元基因组学（metagenomics) 可提供无倾向性的微生物环境样品的总的遗传结构和功能组成信息，而不需要对群落中的微生物进行培养。元基因组学目前充分利用了当前已知的多种全基因序列（1， 2 ) 及相关方法，如细菌人工染色体和 fosmid 载体，以发现新基因和研究微生物群落的结构和功能。在比较基因组研究中，一些互补的且费用更低廉的方法可用来比较不同微生物的基因组。抑制性消减杂交技术（suppressive subtractive hybridization, S S H ) 就是这样的方法，可用于比较近缘种微生物的基因组组成（3-6)。 最近， S S H 也作为一种比较方法，研究了两种不同瘤胃微生物群落基因组成的微生物多样性和功能差别（7)。经过一系列的杂交和聚合酶链反应（P C R ) 扩增后 ，两种环境样品的元基因组差异能够通过 S S H 方法分离。最终通过序列 D N A 测定和生物信息学分析对这些差异进行鉴定。

作者：马丁,本实验来自「环境基因组学实验指南」

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