目前，自动激光荧光 DNA 测序技术（又称第一代测序技术）的应用已十分普遍。自动激光荧光DNA测序的基本原理均基于Sanger双脱氧法，但不同的自动激光荧光DNA测序系统的具体工作原理却不尽相同，概括起来，可将工作原理分为四色荧光法和单色荧光法两类。

原理

自动激光荧光DNA测序的基本原理均基于Sanger双脱氧法，但不同的自动激光荧光DNA测序系统的具体工作原理却不尽相同，概括起来，可将工作原理分为四色荧光法和单色荧光法两类。

(一)四色荧光法

用4种不同的荧光染料标记同一引物或4种不同的终止底物ddNTP, 最终结果均相当于赋予DNA片段4种不同的颜色，因此，一个样品的4个反应产物可在同一个泳道内电泳，从而减少了不同测序泳道间电泳迁移率的差异对测序结果精确性所带来的影响。具体方法有两种：

1. 将4种荧光染料分别标记在 同一测序引物的 5'- 端，从而形成了组 (4 种）标记引物。在Sanger法测序反应中、特定荧光标记 的引物与特定 的 rlrlNTP 底物保持对应关系，这样以某种 drlNTP终止的所有DNA片段的5'- 端都标记上了相同的荧光基团。

2. 将4种荧光染料分别标记在4种ddNTP底物上，在Sanger法反应后，反应产物的3' -端便被标记上了不同的荧光。

(二)单色荧光法

采用单一荧光染料标记引物 5'-端或dNTP，经Sanger法反应后，所有产物的 5'-端均带上了同一种荧光标记（即相当于赋予所有DNA片段同种颜色），因此，一个样品的4个反应必须分别进行，相应产物也必须在4个不同的泳道内电泳。

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