂和化学计量比须针对每种底物经验性优化。若观察到N-烷基化副反应,尿嘧啶NH质子可能需要保护(例如以甲硅烷基衍生物形式)。
在药物化学和化学生物学中的应用
尿嘧啶杂环与磺酰氯亲电体的独特组合,使2,4-二氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-磺酰氯成为多个研究领域中用途广泛的中间体:
- 磺酰胺药物类似物:该化合物可作为构建模块合成含尿嘧啶的磺酰胺,后者可与识别嘧啶类底物的酶和受体相互作用。此类类似物已在抗病毒和抗肿瘤研究中得到探索。
- 活性探针:亲电性磺酰氯弹头用于基于活性的蛋白质分析(ABPP),通过与靶酶活性位点亲核残基(丝氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、赖氨酸)的共价标记,促进靶标的鉴定与验证。
- PET及荧光标记:磺酰氯可与放射性标记或荧光胺偶联,制备示踪剂和显像剂,核碱基组分可能通过核苷转运体增强摄取。
- 高分子与材料科学:磺酰氯功能化杂环可通过与含胺或羟基底物反应,用于制备离子交换膜和表面功能化材料。
故障排除与质量控制
转化率或收率偏低:收率不佳最常见的原因是磺酰氯在反应前或反应过程中发生水解。确保所有溶剂和玻璃器皿经严格干燥,并在干燥惰性气氛下进行反应。尽量使用新开封的试剂。若试剂已存放较长时间,在用于贵重底物反应前,应先以模型胺验证其反应活性。
多种产物/N-磺酰化与O-磺酰化的选择性:与氨基醇或其他双功能亲核试剂反应时,需通过控制温度、溶剂极性和保护基策略来控制选择性。较低温度通常有利于N-磺酰化而非O-磺酰化。
尿嘧啶NH的反应性:在碱性条件下,尿嘧啶环的N1和N3位可作为亲核试剂。若观察到自缩合或过度反应产物,应采用更温和的条件或在磺酰氯反应前对NH基团进行保护。
试剂纯度验证:在关键实验中使用前,通过DMSO-d₆中的¹H NMR(C-6位尿嘧啶质子特征性地以单峰出现)以及元素分析或HPLC确认所购试剂(D696629)的结构和纯度。
常见问题
溶解2,4-二氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-磺酰氯推荐使用哪些溶剂?
强烈推荐使用无水非质子溶剂,包括无水二氯甲烷(DCM)、四氢呋喃(THF)、乙腈和二甲基甲酰胺(DMF)。必须避免质子性溶剂(水、醇类),因为它们会迅速水解磺酰氯基团,导致试剂失活。所有溶剂在使用前均应新鲜干燥。
如何储存2,4-二氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-磺酰氯以保持其稳定性?
试剂应存放在密封容器中,置于阴凉干燥的环境中,避免潮湿、光照和高温。开封后特别推荐在惰性气氛(氮气或氩气)下储存。分装为单次用量可最大限度减少反复暴露于大气湿度的情况。
该试剂能否直接用于蛋白质或多肽的标记?
是的,磺酰氯是成熟的蛋白质和多肽共价标记试剂,在弱碱性水溶液条件下可与赖氨酸ε-氨基、丝氨酸和酪氨酸羟基以及半胱氨酸巯基反应。然而,由于磺酰氯在水中水解速率相对较快,标记反应必须在pH(通常7–8)、温度、试剂浓度和反应时间等方面仔细优化,以平衡标记效率与背景水解。尿嘧啶核心可能赋予额外的生物靶向性。
在磺酰胺合成过程中,应使用哪种碱来清除生成的HCl?
首选非亲核性叔胺碱,如三乙胺(Et₃N)或N,N-二异丙基乙胺(Hünig碱,DIPEA),通常相对于磺酰氯使用1.5–2.0当量。在某些规程中,吡啶也可兼作溶剂和碱。在两相体系中可使用无机碱(如K₂CO₃),但可能引入竞争性水解。
参考文献
- Clayden, J.; Greeves, N.; Warren, S. Organic Chemistry, 2nd ed.; Oxford University Press: Oxford, 2012. Chapter on sulfonic acid derivatives and sulfonamide synthesis.
- Smith, M. B. March's Advanced Organic Chemistry: Reactions, Mechanisms, and Structure, 7th ed.; Wiley: Hoboken, NJ, 2013. Sulfonyl chloride reactivity and nucleophilic substitution at sulfur.
- Cravatt, B. F.; Wright, A. T.; Kozarich, J. W. Activity-based protein profiling: from enzyme chemistry to proteomic chemistry. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 383–414. doi:10.1146/annurev.biochem.75.101304.124125
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