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顺-3-羟基-3-甲基环丁烷羧酸:实验指南

cis-3-hydroxy-3-methylcyclobutanecarboxylic acid是一种张力型双官能团小分子砌块,其环丁烷环上具有顺式构型的叔羟基和羧酸基团,是药物化学和制药合成中的多用途中间体。

化学名称
顺式-3-羟基-3-甲基环丁烷羧酸
产品编号
C173793
分子式
C6H10O3
分子量
130.14 g/mol
关键官能团
环丁烷环上的叔羟基(–OH)和羧酸基团(–COOH)
立体化学
C-1和C-3位的顺式构型

化学特性与结构特征

顺式-3-羟基-3-甲基环丁烷羧酸(产品编号:C173793)属于环丁烷羧酸类化合物——四元碳环化合物,因能赋予候选分子三维结构和代谢稳定性,在当代药物发现中备受重视。该化合物具有两个活性位点:C-3位的叔醇和C-1位的羧酸,两者在环丁烷环上呈顺式(同侧)关系。

刚性张力环体系在两个官能团之间形成明确的空间关系,药物化学家利用这一特性将平面芳香片段替换为富含sp³碳的生物等排体。C-3位的甲基取代基使羟基成为叔醇,与仲醇或伯醇相比,其氧化代谢敏感性降低,同时保持氢键供体能力。

分子式:C₆H₁₀O₃;分子量:130.14 g/mol。该化合物通常以白色至类白色结晶固体形式供应。

在合成与药物发现中的应用

顺式-3-羟基-3-甲基环丁烷羧酸主要用作药物、农用化学品和特种材料合成中的双官能团砌块。其价值源于现代药物化学的两大交汇趋势:

  • 摆脱平面结构:用富含sp³碳的饱和环丁烷单元替换芳香环,可改善水溶性、减少非特异性结合,并提升候选药物的选择性。
  • 生物等排体应用:环丁烷核心可作为刚性连接子,或作为偕二甲基、环丙烷或哌啶环的生物等排体,提供独特的构象和药代动力学优势。

合成化学家利用羧酸基团进行标准转化,包括酰胺键形成(使用EDC/HOBt、HATU等试剂与胺类偶联)、酯化,以及转化为酰氯或混合酸酐。叔羟基可参与醚化、酯化反应,或在开环反应中作为导向基团。顺式立体化学限制了取代基之间的二面角,这对于构效关系(SAR)研究中的靶标结合至关重要。

该化合物与针对中枢神经系统疾病、激酶抑制和GPCR调节的研究项目尤为相关,在这些领域中,受约束的三维骨架与平面对应物相比,通常表现出更好的中枢神经系统渗透性和更低的CYP代谢负担。

纯度规格与质量保证

Aladdin Scientific(产品编号:C173793)提供的研究级顺式-3-羟基-3-甲基环丁烷羧酸附有分析证书(CoA),详细列出批次特定的质量数据。通常评估的关键参数包括:

  • 纯度:通过HPLC或GC测定;研究级物料的纯度通常≥95%。在定量测定使用前,请在批次CoA上确认确切规格。
  • 鉴别:通过¹H NMR、¹³C NMR和/或高分辨质谱(HRMS)确认。顺式立体化学归属在生产阶段通过NMR偶合常数分析或X射线晶体学验证。
  • 水分含量:适用时通过卡尔费休滴定法评估;残余水分可能影响精确称重和溶液配制。
  • 外观:白色至类白色结晶粉末或固体。

在配制用于生物筛选的溶液之前,研究人员应通过独立分析方法(如LC-MS或定量NMR)确认纯度,以确保数据完整性。在长期测定研究中,应通过与内部参考标准的比对来监测批次间一致性。

溶液配制与测定使用的实用建议

储备液配制:在低湿度环境中,使用经校准的分析天平称取所需量的固体。溶于DMSO中配制浓储备液(如10–100 mM);必要时涡旋并短暂超声。对于水相储备液,先溶于最小体积的0.1 M NaOH中,再用磷酸盐缓冲盐水(PBS)稀释至目标浓度,并调节pH至7.4。

冻融循环:尽量减少DMSO储备液的冻融次数。配制后分装为单次使用量,以长期保持化合物完整性。

相容性:在较高温度下长时间孵育时,羧酸官能团可能与某些缓冲体系(如Tris-HCl)中的伯胺发生反应。长期孵育建议优先使用PBS或HEPES缓冲液。

反应监测:用作合成底物时,通过TLC(UV或高锰酸钾显色)或LC-MS监测反应进程。在¹H NMR(DMSO-d₆)中,羧酸质子出现在约δ 10–12 ppm处;在¹³C NMR中,叔碳C–OH的共振峰位于约δ 70–72 ppm附近。

偶联反应:进行酰胺键形成时,在加入胺类偶联底物之前,于室温下在DMF中用HATU(1.1当量)和DIPEA(2–3当量)活化羧酸。在较长活化步骤中,注意监测立体中心处的消旋化或差向异构化。

常见问题

顺式-3-羟基-3-甲基环丁烷羧酸的推荐储存条件是什么?

将化合物储存于密封容器中,置于2–8 °C的阴凉干燥处,避免受潮和光照。在此条件下,试剂自收货之日起预计至少稳定12个月;请务必查阅批次特定的分析证书(CoA)以确认有效期。

哪些溶剂最适合溶解顺式-3-羟基-3-甲基环丁烷羧酸?

DMSO和DMF是配制浓储备液的首选溶剂。该化合物也可轻松溶于甲醇和乙醇等醇类溶剂。对于水相应用,先溶于稀NaOH中,再用PBS稀释,在生物测定前将pH调至7.4。

该化合物的顺式立体化学如何验证?

顺式构型在生产过程中通过核磁共振波谱——特别是邻位偶合常数分析和NOE相关——以及在某些情况下通过单晶X射线衍射来确认。终端用户可使用¹H NMR验证结构,并在需要时通过手性HPLC或振动圆二色谱(VCD)验证立体化学纯度。

哪些偶联试剂与该化合物的羧酸基团相容,可用于酰胺合成?

与该底物相容的常用偶联试剂包括HATU、HBTU、EDC/HOBt和T3P。在DMF中室温下使用HATU和DIPEA是一种广泛采用的方案,具有高效率和温和条件。在较长活化步骤中,应始终监测立体中心处潜在的差向异构化。

顺式-3-羟基-3-甲基环丁烷羧酸是否适合用作药物设计中的生物等排体?

是的。具有顺式羟基和羧酸基团的环丁烷骨架被广泛用作三维生物等排体,用于替换候选药物中的平面芳香环或偕二甲基基团,从而改善水溶性、代谢稳定性和选择性。它在针对中枢神经系统、激酶和GPCR的药物发现项目中尤为相关。

参考文献

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  3. Stepan AF et al. Application of the bicyclo[1.1.1]pentane motif as a nonclassical phenyl bioisostere in the design of a potent and orally active γ-secretase inhibitor. J Med Chem. 2012;55(7):3414-3424. doi:10.1021/jm300037v

产品仅供科研与开发使用,不用于人体、动物、诊断或治疗。

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Da — 若无特别说明,分子量单位默认为道尔顿。   Mw — 重均分子量。   Mn — 数均分子量。

产品仅供科研与开发使用,不用于人体、动物、诊断或治疗。

引用本文

阿拉丁科学.《顺-3-羟基-3-甲基环丁烷羧酸:实验指南》. 阿拉丁知识库,更新于 2026年10月3日。 https://www.aladdin-e.com/zh_cn/faqs/cis-3-hydroxy-3-methylcyclobutanecarboxylic-acid-lab-guide.html
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