DNA 序列分析技术
DNA序列分析技术可用于：（1）分析物种的遗传多样性；（2）鉴定新的物种；（3）用于比较基因组学。
主题
DNA 实验
用于检测、定量和定位抗原与抗体的技术——ELISA、免疫印迹、免疫组化与流式细胞术。以下是我们知识库中标注该主题的实验方案、常见问题与技术文章。
322 项资源 · 实验方案、常见问题与文章
原位杂交实验要求及步骤
原位杂交可以用于（1）固相分子杂交；（2）标记的DNA或RNA为探针，在原位检测组织细胞内特定核酸序列。
变性梯度凝胶电泳
变性梯度凝胶电泳（DGGE）是一种根据DNA片段的熔解性质而使之分离的凝胶系统。（1）将凝胶设置在双重变性条件下，可以检测DNA分子中的任何一种单碱基的替代、移码突变以及
单核苷酸多态性（SNP）实验
SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，可以用于检测由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。
甲醛洋菜胶体电泳实验
甲醛洋菜胶体电泳 （formaldehyde-agarose gel electrophoresis）甲醛是一种常用的RNA 变性剂。用于（1）RNA的分离测定（2）RNA提纯。
RAPD（随机扩增多态性DNA）分析技术
聚合酶链式反应（PCR）以其优越性极大地影响到了分子生物学的几乎所有领域，并以其基本程序和DGGE，开发出多种检测核苷酸变异的方法。RAPD（Random Amplifed Polymorphic D
在凸出末端上连接接头实验
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
在质粒载体中进行定向克隆实验
大多数常用质粒都含有可被不同内切酶识别的多克隆位点。由于可供选择的克隆位点很多 [ 如 Invitrogen 公司的 PSE280 质粒的克隆位点有 46 个之多，而且还可以设计含有更多
Sephacryl S-1000 层析法去除质粒 DNA 制备物中的小片段核酸
Sephacryl S-1000 层析是一个可供选择的将质粒 DNA 与小分子核酸（DNA 和 RNA ) 分离的方法。这一方法由波士顿麻省总医院的 F.DeNoto 和 H.Goodman 首先采用，后来由 Gomez
多重序列比对及系统发生树的构建实验
内容来源：广东药学院实验指导手册。
噬菌体铺平板产生噬斑实验
内容来源：精编分子生物学指南第五版。
酶切片断的脱磷实验
在对DNA片段的修饰中，脱磷酸化反应是一个重要内容,该反应有碱性磷酸化酶催化，该酶可使线状DNA上去除5'磷酸基团。
克隆化基因的体外转录和翻译实验
DNA的克隆是指在体外将含有目的基因或其它有意义的DNA片段同能够自我复制的载体DNA连接，然后将其转入宿主细胞或受体生物进行表达或进一步研究的分子操作的过程，因此DNA克
哺乳动物细胞基因稳定转染的实验
分析基因的功能常需要形成含有稳定整合了该基因的哺乳动物细胞系。在转染中大约有1/104细胞将稳定整合外源因而可用一显性（正向）选择标记来分离稳定的转化细胞。用可高效
区域特异性诱变实验
区域特异性诱变实验，用于（1）基因诱导改造（2）基因的特定表达（3）临床抗肿瘤等靶点的发挥。
基因合成实验
基因合成可应用于：（1）代谢通路合成；（2）基因网络构建；（3）疫苗设计。
简并寡核苷酸诱变实验
本方法的一个重要特点就是将单链的简并寡核苷酸转变成同源双链分子后直接克隆进常规载体。由于不同的寡核苷酸可通过其3’末端的回文结构杂交，因此，寡核苷酸实际上起互为
寡核苷酸介导的诱变实验
用突变的寡核苷酸引导模板的合成，从而改变DNA序列，突变效率可达50~80%。
粘粒和质粒克隆的纯化实验
文库一旦包装就应该尽快进行扩增，它可以大大增加文库的拷贝数，但在扩增时由于克隆的生长速率不同，文库的组成可能会出现某种潜在的改变。这种文库克隆组成比率的变化可以
噬菌体克隆的纯化实验
噬菌体是感染细菌、真菌、放线菌或螺旋体等微生物的细菌病毒的总称，作为病毒的一种，噬菌体具有病毒特有的一些特性：个体微小；不具有完整细胞结构；只含有单一核酸。噬菌
粘粒及质粒文库的铺平板和转移实验
文库一旦包装就应该尽快进行扩增，它可以大大增加文库的拷贝数，但在扩增时由于克隆的生长速率不同，文库的组成可能会出现某种潜在的改变。这种文库克隆组成比率的变化可以
噬菌体文库的铺平板和转移实验
文库一旦包装就应该尽快进行扩增，它可以大大增加文库的拷贝数，但在扩增时由于克隆的生长速率不同，文库的组成可能会出现某种潜在的改变。这种文库克隆组成比率的变化可以
粘粒和质粒文库的扩增实验
文库一旦包装就应该尽快进行扩增，它可以大大增加文库的拷贝数，但在扩增时由于克隆的生长速率不同，文库的组成可能会出现某种潜在的改变。这种文库克隆组成比率的变化可以
噬菌体文库的扩增实验
文库一旦包装就应该尽快进行扩增，它可以大大增加文库的拷贝数，但在扩增时由于克隆的生长速率不同，文库的组成可能会出现某种潜在的改变。这种文库克隆组成比率的变化可以
地高辛标记探针的化学发光检测实验
地高辛系统是过提供的另一种非同位素标记方法，其检测方法是通过偶联上一种或数种荧光染料或酶的抗地高辛抗体，或用间接免疫荧光来测定。
筛分型琼脂糖凝胶电泳实验
筛分型琼脂糖凝胶的铺胶和电泳与普通琼脂糖凝胶一样，但它们能与非变性聚丙烯酰胺凝胶一样分辨小片段DNA。
脉冲场凝胶电泳实验
脉冲场凝胶电泳是在两个不同方向的电场周期性交替进行的，可分离长至5Mb的DNA分子，其工作原理是DNA分子在交替变换方向的电场中作出反应所需的时间取决于它的大小。较小的
多药抗药基因的表达实验
多药抗药基因的表达实验主要用于肿瘤治疗研究。
亚硫酸氢盐修饰后测序法检测甲基化
亚硫酸氢盐修饰后测序法主要可用来检测甲基化。
转染细胞的稳定筛选实验
本实验主要用于获得含目的外源基因的真核细胞。
重组质粒的连接、转化及筛选
重组质粒的连接、转化及筛选主要用于获得含有目的基因连接的重组子。
目的基因的亚克隆
目的基因的亚克隆可应用于：（1）进一步分析目的基因；（2）基因重组。
基因克隆：高效感受态细胞制作
高效感受态细胞可用于质粒的转化。DNA的克隆是指在体外将含有目的基因或其它有意义的DNA片段同能够自我复制的载体DNA连接，然后将其转入宿主细胞或受体生物进行表达或进一
测定用乙醇固定的 DNA 的含量
测定DNA含量可以用于：（1）进行基因片段连接实验。（2）进行转化转染之前的质粒浓度测定。
质粒的制备
质粒的制备可以用于（1）携带外源基因进入细菌中扩增或表达的主要载体，它在基因操作中具有重要作用；（2）质粒的分离与提取是最常用、最基本的实验技术。
用 Taq DNA 聚合酶进行双脱氧测序反应实验
热稳定 DNA 聚合酶除了在 PCR 反应中应用外，还可用来替代测序酶或 Klenow 片段进行双脱氧链终止法测序。它在高温下（70°C) 进行等温链终止反应的能力可减少测序反应中由
用大肠杆菌 DNA 聚合酶 I Klenow 片段及单链 DNA 模板进行双脱氧测序实验
当 Sanger 及其同事建立第一个 DNA 链终止延伸法时，只有一种合适的 DNA 聚合酶可用，即大肠杆菌 DNA 聚合酶 I Klenow 片段。它具有在模板存在时聚合 dNTP 的活性，但缺乏
制备和转化感受态大肠杆菌的Inoue方法实验（制备超级感受态细胞）
采用 Inoue 的方法（1990）制备大肠杆菌感受态细胞很好时甚至能达到 Hanahan 方法（1980）的转化效率。但在标准的实验室条件下，达到 1X108~3X108 个转化克隆/ μg 质粒 DN
用 T7 噬菌体 DNA 聚合酶进行双脱氧测序反应实验
本方案参照了 Tabor 和 Richardson(1987a,1989b,1990) 的方法，采用单链 DNA 模板进行 DNA 测序（有关单链 M13 噬菌体和质粒 DNA 制备，请参见第 3 章的方案 4、8 和第 12
双脱氧链终止法测序用变性模板的制备实验
下面通过碱变性质粒 DNA 的方法应与方案 3 联合使用，因在此过程中采用测序酶催化双脱氧测序反应。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁
制备和转化感受态大肠杆菌的Hanahan方法实验（高效的转化策略）
20 世纪 70 年代晚期和 80 年代早期，Dong Hanahan 在冷泉港实验室和哈佛大学做研究生的时候，他做出了以前从未听说过的转化效率，并且在以后他的方法被标准化了。本实验来
用放射性标记的寡核苷酸杂交筛选定点诱变重组克隆实验
本方案主要描述了筛选噬菌体 M13 重组克隆，而一种选择方案是筛选含噬菌粒的细菌克隆。最后也介绍了用 PCR 检测突变体的方法。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册
中等量细胞克隆的杂交法筛选实验
这一方法适用于任何大小的细菌克隆，但小的克隆可以给出最清楚的结果。小克隆可以产生尖锐的杂交信号，而且在克隆从琼脂板转到膜的过程中不会弥散。操作中采用能够包含 250
小量细菌克隆的杂交法筛选实验
主琼脂板上和覆盖于另一块琼脂板表面的硝酸纤维滤膜或尼龙膜上的细菌克隆可以被定位， 经过一段时间，已经在滤膜上生长的克隆可以被原位裂解以备杂交之用。同时，主琼脂板
重叠延伸产生特异位点诱变实验
重叠延伸法进行特异位点诱变需要四种引物（请见图 13-4)(Higuchi et al.1988, Hetal.1989)。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W.
利用大引物 PCR 在同一试管中进行高效快速定点诱变实验
大引物方法最初是由 KAMMANN 等人（1989）建立的，现在的方法是经过许多研究人员包括 Sarkat 和 Sommer (1990,1992), Giebel 和 Spritz(1990)，Landt 等（1990),Marini 等
USE 诱变实验
本方法中，两条寡核苷酸引物杂交到变性重组质粒 DNA 双链的同一条链上。一条引物（诱变引物）携带一个拟引进靶 DNA 序列的突变，第二条引物携带一个能破坏质粒单一限制酶位
以双链 DNA 为模板的体外诱变：用 DpnⅠ选择突变体实验
本方案和方案 4 是以变性质粒 DNA 为模板，使用两条寡核苷酸和高保真聚合酶引导 DNA 合成。本方案中，经多轮热循环全长双链质粒 DNA 将以线性形式扩增，产生一种 DNA 双链
大肠杆菌的电击转化实验
大肠杆菌的电击转化实验可以用于：更为简便快捷地进行转化。
寡核苷酸指导的单链 DNA 诱变实验
本文介绍了由 Zoller 和 Smith 的双引物技术（1984,1987) 结合 Kunkel 的诱变体产量富集方法（1985) 构成的经典方案。本方案中使用的单链 DNA 模板含有较高的尿嘧啶残基，
放射自显影和从测序凝胶上读取 DNA 序列实验
本实验介绍关于放射自显影和从测序凝胶上读取 DNA 序列的过程。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W.拉塞尔。
上样并进行 DNA 测序实验
DNA 序列可通过酶解或化学降解产生一系列成套的 DNA 片段，这些片段可以通过薄层变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分辨。一个典型的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳能够分辨出编码 15~400
配制电解质梯度胶实验
Sheen 和 Seed(1980) 创造了一种既聪明又简单的改进方法，利用顶部和底部不同浓度的电泳缓冲液在胶中产生离子梯度，而胶本身的浓度是一定的。利用此法，从单块凝胶上可以读
含甲酰胺的聚丙烯酰胺凝胶的制备实验
在 DNA 测序中一个常见的问题是由于 DNA 二极结构的存在而造成电泳条带的压缩。一个简单直接的解决办法是在测序胶中加入甲酰胺以减少二极结构的形成。在 G/C 含量高于 55%
变性聚丙烯酰胺凝胶的制备实验
测序中，4 个系列的 DNA 片段在变性的条件下在一个薄的聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳分析。本方案介绍了制备均一缓冲液和丙烯酰胺浓度胶的方法。本实验来源于分子克隆实验指南
化学测序法实验
化学测序的重要性始终表现在：得到寡核苷酸的序列，转录调控信号功能分析（甲基化干涉分析，Carey and Smale 2000), 以及这些信号在活细胞中的鉴定（基因组印记，Church an
循环测序：利用 PCR 和引物末端标记进行双脱氧测序实验
本方法成功的关键是模板 DNA 的纯度。琼脂糖、盐和蛋白质的污染都会导致 DNA 聚合酶的提前终止或暂停，而 DNA 和 RNA 降解所产生的寡核苷酸将造成引物错配。这些污染会严重
含尿嘧啶的单链噬菌体 M13 DNA 制备实验
经典的 Kunfcel 寡核苷酸指导的诱变方法利用大肠杆菌中的尿嘧啶 DNA 糖基化酶 (glycosylase) 特异地筛除去含尿嘧啶碱基的 DNA 的选择性作用（请参考寡核苷酸诱变信息栏）。
基因组文库的扩增实验
通过平板培养可对重组噬菌体文库进行扩增，平板培养的原种可直接来源于本方案所述的包装混合物。但只要可能，该扩增过程可被省略，而感兴趣的 DNA 序列可从原始文库直接筛
生物粒子介导的 DNA 转染实验
下面是拫据 Horch 等（1999)、Sanford 等（1993)、主要基因枪生产商的出版物（US/EG Bulletins 1688 and 2087;Bio-Rad) 以及 Steve Finkbeiner(University of California,S
DEAE-葡聚糖介导的高效率转染实验
在此介绍经典 DEAE-葡聚糖转染方法的两种形式。第一种（主要方案）细胞短时间接触髙浓度 DEAE-葡聚糖，转染效率较髙，但对细胞的毒性较大。第二种 (备选方案：DEAE-葡聚糖
磷酸钙介导的高分子量基因组 DNA 转染细胞实验
下述方法是对 Graham 与 Van der Eb(1973) 建立的磷酸转方法的改进，用高分子量基因组 DNA 代替了质粒 DNA。这一方法对建立稳定的携带补充宿主染色体基因突变的转染基因的
磷酸钙介导的质粒 DNA 转染真核细胞实验
本方法中介绍的磷酸钙介导的质粒 DNA 转染贴壁细胞是对 Jordan 等建立的方法 (1996) 的改进。Jordan 等大大优化了磷酸钙介导的中国仓鼠卵巢细胞与人胚肾 293 细胞的转染方
脂染介导的 DNA 转染实验
下述方法是 Mark Evans 所研究的一种方法的改进（Alexion Pharmaceuticals,New Haven,Connecticut)。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布
从包涵体中纯化表达蛋白
本实验主要用于获得可溶性的活性蛋白。
用固化 Ni2+吸收色谱纯化带组氨酸标签的蛋白实验
多聚组氨酸能与多种过渡金属和过渡金属螯合物结合，因此带暴露的 His-6 的蛋白能结合于固化 Ni2+树脂，用适当缓冲液冲洗去除其他蛋白后，再用可溶的竞争性螯合剂洗脱可以回
用蛋白酶K和SDS从大规模培养物中提取λ噬菌体DNA实验
通过一种有效的蛋白酶（如蛋白酶 K ) 的消化作用及随后的酚：氯仿抽提，就能从大规模制备的 λ 噬菌体中很好地分离到 DNA。该方法也适用于小量（50~100 ml ) 制备物。本实
通过甘油分级梯度离心纯化λ噬菌体颗粒实验
本方案适用于制备噬菌体原种、制备噬菌体颗粒（用来获得 DNA 进行亚克隆）以及制备 λ 噬菌体臂。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
用λ噬菌体 PL 启动子在大肠杆菌中表达克隆基因实验
λ噬菌体 PL 启动子是受控于温度敏感阻抑物（cIts857) 的强效启动子，阻抑物可在低温下阻抑 PL 启动子的转录，但在髙温下不能。因此带有λ噬菌体启动子的载体必须以带有 cI
用 T7 噬菌体启动子在大肠杆菌中表达克隆基因实验
Tabor 和 Richardson 在 1985 年及 Studier 和 Moffatt 在 1986 年提出了一个新的利用 T7 噬菌体启动子的表达系统，使用的是从 T7 噬菌体基因组获得的转录信号。本实验来源
用 IPTG 诱导启动子在大肠杆菌中表达克隆化基因实验
本方案将在疑难解析和诱导启动子表达蛋白的优化部分讨论影响质粒表达效率的因素。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W. 拉塞尔。
液体培养液中裂解感染实验
本方法适用于对可免疫检测的融合蛋白进行快速筛选λgtll 重组噬菌体。但在其他条件下（如：对感染率的优化，42°C λ噬菌体基因的失活及裂解前收集)，此方法亦可用于产生制
从大规模裂解物中制备λ噬菌体颗粒实验
从大规模培养物中制备的 λ 噬菌体，可在高盐存在下用聚乙二酵 ( PEG ) 沉淀的办法从裂解物中回收得到。残余的细胞碎片和 PEG 可用氯仿抽提。在进一步纯化之前，建议测定噬
琼脂板上裂解性感染实验
λ噬菌体重组体编码的融合蛋白可通过大肠杆菌株 Y1089 溶源化菌落来制备。但从大量单个噬菌斑制备溶源菌工作量大，且并不一定每次成功（Huynh et al.1985)。另外，裂解性噬
细菌克隆的溶解实验
细菌克隆的溶解实验可以用于：（1）从表达特定融合蛋白质的重组噬菌体构建噬菌体溶源菌；（2）从该溶源菌诱导合成并纯化出融合的目的蛋白质。
抗血清中去除交叉反应性抗体实验
本方案介绍一种通过抗血清与细菌裂解液共同温育而从多克隆抗血清中去除与细菌编码蛋白质发生反应抗体的方法。本节介绍的吸收方法仅仅适用于制备含有低滴度抗大肠杆菌抗体的
去除抗血清中交叉反应的抗体实验
本节介绍的方法仅仅是制备含有相对低滴度抗大肠杆菌抗体的抗血清。如果处理后的抗血清仍然与宿主成分有高水平的交叉反应，则须在含有固定大肠杆菌成分的层析柱上用亲和层析
筛选质粒载体构建表达文库实验
检测结合抗体的方法有以下 3 种：放射化学筛选，生色反应筛选及化学发光反应筛选。3 种方法的优缺点在本章导言中有所论述。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，
BAL31 核酸酶消化法产生双向缺失突变体实验
本方案使用核酸酶 BAL31(从海洋细菌 Alteromonas espejiana BAL31 中纯化）在克隆的 DNA 片段中产生单向或双向缺失。BAL31 是一个复合酶，它以非同步的方式消化双链靶 DNA
外切核酸酶 Ⅲ 消化产生多组嵌套缺失突变体
逐步地从靶 DNA 的一端或另一端删除多个寡核苷酸的嵌套式缺失突变方法被用来确定功能性顺式调控元件的边界，早先曾作为指导 DNA 测序的模板。该方法依赖于核酸酶，这些核酸
大量细菌克隆的杂交方法筛选实验
这一方法由 Hanahan 和 Meselson (1980, 1983)报道，主要用来处理由质粒 cDNA 文库转化的细菌。将转化菌的混合物或者一份扩增的 cDNA 文库直接置于不含洗涤剂的硝酸纤维素
用碱性磷酸酶启动子和信号序列分泌表达外源蛋白实验
本实验介绍关于用碱性磷酸酶启动子（phoA) 和信号序列在大肠杆菌中分泌表达外源蛋白的过程。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W.
单链构象多态性和异源双链分析方法检测突变实验
险测突变的目的主要是为弄懂人类遗传性疾病的分子机制，以便有效的针对这些疾病进行预防、诊断和治疗，但更多的是用于分析不同生物体基因型与表型之间的关联。本实验来源于
谷胱甘肽琼脂糖亲和层析纯化融合蛋白实验
pGEX 载体表达的外源蛋白与谷胱甘肽 S 转移酶融合，因此可以通过谷胱甘肽-琼脂糖亲和层析进行纯化。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁
亲和层析法去除交叉反应性抗体实验
本节介绍一种利用结合细菌蛋白质的基质去除粗制免疫球蛋白中与细菌编码蛋白质发生反应成分的方法（de Wet et al.1984)。该方法也适用于利用培养的细胞或组织抽提物去除交叉
直链淀粉树脂亲和层析纯化麦芽糖结合融合蛋白实验
亲和层析方法几乎可以将麦芽糖结合融合蛋白纯化成单组分。麦芽糖结合蛋自（MBP) 是一个由大肠杆菌 malE 基因编码的周质蛋白，是细菌麦芽糖转运系统的成员之一。MBP 能结合
DNA 酶 I 超敏感位点作图
DNA 酶 I 超敏感位点作图法经常用于定位真核基因的调控区。由于还未被理解的原因，基因带有对 DNA 酶 I 切割敏感的分开的序列，而且这些所谓超敏感位点图谱是随基因的激活
DNA 结合蛋白的凝胶阻滞分析实验
凝胶阻滞试验分析 DNA 结合蛋白的方法是 Fried 和 Crothers(1981) 发明的，它是第一次为大肠杆菌乳糖阻抑物与其 DNA 结合位点的相互作用提供了动态的分析方法。本实验来源
DNA 酶 I 足迹法对 DNA 上的蛋白质结合位点作图实验
本方案介绍在放射性标记的 DNA 片段上确定蛋白质结合位点的作图方法。本方案使用 DNA 酶 I 切割 DNA, 而在替代方案中是用羟自由基断裂 DNA。如果希望得到优化足迹法反应的
λ噬菌体分离物的快速分析(从平板裂解物中纯化λDNA)实验
对有希望的基因组或 cDNA 克隆的分析，通常开始于用限制酶消化 λ 噬菌体 DNA 的小量制备物，并对消化产物进行琼脂糖凝胶电泳分析。所获得的 DNA 可用作限制酶的底物、RNA
利用 Polybrene 进行 DNA 转染实验
下面讲述的 Polybrene 与 DMSO 转染的方法是 Aubin 等（1997) 方法的改进。利用此方法可以有效地将质粒 DNA 转染中国仓鼠卵巢细胞与角化细胞，产生的转化体比磷酸钙-DNA 沉
四环素作为可诱导基因表达的调控物实验
下面的方案分成 3 个阶段：用 pTet-tTAk 稳定转染成纤维细胞，稳定转染可诱导表达 tTA 的 NIH-3T3 细胞，分析转染细胞中的蛋白表达。稳定转染细胞系表达反式激活因子和靶基
哺乳动物细胞抽提物中荧光素酶的测定
哺乳动物细胞抽提物中荧光素酶的测定实验可以用于：（1）测量动物组织中荧光素酶的含量；（2）测量其他如 CAT、β-半乳糖苷酶和碱性磷酸酶的酶活性。
连缀转录分析实验
核连缀分析用于确定某个克隆的基因是否受转录调控。理论上，核连缀分析应该在检测稳定状态 mRNA 水平变化的杂交实验之后，而在启动子分析之前进行。本实验来源于分子克隆实
薄层层析法测定氯霉素酰基转移酶含量实验
本方案中，我们列出了三种不同的分析方法，可以用来测定报道基因载体 pCAT3 转染哺乳动物细胞后表达的 CAT 酶活性（请见图 17-3）。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版
琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶中DNA的回收（电洗脱至透析袋）
这种技术（McDonell et al. 1977 ) 可以从琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶切片回收分子质量范围较宽的双链 DNA，并且产量较高。这种方法多少有些麻烦，必须将凝胶切片单独放入
用大片段基因组 DNA 克隆直接筛选 cDNA实验
本方案使用克隆在 BAC 载体上的一段 500kb 的人基因组 DNA 连续序列，直接筛选与其互补的的 cDNA。但本方法也可适用于任意大小的基因组靶 DNA。本实验来源于分子克隆实验指
外显子捕获与扩增
本方案以哺乳动物穿梭载体 pSPL3 为例，描述了外显子扩增的方法，内容分为以下五个阶段。阶段 1: 文库的构建; 阶段 2: 电穿孔法将文库转染 COS-7 细胞; 阶段 3:mRNA 的提取
真核表达文库的构建与筛选实验
类似方案 1、方案 2 描述了在真核表达载体上进行 cDNA 文库构建与筛选的方法, 流程分为以下两个阶段：1. 在真核表达载体上构建 cDNA 文库；2. 在真核表达载体上构建的 cDNA
解链温度的实验测定
寡核苷酸与靶序列杂交的解链温度可以用本章概述介绍的方法计算（见本章概述有关解链温度与杂交温度），也可通过实验测定双链 DNA 不可逆解离的温度（Ti) 来确定解链温度 Tm
寡核苷酸探针在溶液中的杂交实验
Jabobs等 （ 1988）介绍了在含季铵盐缓冲液中杂交的方法与原理。下述为该法的简单变通方案。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）上册，作者：黄培堂。
用大肠杆菌 Klenow 片段标记合成的寡核苷酸实验
通常利用 T4 噬菌体多核苷酸激酶催化的磷酸化反应进行寡核苷酸的标记。但有时需要标记比活度更高的放射性标记的探针，最理想的情况下，磷酸化反应中每一个寡核苷酸分子上有
用Sep-Pak C18柱层析法纯化放射性标记的寡核苷酸实验
本方案介绍的是利用寡核苷酸对于硅胶反相亲和的特性，将放射性标记的寡核苷酸与未掺入的放射性标记物分离的方法，本方案的方法只可用于纯化 5'端放射性标记或非标记的含磷
大小排阻层析法纯化放射性标记的寡核苷酸实验
放射性标记的寡核苷酸用于酶促反应如引物延伸反应时，需要完全除去未掺入的放射性标记物。本方案介绍的是利用大小排阻层析时寡核苷酸与单核苷酸移动速率差异，分离放射性标
乙醇沉淀法纯化放射性标记的寡核苷酸实验
如果放射性标记的寡核苷酸只是用作杂交探针的话，一般不必完全除去未掺入的放射性标记物。然而，为了使本底降至最低，应该将未掺入的大部分放射性标记物与放射性标记的寡核
聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化寡核苷酸实验
本方案中详述的方法为利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化粗合成的寡核苷酸，该方案是 Michael Smith 实验室（University of British Columbia,Vancouver,British Columbia) 方
酵母人工染色体的应用
直到 20 世纪 80 年代中期，尚无技术可用于基因组 DNA 黏性大片段的分离、扩增和分析。在此之前，如果要对某一 DNA 片段进行详细的物理和功能研究，该 DNA 的长度应能够装
大量培养物中分离 BAC DNA
BAC 重组子的精细分析，包括详细的限制酶切图谱、DNA 测序或亚克隆，所需 DNA 量都超过小量制备所能提供的量。本方案的制备流程适用于重组 BAC 的大规模培养物。500 ml BAC
小量培养物中分离 BAC DNA
小量 BAC DNA 是从 5 ml BAC 转化细胞培养物中制备的。DNA 的制备采用碱裂解法。BAC DNA 的产量可达 0.1~0.4 μg，足够用于限制酶切分析、PCR 或 Southern 印迹。本实验来
细菌人工染色体的应用
细菌人工染色体（bacterial artificial chromosome, RAC ) 是以大肠杆菌致育因子 (fertility, F)为基础的合成载体。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
利用 BIAcore 分析相互作用的蛋白质
BIAcore表面等离子共振广泛应用于：（1）研究各种生物分子（如多肽、蛋白质、寡核苷酸，以及病毒、细菌、小分子化合物）之间的相互作用过程；（2）特异性抗体检测或质控、
GFP 和荧光共振能量转移技术测定蛋白质相互作用实验
我们将方案分成三个阶段: 第一阶段介绍蛋白质的制备及蛋白质的荧光染料标记；第二阶段，通过转染或微注射将适当的探针成分导入细胞；第三阶段，图像的收集和分析过程。本实
免疫共沉淀确定结合蛋白实验
当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间结合保持下来。这一亊实可被用于检测和确定生理条件下相关的蛋白质-蛋白质间相互作用。本实验来源于分
GST 融合蛋白沉降实验
GST 沉降实验与 far western(方案 2) 相比有—个优点：探针蛋白是在更自然的环境下与可能的搭档蛋白孵育，因而增强了相互作用的有效性。本实验来源于分子克隆实验指南（第
用 GST 融合蛋白检测蛋白质-蛋白质相互作用实验
GST 融合蛋白作为在细菌中表达的重组蛋白，从它们被介绍以来，已用于成千上万个研究项目中（Smith and johnson 1988)。它们常常被用于制备抗体，这些抗体可用于研究蛋白质-
双杂交和其他双成分系统实验
本实验介绍关于双杂交和其他双成分系统的实验方法。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，作者：〔美〕J. 萨姆布鲁克 D.W.拉塞尔。
蜕皮激素调控诱导细胞基因表达实验
下面的方案是从蜕皮激素诱导的哺乳动物表达系统（Invitrogen 公司）附带的方案修改而来。Stratagene 公司也出售相似的系统。本实验来源于分子克隆实验指南（第三版）下册，
P1 噬菌体克隆在大肠杆菌宿主间的转移
从不同大肠杆菌菌株中获得的 P1 噬菌体 DNA 的产量与质量取决于宿主菌的基因型和重组子中外源 DNA 的特定序列。将 P1 或 PAC 重组子转化到不表达 Cre 重组酶的大肠杆菌菌株
黏粒文库的扩增和贮存(在滤膜上扩增)
应用此种扩增方法，文库不容易失真，这是由于在任何一步骤中，含有不同重组黏粒的混合菌群都不会在生长中发生竞争。但扩增过程冗长，而且有时由于主滤膜保存后菌落不再生长
黏粒文库的扩增和贮存(在液体培养基内扩增)
不要过度扩增黏粒文库，因为这样会不可避免地引起原基因组的失真。生长较快的克隆会过度呈现，不稳定的克隆会发生重排，而生长慢的克隆可能会从文库中完全消失。本实验来源
通过杂交筛选未扩增的黏粒文库（滤膜影印）
经黏粒转化的稠密细菌菌落可通过杂交的方法筛选，该方法源于质粒转化菌落的大规模筛选（Hanahan and Meselon 1980)。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
琼脂糖凝胶中DNA的回收（DEAE-纤维素膜电泳）
琼脂糖凝胶中DNA的回收可应用于：（1）哺乳动物细胞转化；（2）放射性标记。
碱性琼脂糖凝胶电泳
碱性琼脂糖凝胶电泳是在高 pH 条件下进行的，它能引起胸腺嘧啶和鸟嘌呤残基丢失一个质子，从而阻止与其各自的配对碱基-腺嘌呤和胞嘧啶间氢键的形成。变性的 DNA 保持单链状
随机引物法标记 DNA
利用寡核苷酸作引物，DNA 聚合酶可沿单链模板起始 DNA 的合成（Gotilian 1969)。如果寡核苷酸的序列不均一，它们就可在模板的多位点上与模板杂交。因此模板上每一核苷酸（5
应用混合寡核苷酸引物引导的cDNA扩增（MOPAC）
对于仅仅知道某种蛋白质的部分序列，而要克隆其基因的最佳方法是，利用已知氨基酸序列设计相应的寡核苷酸，用此寡核苷酸作为探针去筛选基因文库钓取全长基因或者用寡核苷酸
cDNA 5’末端的快速扩增（5’-RACE）
在分子克隆中没有比分离缺乏相应的 mRNA 5' 末端的序列特征结构的 cDNA 克隆更易失败的了。通常存在于 cDNA 基因文库中的部分克隆，由于反转录酶未能沿全长 mRNA 模板延伸
应用 PCR 的遗传工程
本方案（由德克萨斯大学西南医学中心的 Andereson 提供）叙述在克隆化的哺乳动物 cDNA 的 5' 与 3' 端同时导入限制性内切核酸酶酶切位点，有时在此 cDNA 5' 末端，改变部分
通过PCR扩增在扩增DNA产物末端引入限制性核酸内切酶酶切位点
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
聚合酶链式反应
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
用引物延伸法进行 RNA 的分析
引物延伸法主要用于 mRNA5' 末端作图。poly (A) + RNA 先与过量 5' 末端标记的且与靶 RNA 互补的单链寡核苷酸引物杂交，然后用反转录酶延伸这个引物。产生的 cDNA 与 RNA
核糖核酸酶保护(用核糖核酸酶和放射性标记的RNA探针对RNA作图)
核糖核酸酶保护分析用于度量特异性 mRNA 的丰度以及为它们的拓扑异构特征作图。这种方法包括测试 RNA 与互补的放射标记的 RNA 探针（核糖探针）杂交，然后未杂交的序列被一
批量层析方法筛选 poly (A)+ RNA
当处理许多 RNA 样品或处理小量的哺乳动物总 RNA 时（
oligo(dT)-纤维素层析法提取poly(A) + RNA
与 rRNA, 5SRNA, 5.8 SRNA 和 tRNA 相比，大多数真核生物的 mRNA 在其 3' 端带有 poly(A) 尾巴。因此，mRNA 能用 oligo(dT)-纤维素亲和层析法从细胞总 RNA 中分离 (Edmonds
用酸性酚-硫氰酸胍-氯仿提取法纯化组织和细胞中的 RNA
在提取过程的第一阶段细胞的 RNA 酶应尽快灭活。一旦内源的 RNA 酶被破坏，RNA 受损的可能就大大降低，而纯化的过程就可以按合适的速度进行。本实验来源「分子克隆实验指南
Southern印迹(DNA从一块琼脂糖凝胶上同时向两张膜转移)
DNA 可以同时从琼脂糖两面向两张膜上转移。当需要用两种不同的探针分析相同的限制性内切核酸酶酶切片段时，这种方法是很有用的。DNA 片段转移速率较快，但是由于凝胶中的液
哺乳动物 DNA 的快速分离
根据本方案制备的哺乳动物 DNA 约 20~50 kb，适于作 PCR 反应的模板。DNA 产量在 0.5 到 3.0 μg/mg 组织之间变化，或者是 5~15 μg/300μl 全血。本实验来源「分子克隆实
箝位匀强电场的脉冲场凝胶电泳
箝位匀强电场（contour-clamped homogeneous electric field, CHEF) 凝胶电泳中， 电场是由多个电极产生的。这些电极围绕水平凝胶呈四边形或六边形，其电位被箝制在顶先设
横向交变场的脉冲场凝胶电泳
Gardiner 等（1986; Gardiner and Patterson 1989) 使用置于垂直凝胶两侧的两组铂线电极的凝胶电泳装置以分离大的 DNA 片段。在这种横向交变场电泳（transverse alternatin
脉冲场凝胶电泳的分子质量标准
PFGE 用于分离很大的 DNA 分子，因而需要很高分子质量的标准。这种标准可以按照 Lauer 等（1977 ) 介绍的方法从噬菌体，如 T7 (40kb)、T2 (166kb）和 G (758kb) 提取获得。
中性聚丙烯酰胺凝胶电泳
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
应用mRNA反转录扩增cDNA（RT-PCR）
RT-PCR技术可应用于：（1）构建大容量cDNA文库；（2）鉴 定已转录序列是否发生突变及呈现多态性；（3）测定基因表达的强度。
FISH 基本技术和问题解决
荧光原位杂交（FISH) 技术可以对染色体、细胞和组织中的特异核酸序列进行检测。明确检测到全染色体或染色体某个特定区域的结构或拷贝数发生改变是人类疾病重要的预兆因子。
基于脾坏死病毒的载体
这一章描述的实验方法是基于我们关于来自S N V 及其紧密相连的R E V -A 载体的实 验 （P a r v e e n e t a L 2000)。我们曾用这两种病毒载体对各种细胞进行基因转移，包括
BAC/PAC 文库的构建
BAC (Bacterial Artificial Chromosome，细菌人工染色体)文库可用于：（1）全基因组测序；（2）构建物理图谱、染色体步查；（3）基因筛选；（4）基因图位克隆。
彗星实验在环境毒理学中的应用实验
彗星实验，又称单细胞凝胶电泳实验，是用来检测几乎所有有核细胞中 D N A 损伤的方法。彗星实验与其他遗传毒性检测实验相比有明显优势，但是由于它对实验中的细微变化非常
mRNA 的细胞内注射实验
现代神经科学研究技术 作者：U.Windhorst & H. Johansson 翻译：赵志奇 陈军
离体神经突触的代谢性标记实验
mRNA 和 rRNA 存在于树突和轴突内（VanMinnen1994;Steward1997)。令人疑惑不解的是，位于胞体外区域的 mRNA 是否真的被翻译。下面的方法可以证明神经突起确实可以不依赖胞
电镜原位杂交技术实验
电镜原位杂交实验可以用于：（1）研究特定核苷酸序列的亚细胞定位；（2）许多研究者已经从光学显微观察扩展到对超微结构的观察。（3）特别是利用地高辛或生物素作为报告分
培养神经元原位杂交技术实验
原位杂交（inhybridization,ISH) 的目的是在细胞结构内显 TKmRNA 分子。在 ISH 步骤中要采用高温，这就对细胞的固定有特殊要求。如果原位杂交方法不能提供阳性的杂交信号，
cDNA文库的构建和筛选—在外界环境压力条件下，新表达基因的鉴定方法实验
材料许多生物是疾病研究或探索使细胞和机体应对和存活于不同刺激下的分子适应机制的优良模型。 cDNA 文库的构建和随后目的基因的筛选可促使研究者发现在调节和响应某些外部
结合磁珠实验
这一步仅为基因表达的系列分析 cDNA 合成中实验方案 A 的一部分，在实验方案 B 中，cDNA 已经结合到链霉抗生物素包被的 PCR 试管上，因此不必用磁珠结合。 现代神经科学研
基因表达的系列分析实验
SAGE(Velculescuetal.1995) 是基于 PCR 技术的一种高灵敏度研究基因表达的方法，可得到 mRNA 文库的定性及定量信息。自 1995 年此技术产生以来，发表了大量的相关文章，表
差异显示技术（DD）实验
D D 由 Liang和 Pardee在 1992年首次提出。至今有大约1700篇 与 DD相关的文章发表，可见其影响巨大。许多与神经变性和凋亡相关的基因也通过DD 的方法得以鉴定。 . DD的原理
用[α-32P] 3'脱氧腺苷5'-三磷酸或[α-32P]双脱氧ATP末端标记双链DNA的3'突出端
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
用大肠杆菌DNA聚合酶Ⅰ的Klenow片段标记双链DNA的3’端
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
利用聚合酶链反应制备放射性标记的DNA探针
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
随机引物法（在融化琼脂糖存在下利用随机寡核苷酸延伸进行DNA的放射标记）
此法系可用于从低熔点琼脂糖凝胶中回收 DNA 的放射性标记 ( Feinberg 和 Vogelstein 1983，1984)。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
DNA 文库的构建及其筛选
DNA文库的构建和筛选可以用于：（1）将某生物的全部基因组DNA用限制性内切酶或机械力量切割成一定长度的DNA片段，再与适合的载体在体外重组并转化相应的宿主细胞获得的所有
cDNA 文库构建
cDNA文库构建可以：（1）用于分离全长基因进而开展基因功能研究；（2）筛选目的基因并直接用于表达；（3）提供构建分子标记连锁图谱的所用探针。
DNA 探针的标记实验
核酸探针分子杂交是指具有一定同源性的两条核酸单链在一定条件下可按碱基互补原则形成双链，此杂交过程是高度特异的。核酸探针根据核酸的性质，可分为DNA和RNA探针；根据标
细菌基因组 DNA 提取实验
细菌基因组DNA提取可应用于：（1）获得细菌基因组DNA；（2）作为PCR模板；（3）用于测序、遗传信息分析等。
染色体 GTG 标本制备实验
非显带染色体除可根据形态分辨部分染色体，其他多数染色体难以确认，而显带技术则可使染色体纵向长度上出现不同带纹，以辨认全部染色体。GTG即G 带，Trypsin（胰酶），Giem
染色体 CBG 标本制备实验
异染色质在整个分裂间期及分裂期都是浓缩的，因而其大小较为恒定。它们通常位于着丝粒附近，或在染色体臂上呈现“团块”，这些染色质主要由C显带技术呈 现，故称
RNA 的甲醛变性电泳实验
RNA的甲醛变性电泳可以用于：（1）提取样品的总RNA后，一般根据RNA的凝胶电泳图来判断RNA的质量；（2）由于RNA容易形成二级结构，因此常用甲醛变性胶来进行RNA电泳，得到的
简并寡核苷酸引物 PCR (DOP-PCR)
来源：《分子细胞遗传学技术与应用》
ULS 标记实验
来源：《分子细胞遗传技术与应用》
BSP 克隆测序法
对DNA进行甲基化检测
cDNA 末端快速扩增技术
cDNA末端快速扩增
双萤光素酶实验
构建荧光素酶质粒，然后转染至细胞中，通过比较过表达或者干扰miRNA后，检测报告基因表达的改变。
质粒提取
从细菌中提纯质粒DNA
FISH 技术基本实验
来源：《分子细胞遗传学技术与应用》
缺口平移实验
来源：《分子细胞遗传学技术与应用》
PCR 产物电泳银染实验
常用的核酸电泳法有两种。①水平电泳：琼脂糖凝胶，紫外光下判断条带。此法经济省时，但分辨率较低。②垂直电泳：聚丙烯酰胺凝胶，可见光下判断条带。此法相对费力，但分辨
痘苗病毒纯化实验
痘苗病毒通常采用蔗糖密度梯度离心的方法纯化。纯化的病毒可用于制备痘苗病毒 DNA ，用于不允许存在感染细胞蛋白污染的研究中，同时也可以用作高滴度的病毒储液。对于大规
基于 PCR 的差减 cDNA 克隆实验
差减克隆是分离和鉴定两个细胞群中差异表达的 mRNA 的有效技术。相比较的细胞类型是［＋］（或 测 试）细胞和［-］（或驱动）细胞，在测试细胞中表达而不在驱动细胞中表达
差减 cDNA 文库的建立实验
差减文库包含了存在于一种细胞或组织而不存在于另一种细胞或组织的 mRNA cDNA 克隆。这个 cDNA 文库被用来分离相应于一类 mRNA 的一组 cDNA 克隆，或用 于分离一个特定mRNA
杂交和数据处理实验
测定每个固定化 cDNA 点上荧光度的比值，人们得以度量一个样品库中信使与另一个库中信使的相对比值。如果一系列的样品都与一个共同的参照比较的话，所有样品中信息的相对量
肿瘤细胞的荧光免疫表型和 FISH 共分析实验
染色体畸变通常在大多数血液肿瘤和各种实体瘤中检测到，在临床病理上，经常与判定肿瘤的直接形态和免疫表型特征有关。染色体畸变的检测为逐条诊断和肿瘤遗传分类奠定了基础
FISH 检测乳腺癌中 HER2 扩增实验
基因扩增经常在人肿瘤细胞中被检测到并在肿瘤发生中起重要的作用。用比较基因组杂交对肿瘤细胞进行全基因组扫描，揭示出在实体肿瘤基因组的许多区域有基因拷贝数的改变。对
病理学中的显色原位杂交和 FISH 实验
荧光原位杂交（FISH) 技术能够快速检测各种组织，包括新鲜和存档标本中的染色体异常。这些技术已经为临床细胞遗传学和研究机构所广泛接受。然而，这些方法却并非常用于非细
彩色显带实验
种间彩色显带技术是一种简单快速地检测用 G 显带无法识别的染色体异常的方法。当 GTG 显带不能给单条染色体涂染探针分析提供足够线索时，该技术尤其有用。另外，彩色显带技
多色荧光原位杂交实验
M-FISH 被成功地用于鉴别先天性疾病中的标记染色体或衍生染色体。近来该方法越来越多地被用于确认复杂核型中的多重染色体异常；在进行血液疾病的诊断时，M-FISH 在检测临界
引物介导的原位标记技术实验
引物介导的原位标记技术（primed in situ labeling，PRINS) 是一种对细胞及组织的特异 DNA 序列染色的杂交技术，它能够得到和 FISH 技术相同类型的结果。
染色体显微切割实验
在近几十年中众所周知的是：在大部分人类肿瘤 和某些特定人类遗传病中存在染色体重排。肿瘤特定的染色体异常会导致原癌基因产物的激活、肿瘤特异融合蛋白的产生或肿瘤抑制
慢性髓细胞性白血病的间期 FISH 研究实验
本章的目的是应用荧光原位杂交来研究慢性髓细胞性白血病（CML) 患者的间期核。根据我们的经验，FISH 用来检测 BCE/ABL 融合形成的所有形式的费城（Ph) 染色体 FISH 是常规
动物 DNA 提取实验
动物肝脏DNA提取可以：（1）用于法医学鉴定；（2）诊断和系统发育研究；（3）用于进一步的聚合酶链式反应（PCR）以获得DNA。
DNA 斑点和狭线印迹实验
斑点和狭线印迹实验，可用于检测被印迹的1DNA制品中靶序列的相对丰度。主要应用（1）遗传病诊断；（2）DNA图谱分析；（3）检测样品中的DNA及其含量；（4）PCR产物分析。
沉淀 DNA 的实验
沉淀DNA的实验可应用于分离DNA。
哺乳动物中制备基因组 DNA 实验
在DNA提取过程中应尽量避免使DNA断裂和降解的各种因素，以保证DNA的完整性，为后续的实验打下基础。一般真核细胞基因组DNA有107-9bp，可以从新鲜组织、培养细胞或低温保存
大肠杆菌质粒 DNA 的提取（碱裂解法）
碱裂解法提取质粒DNA的基本原理是溶液Ⅰ使细胞悬浮并且EDTA可以与Ca2+ 和Mg2+ 螯和，抑制DNase的活性，溶液II裂解细菌，变性蛋白质和少量质粒，溶液Ⅲ使大部分蛋白质与细菌
M13 噬菌体衍生载体的制备实验
M13噬菌体是一种丝状噬菌体，感染宿主后不裂解细菌细胞，只利用细胞内物质完成自身增殖，组装成完整病毒颗粒后被宿主细胞分泌而出，宿主细胞仍能继续生长分裂。为分子生物
DNA 结合蛋白测定实验
本实验主要用于检测粗制提取物中序列特异性的DNA结合蛋白。
DNA 片断的酶切实验
限制性内切酶是一类能识别双链DNA分子中特异核苷酸序列的DNA水解酶,这类酶的发现和应用可以用于以DNA重组为基础的生物工程技术。
总 DNA 质量检测及酶切实验
实验目的是了解掌握检测DNA 质量的方法以及DNA定量的方法；了解影响DNA在琼脂糖凝胶中泳动速率的因素；训练DNA的琼脂糖凝胶电泳操作及DNA的限制性内切酶操作。来源：《遗传
植物总 DNA 的快速少量抽提实验
DNA分子是分子生物学研究的基本材料，依不同的实验目的可采取不同的抽提方法获取数量和质量不等的DNA。实验目的是了解植物DNA抽提的主要方法，掌握CTAB法快速抽提水稻DNA。
在低熔点琼脂糖中连接质粒和目的 DNA 实验
质粒克隆操作最费时间的步骤是用电泳的方法对预期大小的外源 DNA 片段和质粒 DNA 片段进行纯化，可以用于将质粒和外源 DNA 的连接在低熔点球脂糖存在的条件下完成。
向平末端 DNA 连接合成接头实验
接头是指合成的能够自身互补的 DNA 片段，一般长 8~16 个核苷酸，互补的片段复性后可形成平末端的含有一个酶切位点的双链分子。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培
建立随机重叠 DNA 插入文库实验
下面的方案描述了鸟枪法测序的起始步骤，从靶 DNA 的剪切到用 M13 噬菌体载体构建 DNA 片段文库，也包括断裂靶 DNA 的两种方法--超声法和喷雾法，以及用 DNA 聚合酶修复片
质粒 DNA 的去磷酸化实验
去除 5' 端的磷酸基可防止质粒 DNA 的自身连接和环化。在体外连接反应中，DNA 连接酶可在邻近的两个分子间形成磷酸二酯键。但只有当一个分子的 5' 端带有磷酸基另一分子的
氯化锂沉淀法去除质粒 DNA 制备物中的小片段核酸
氯化锂沉淀法去除质粒制备物中小片段核酸（包括 DNA 和 RNA ) 的原理是基于两种核酸在氯化锂溶液中的溶解度有所不同。氯化锂是强脱水剂，可降低 RNA 的溶解性 ( Hearst and
NaCl 离心法去除质粒 DNA 制备物中的小片段核酸实验
常规的质粒 DNA 制备物中都会不同程度地污染有来自宿主菌基因组或质粒断裂碎片的小分子 DNA 或 RNA。尽管它们的分子质量不大，但数量多，会对制备物中 DNA 片段 3' 和 5'
用离子交换层析法从 DNA 中去除溴化乙锭实验
经过氯化铯梯度离心所纯化的 DNA 中的溴化乙锭可以通过离子交换层析法去除，随后则用乙醇沉淀去除氯化铯。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
用有机溶剂抽提法从 DNA 中除去溴化乙锭实验
欲从经 CsCl 梯度纯化的 DNA 中去除溴化乙锭，常用有机溶剂反复抽提的方法。随后可用透析或沉淀的方法去除 CsCl。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
聚乙二醇沉淀法纯化质粒 DNA 实验
这种方法最早由 Richaed Treisman ( 英国，伦敦，ICRF) 参照 Lis 的工作而设计。Lis 是最早用聚乙二醇（PEG ) 分离不同大小 DNA 的人。Treisman 法被广泛用于碱裂解法制备
牙签法小量制备质粒 DNA 实验
用牙签从琼脂培养基上挑取的菌落可直接用于制备质粒 DNA。所得的闭合环状 DNA 往往杂质太多，不能作为大多数限制酶的底物。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等
化学发光双脱氧 DNA 测序实验
标准的双脱氧DNA测序可以很容易和很有效地使用非同位索标记的化学发光法进行检测。在测序反应中，使用生物素标记的引物。用非同位素标记如生物素衍生化的引物，可用于为5&r
DNA 的接头分区诱变实验
Linker scanner mutations （接头分区突变）：体外在限制性片段加上位点，使两个DNA分子发生重组产生，结果在重组的位点加上连接序列。
真核细胞利用 DEAE- 葡聚糖的转染实验
用小鼠L型成纤维细胞来进行条件优比的，但只需稍做修改即可适用于几乎任何细胞。根据所研究的细胞类型进行方法优化十分关键。
冻融法回收 DNA 片段
冻融法回收DNA片段可用于：（1）获取纯化的DNA片段；（2）回收PCR产物。
SSR 标记实验步骤
SSR简单序列重复标记可以用于：用微卫星区域特定顺序设计成对引物，通过PCR技术，经聚丙烯酰胺凝胶电泳，即可显示SSR位点在不同个体间的多态性。
基因转染(磷酸钙 -DNA 共沉淀法)
基因转染技术可以应用于：基因组功能研究（基因表达调控，基因功能，信号转导和药物筛选研究）和基因治疗研究。
高地辛标记的 DNA 探针制备实验
地高辛系统是过提供的另一种非同位素标记方法，其检测方法是通过偶联上一种或数种荧光染料或酶的抗地高辛抗体，或用间接免疫荧光来测定。
放射性同位素标记的 DNA 序列测定分析
放射性同位素标记的DNA序列测定分析可应用于分析基因结构与功能关系。
聚合酶链反应构建重组 DNA
聚合酶链反应构建重组DNA用途广泛（1）用于测序引物（2）定点突变（3）核酸杂交探针（4）PCR引物。
T4 DNA 聚合酶实验
T4 DNA 聚合酶具依赖人为模板的聚合酶活性，同时具有对单链、双链DNA的3’到5’端的外切酶活性，缺少5’到3’端的外切酶活性。
DNA 印迹杂交分析实验
杂交分析的原理是特定序列的单链DNA分子（即通常标记的“探计”）可与另一个固定了的具有互补序列（“靶”序列）的DNA分子或RNA分子形成碱基配对，杂
DNA 琼脂糖核酸电泳
核酸电泳是进行核酸研究的重要手段，可以用于：（1）核酸探针；（2）核酸扩增；（3）序列分析等技术。
DNA 的琼脂糖凝胶电泳实验
DNA电泳可用于：（1）分离不同大小的DNA片段；（2）鉴定目的DNA片段；（3）纯化和回收DNA片段。
化学法测定 DNA 的含量——二苯胺显色法
化学法测定DNA含量可以用于：（1）转化、转染之前的质粒浓度估测；（2）对获取的DNA含量进行检测。
应用黏粒载体构建基因组 DNA 文库
在 λ 噬菌体中构建基因组 DNA 文库的步骤与在黏粒载体中的步骤基本一致。在这两种系统中，真核 DNA 在体外与载体 DNA 连接，形成能包装到 λ 噬菌体颗粒中的多联体。构建
用噬菌粒载体制备单链 DNA
噬菌粒巧妙地组合了质粒和丝状噬菌体的特征。除了基本特征外，这些质粒通常是高拷贝数的，并带有一个修饰后的丝状噬菌体的主要基因间区。这个区域 ( 野生型为 508 bp)不表
用于基因组文库中的真核 DNA 的部分酶切（预反应）实验
不管高分子质量 DNA 的碱基组成与序列如何，通过水压机械剪切（hydrodynamic shearing) 均可将其以半随机形式片段化。但是，用这种方法制备的 DNA 需进行一系列酶反应操作
利用 λ 噬菌体文库筛选 DNA 结合蛋白实验
可利用合成双链寡核苷酸筛选构建于λ噬菌体的 cDNA 表达文库，以鉴定与特异 DNA 结合蛋白质相对应的克隆（Singhetal.1988,Vinsonetal.1988)。本实验来源于分子克隆实
用甲酰胺从大规模培养物中提取λ噬菌体 DNA 实验
可用甲酰胺代替 SDS/蛋白酶 K 将纯化的噬菌体颗粒去除外壳。这种方法虽然不是很有效，但在某种意义上它比以前的操作方法更快。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂
可被单一限制酶切割用作克隆载体的λ噬菌体 DNA 的制备实验
在某些情况下，制备好的 λ 噬菌体 DNA 经限制酶的简单消化即可用于克隆。但只有当所用载体能用遗传学方法筛选含有外源 DNA 序列的重组噬菌体时（如 EMBL 系列、&lam
经双限制酶切割用作克隆载体的 λ 噬菌体 DNA 的制备实验
置换型载体（如 λ2001、λDASH、EMBL 系列、Charon 34、Charon 35 和 Charon 40 ) 含有一系列的限制位点，它们在中央填充片段的两端以相反方向排列（Frischau
通过凝胶电泳测定λ噬菌体原种和裂解物中 DNA 的含量实验
本方案阐述了一种快速估计 λ 噬菌体原种中 DNA 含量的方法。该方法首先可用于发现原种和裂解物中的噬菌体颗粒的得率是否能满足大量纯化的需要，其次可用于检测纯化
菌落的裂解和 DNA 与滤膜的结合实验
本方案介绍如何从携带重组质粒的克隆中释放出 DNA 并将其固定于硝酸纤维滤膜或尼龙膜的方法，这一方法最初由 Grunstein 和 Hogness 使用。本实验来源「分子克隆实验指南第
λ 噬菌体的大规模培养(低倍数感染)实验
λ 噬菌体的大量制备可通过低倍数感染细菌培养物或高倍数感染这两种方法获得。低倍数感染后，培养物立即被转接至大体积培养物中。因为在最初细菌培养物中只有小量的
用小量液体培养物制备 λ 噬菌体原种实验
可通过小量液体培养物制备高滴度 λ 噬菌体原种。这一方法最早由 Leder 等（1977）采用。一般来说，它所得到的 λ 噬菌体的产量比平板裂解低且不稳定，另外噬
通过平板裂解和洗脱制备 λ 噬菌体原种实验
来源于单个噬菌斑的 λ 噬菌体原种的制备，通常有两种方法：① 平板裂解，这是一种噬菌体在生长于顶层琼脂或琼脂糖的细菌中增殖的方法；② 小量液体培养，这是用生长
在滤膜上进行细菌 DNA 的杂交实验
本方案介绍如何用放射性标记探针与固定在滤膜上的转化菌 DNA 进行杂交，以及从琼脂板中将与探针特异性杂交的克隆回收培养的方法，这些方法适用于平均长度大于 100 核苷酸的
λ 噬菌体噬菌斑的挑取实验
遗传上同源的 λ 噬菌体原种是通过 "挑取” 一个完全独立的噬菌斑并将含有裂解物的琼脂/琼脂糖保存于贮存液中而获得的。获得的原种可用于制备噬菌体的平板裂解
λ 噬菌体的铺平板培养实验
噬菌斑起源于单个噬菌体颗粒对单个细菌的感染。第一次感染后合成的子代病毒颗粒吸附和感染邻近细菌，后者依次释放另一代子代病毒颗粒。如果细菌生长在半固体培养基（如含琼
筛选构建于 λ 噬菌体载体的表达文库实验
在典型的免疫筛选实验中，λ噬菌体表达载体构建的文库应铺在不含异丙基硫代-β-D-半乳糖苷（IPTG) 的大肠杆菌菌株的平板上。诱导物的缺少保证了噬菌斑顺利形成前
用 X-gal 和 IPTG 筛选细菌菌落（α 互补）
显色底物 X-gal 可与细菌培养物混合，与溶化的顶层琼脂混合后铺于选择性培养板。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
细胞质 S-100 组分的制备实验
细胞中包含在细胞膜内的内容物。在真核细胞中指细胞膜以内核以外的部分，内含有细胞器和细胞骨架等结构。
鲑精担体 DNA 制备实验
利用这一方案可获得剪切好的高质量鲑精担体DNA，它可用于转化实验和其他需要高质量担体DNA的实验中。
λ 噬菌体载体 DNA 的碱性磷酸酶处理实验
λ 噬菌体两臂内部末端 5'-磷酸基团的去除，能有效防止自连和减少非重组噬菌体的背景。当使用含单一克隆位点的插入型载体（如 λgt10、λgt11 和 &lambd
通过 CsCl 等密度梯度离心纯化λ噬菌体颗粒实验
CsCl 等密度梯度离心用于制备最高纯度的感染性 λ 噬菌体颗粒，它没有任何细菌核酸的污染。从这种噬菌体颗粒中提取的 DNA 可用作 DNA 测序的模板、亚克隆至质粒载体
λ 噬菌体臂的纯化（通过蔗糖密度梯度离心）实验
与插入型载体不同，置换型载体的基因组含有中部的填充片段，为了容纳外源 DNA 片段，填充片段必须被去除。该过程一般被称为“λ臂的制备”，包括用限制酶
用甲酰胺从哺乳动物细胞中分离高分子质量 DNA
本方案是 Kupiec 等所述方法（1987) 的改良版本，包括用蛋白酶 K 消化细胞和组织，用高浓度甲酰胺分离 DNA-蛋白质复合物（染色质用火棉胶袋充分透析去除蛋白酶和有机溶剂等
用缠绕法从哺乳动物细胞中分离 DNA
本方法由 Bowtell 法（1987) 改进而成，可同时从许多不同细胞或者组织样品中制备 DNA。本方案中的主要步骤包括将 DNA 沉淀在细胞裂解液和乙醇的交界面上，接着将沉淀的 DNA
酵母 DNA 的快速分离
根据该方案制备的酵母 DNA 可以用作 PCR 反应的模板。在 E. coli 和 Saccharomyces cerevisiae 中均能复制的穿梭质粒也可以从酵母中提取，并且可以用于转化 E. coli。本实
Southern 印迹(毛细管法将 DNA 转移到膜上)
制备基因组 DNA 样品首先要经过一种或多种限制性内切核酸酶的消化，消化后的片段在标准的琼脂糖凝胶上经电泳按照大小进行分离。DNA 经过原位变性后，从凝胶上转移到固相支
从96孔微培养板生长的哺乳动物细胞中分离 DNA
本方案由 Ramirez-solis 等的方法 1992，1993 改进而成，是一种从微培养板的每个孔生长的真核细胞抽提基因组 DNA 的简便有效的方法。每个孔产生的基因组 DNA 足以做数次聚
从鼠尾或其他小样本中制备基因组 DNA
这一简单的实验方案在成百上千的实验室被广泛应用于转基因或基因剔除小鼠的基因型鉴定以及从小量培养的细胞或组织块中提取 DNA。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培
阴离子交换色谱纯化从琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶回收的 DNA
从琼脂糖凝胶中回收的 DNA 片段，如 PCR 产物或酶切 DNA 片段，对进一步酶切具有一定的抗性。这种抗性产生的原因是多方面的，通常将其归为抑制剂的存在。经带正电荷的离子
酿酒酵母的生长及其 DNA 的制备
用这一方法制备的 DNA 适用于琼脂糖凝胶电泳、Southern 印迹、亚克隆、基因组文库构建、PCR 或其他不需要完整的高分子质量 DNA 的方法。本实验来源「分子克隆实验指南第三
酵母 DNA 的小量制备
通过消化细胞壁，然后用 SDS 裂解随之产生的原生质体就可以制备酵母 DNA。用这种方法可重复性地制备若干毫克的酵母 DNA。得到的酵母 DNA 可被限制性内切核酸酶切割，也可用
高容量载体中基因组 DNA 片段末端的分离(小载体 PCR)
许多真核生物的基因所包含的 DNA，远非单个重组子所能容纳得了的。对于大多数染色体来说，更是如此。因此，必须构建一套重叠的 DNA 克隆，这些克隆的 DNA 按次序排列能形成
琼脂糖凝胶中 DNA 的检测
琼脂糖凝胶中的核酸通过染色，可以在波长为 300 nm 的紫外灯下检测。介绍琼脂糖凝胶中核酸染色的两种方法：溴化乙锭（ethidium bromide, EB ) 染色法和 SYBR Gold 染色法。
寡核苷酸 5' 末端磷酸化实验
以下介绍的是标记 10pmol 高比活度的寡核苷酸的反应，标记不同量的寡核苷酸可以通过增加或减少反应体积而保持各组分的相应浓度来实现。也可用类似的反应条件，将非放射性的
CPB 沉淀法纯化放射性标记的寡核苷酸实验
本方案介绍用阳离子去污剂——十六烧基溴化吡啶（cetylpyridinium bromide,CPB) 定量差异沉淀分离放射性标记的寡核苷酸与未掺入的放射性标记物。此方法最初是用于回收磷酸
λ噬菌体臂与外源基因组 DNA 片段的连接实验
当 λ 噬菌体臂与外源基因组 DNA 片段相连时，必须考虑到两个参数：噬菌体臂与潜在插入片段的摩尔比，以及在反应混合物中各类 DNA 的浓度。本实验来源「分子克隆实验指南第
噬菌体 DNA 从噬菌斑到滤膜的转移实验
一个从 λ 噬菌体文库中鉴别和分离特异重组子的方法，在分子克隆历史的早期由 Bemon 和 Davis (1977) 建立起来。这个目前仍经常使用的方法，包括通过用 32P 标记的探针进行
噬菌体 DNA 在滤膜上的杂交实验
通过用 32P 标记探针的原位杂交，可筛选携带有固定化 DNA 的滤膜，这些 DNA 来源于噬菌斑。该技术是强有力的、高度特异的和很灵敏的，能从数千个噬菌斑中鉴别出单一的重组
λ噬菌体分离物的快速分析(从液体培养物中纯化 λDNA)实验
如本方案所述，λ 噬菌体 DNA 可很容易地从液体培养物中纯化出来。而前一个方案则阐述了从平板裂解物中纯化 λ 噬菌体 DNA 的方法。一般来说，λ 噬菌体在液体培养物中的生
M13 噬菌体铺平板
M13 噬菌斑是由单个病毒感染单个细菌后形成的。子代病毒颗粒感染邻近细菌, 然后又产生下一代病毒颗粒，细菌在半固体培养基（如含琼脂或琼脂糖）上生长时，子代病毒颗粒的扩
P1 噬菌体及其克隆系统的应用
P1 噬菌体与 λ 噬菌体同年被发现（Bertani 1951)。两种噬菌体在天然宿主中都是温和噬菌体，它们在实验室的研究历程也几乎相同。λ 噬菌体一经被发现，立刻就被当时有影响
M13 噬菌体液体培养
M13 噬菌体原种通常采用液体培养，感染细胞并不裂解而是缓慢生长形成稀悬液。接种几乎总是用一个新挑取的噬菌斑或单个噬菌斑获得的噬菌体颗粒悬液。感染细胞含 200 拷贝以
M13 噬菌体双链（复制型）DNA 的制备
感染 M13 噬菌体的细菌含病毒双链 RF DNA，培养基中粗提病毒颗粒中含单链子代 DNA，双链 RF DNA 可以采用类似于质粒纯化的方法从感染细胞的小量培养物中分离。从 1~2 ml 的
M13 噬菌体单链 DNA 的制备
M13 噬菌体单链 DNA 是从感染细胞分泌至周围培养液中的病毒颗粒中制备的，首先在高盐存在下，丝状病毒被聚乙二醇（PEG) 沉淀浓缩，然后用酚抽提释放单链 DNA，最后乙醇沉淀
单链和双链 M13 噬菌体 DNA 的大规模制备
这个方案主要用于制备大量 M13 噬菌体的双链 DNA，因在实验室中 M13 噬菌体经常被用作克隆载体，以及在某些特殊用途时需要制备大量的单链噬菌体 DNA，如当一个特定的重组体
细胞提取物中 β-半乳糖苷酶的测定实验
本方案介绍报道分子载体（请见图 17-5) 转染哺乳动物细胞后，测定表达的β-半乳糖苷酶活性。本方法既简单快速，又可以用可见光分光光度计进行测定。本实验来源于分子克隆实
M13 噬菌体载体的克隆
虽然理论上 M13 重组噬菌体所能携带的外源 DNA 片段没有限制，但实际上是有限的：长片段的外源 DNA 比短片段的更易发生缺失和重排。因此如果可能，最好克隆至 M13 噬菌体的
重组 M13 噬菌体克隆分析
在本方案中，当外源 DNA 大于 200~300 个核苷酸时，用重组 M13 噬菌体克隆感染细菌后释放至周围培养基中的单链 DNA 进行凝胶电泳分析即可鉴定。本实验来源「分子克隆实验指
用蛋白酶K和苯酚从哺乳动物细胞中分离高分子质量 DNA
这一程序改自最先由 Daryl Stafford 及其同事描述的方法（Blin and Stanfford 1976)。 当需要大量哺乳动物 DNA，如用于 Somhern 杂交或者用噬菌体 λ 载体构建基因组文库时
低熔点琼脂糖凝胶中 DNA 的回收（有机溶剂抽提）
羟乙基修饰的琼脂糖可降低链间的氢键数目，并可在比标准琼脂糖更低的温度下熔化和凝固。多糖链上这种替换发生的程度决定了琼脂糖熔化与凝结的确切温度。这一特性构成了从凝
锚定酶消化 cDNA 实验
如果上一步骤基因表达的系列分析技术 SAGE cDNA是保存在-20°C 中的，那么此实验是在冰上缓慢解冻。 现代神经科学研究技术 作者：U.Windhorst & H. Johansson 翻译：赵志
用交换反应进行 5' 突出端 DNA 分子的磷酸化
T4 噬菌体多核苷酸激酶催化的交换反应（Van de Sande et al. 1973; Berkner and Folk 1977) 是一个标记 5' 端 DNA 的快速方法。与正向反应不同的是，它无需 DNA 去磷酸化。
cDNA 宏阵列方法分离拟南芥的臭氧应答基因实验
除 cDNA 微阵列外，基于尼龙膜支持物的 cDNA 宏阵列方法是又一被广泛应用的大规模基因表达数据的收集方法。从新基因的发现到基因表达谱的分析， cDNA 宏阵列被应用于分子生
长距离 PCR
在标准 PCR 反应条件下，PCR 扩增 DNA 片段的长度一般为 1~2 kb，这种扩增能力对许许多多常规的 DNA 分子操作技术要求来说是已经足够了（如 DNA 序列分析和基因突变等)，但
低熔点琼脂糖凝胶中 DNA 的回收（用琼脂糖酶消化）
可用琼脂糖酶消化的方法从低熔点琼脂糖凝胶中回收 DNA ( Bumeister and lehrach 1989)。在这种方法中，琼脂糖酶使琼脂糖多聚体水解为双糖。这样获得的 DNA 再经酚抽提、乙
聚丙烯酰胺凝胶中 DNA 的放射自显影检测
丙烯酰胺凝胶电泳分离的放射性 DNA 条带可用放射自显影的方法检测。含有放射性 DNA 的聚丙烯酰胺分析凝胶，在放射自显影前通常要固定和干燥。然而，若要从凝胶中回收放射性
聚丙烯酰胺凝胶中 DNA 片段的回收（压碎与浸泡法）
从聚丙烯酰胺凝胶中回收 DNA 的标准方法是由 Maxam 和 Gilbert (1977) 最先介绍的“压碎与浸泡”技术。洗脱下来的 DNA 通常不含有酶抑制物及对细胞转染或微量注射有毒害的
脉冲场凝胶电泳制备 DNA（哺乳动物细胞和组织DNA的分离）
本方案叙述了从培养细胞和组织制备 DNA 样品的方法。病人或动物来源的白细胞也能用作 PFGE 的高分子质量 DNA 样品。如果确有必要，DNA 也可以从哺乳动物细胞分离出的胞核制
脉冲场凝胶电泳制备 DNA（酵母完整 DNA 的分离）
制备用于电泳的酵母 DNA，先用酶破坏酵母细胞胞壁，然后在熔化的低熔点琼脂糖中混悬，制成栓。将栓浸入含蛋白酶的裂解缓冲液，以加速细胞裂解和除去蛋白质。此方法在 Schwa
克隆化的 PCR 产物连入 T 载体
由 Taq DNA 聚合酶 PCR 扩增产生的带 3' 突出端为 A 碱基的 DNA 片段能高效地克隆至 T 载体上，这种 T 载体有与 A 碱基互补的未配对 3' T 碱基（Holton and Graham 1991; M
PCR 产物的平末端克隆
靶基因经 PCR 扩增，样品进行必要的纯化回收后，接下来用平末端进行连接克隆也是分子生物学实验中常规采用的技术路线，实验一般利用噬菌体 T4 DNA 聚合酶等补平扩增 DNA 片
通过超滤去除 DNA 扩增产物中的寡核苷酸及过剩 dNTP
PCR 反应结束后，从扩增 DNA 产物中去除扩增反应残余下来的寡核苷酸引物，引物二聚体及 dNTP 是非常必要的。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
琼脂糖凝胶栓中 DNA 的限制性内切核酸酶消化
从哺乳动物细胞、酵母或细菌分离的染色体 DNA 在琼脂糖栓中可用所需的内切酶消化。低熔点琼脂糖栓的孔足以使内切酶进入，与作为底物的基因组 DNA 相作用。消化后，经 PFGE
放射性标记的探针与固定在膜上的核酸的 Southern 杂交
Southern 杂交获得的信号强度取决于若干因素，包括固定的 DNA 与探针互补的比例、探针的大小及特异活性以及转移到膜上的基因组 DNA 的数量。在最佳条件下，这种方法的敏感
根据大小分离 RNA: 乙二醛化 RNA 的琼脂糖凝胶电泳
这个方法将乙二醛变性和琼脂糖凝胶电泳结合了起来（从 McMaster 和 Carmichael (1977), Thomas(1983) 的方法修改而来）。RNA 的自动乙二醛化、溴化乙锭染色及电泳缓冲液的
用 S1 核酸酶对 RNA 作图
三种不同的核酸酶——S1 核酸酶、RNA 酶、外切核酸酶Ⅶ被用来进行 RNA 定量，确定内含子位置，以及用来鉴定在克隆的 DNA 模板上的 mRNA 的 5' 端和 3' 端的位置。当检测 RN
纯化的 RNA 的点杂交和狭线杂交
点杂交和狭线杂交技术（Kafatos et al. 1979) 用于在同一固相支持物（通常为带电荷的尼龙膜）上固定几种核酸样品，然后用合适的探针与已固定的样品杂交，并由此判断靶序列
Northern 杂交
转移并固定到膜上的 RNA 样品可以与特异的探针杂交，从而用来对所感兴趣的 RNA 进行定位。视实验人员和条件的差异，可以从多种方法中选择任意一种来标记和检测探针。用抑制
变性 RNA 在膜上的转移和固定
多数情况下，为检测特定的靶 mRNA，需先将 RNA 通过琼脂糖电泳分离后，再从胶上转移到二维支持物上，（通常用尼龙膜)，再与持异的标记探针杂交。正如在 Nonhem 杂交中讨论
聚丙烯酰胺凝胶中 DNA 的染色检测
与琼脂糖凝胶不同，聚丙烯酰胺凝胶灌制时不能加入溴化乙锭，因为此染料会影响丙烯酰胺的聚合。然而，电泳后可用溴化乙锭进行聚丙烯酰胺凝胶的染色。由于聚丙烯酰胺会猝灭溴
用一步法从细胞和组织中同时制备 DNA、RNA 和蛋白质
同 Chomczynski 和 Sacchi 两人于 1987 年报道的 RNA 快速提取法一样，这种方法包括用含异硫氰酸胍和酚的一种单相液来裂解细胞。加入氯仿产生了第二相（有机相），DNA 和蛋
脉冲场凝胶中浓缩 DNA 片段的回收
低熔点琼脂糖切片中的 DNA 首先通过电泳浓缩进入高百分比琼脂糖凝胶中，然后用琼脂糖酶处理而分离。最终 DNA 制备通过微透析纯化。这种方法在把分离的 DNA 注入小鼠受精卵
用随机寡核苷酸延伸法进行扣除 cDNA 探针的放射性标记
此方案中 cDNA 的合成是在 4 种饱和浓度的 dNTP 及一种痕量的放射性标记的 dNTP 中进行的。扣除杂交后，在大肠杆菌 DNA 聚合酶Ⅰ的 Klenow 片段作用下，富集的单链 cDNA 通
单细胞 mRNA 差异显示实验
目前有几种方法可以显示生理刺激下组织样本中未知基因的表达水平变化。然而, 很多组织内的细胞又存在形态和功能上的异质性，因此常常需要从单个细胞水平研究基因表达的差异
用 T4 噬菌体 DNA 聚合酶标记双链 DNA 的 3'端
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
比较分子生理基因组学 — cDNA 阵列的异种杂交实验
近几年来， DNA 微阵列已经被公认是分子生物学研究的一种标准方法。特别是在生物医学研究方面，常用物种的微阵列一面世就得到广泛应用。但是对于非模式生物来说 ，微阵列的
含5’突出羟基端的 DNA 分子磷酸化
本方案用磷酸酶去除核酸的 5' 磷酸根，然后在 T4 噬菌体多核苷酸激酶的催化下，以放射性标记的形式重新将磷酸加到核酸上，这是一种广泛应用于 32P 标记探针的技术。本实验
去磷酸化的平端或 5' 凹端 DNA 分子的磷酸化
在 T4 多核苷酸激酶的正向反应中，带有平端、5' 凹端或分子内切口的 DNA 底物比 5' 突出端的分子标记效率低。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
通过 cDNA 宏阵列和基因表达谱检测环境毒物的毒理效应实验
本章主要介绍如何通过制备和使用 cDNA 宏阵列来检测环境毒物对基因表达的影响，同时具体介绍实验所用到的材料与方法。由于一些非传统模式的物种研究购买不到商业化的芯片，
用碱性磷酸酶进行 DNA 片段的去磷酸化
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
微生物基因组 DNA 提取实验
首先利用含有离液盐的溶液裂解酵母，以确保大分子彻底变性。之后加入乙醇，裂解物离心通过微量离心管时，DNA 会结合到离心柱硅胶模上。在洗涤去除污染物后，将 DNA 用 Tris
昆虫杆状病毒表达系统的建立
杆状病毒是双链DNA病毒，主要感染昆虫，也感染体外昆虫细胞系，对人畜无毒害。苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒（AcMNPV）是目前宿主最广、应用最多的杆状病毒。 它与草地贪夜蛾
原位缺口平移技术
原位切口平移技术又称为原位缺口翻译（in situ nick translation）。它最早用于研究DNA体外复制，其后又扩展至研究染色体、培养细胞与组织切片的DNA转录效力。 它一方面具
定量PCR
定量PCR可以用于： （1）以外参或内参为标准，通过对PCR终产物的分析或PCR过程的监测，进行PCR起始模板量的定量；（2）用外标法（荧光杂交探针保证特异性）通过监测PCR过程
Southern印迹技术
印迹杂交是指将待测核酸片段结合到一定的固相支持物上，然后与存在于液相中的标记探针进行杂交的过程。Southern印迹技术（Southern blot）是将DNA转移到固相支持物上，然后
利用化学诱变剂诱变基因组
当前利用模式小鼠研究基因功能主要有两个策略：基因驱动法（gene-driven approach）和表型驱动法（phenotype-driven approach）。基因敲除是典型的基因驱动法，采用此法产
焦磷酸测序
焦磷酸测序 (pyrosequencing) 是一种基于发光法测定焦磷酸 (PPi) 的测序技术。焦磷酸测序技术的三个关键点分别是：①反应中使用 dATP 的类似物 dATPaS，因为 dATP 的结构与
自动激光荧光 DNA 测序
目前，自动激光荧光 DNA 测序技术（又称第一代测序技术）的应用已十分普遍。自动激光荧光DNA测序的基本原理均基于Sanger双脱氧法，但不同的自动激光荧光DNA测序系统的具体
DNA 体外重组
DNA 体外重组，又称基因克隆，是基因操作中最基本的技术，也是分子生物学的核心技术。DNA 重组技术，是指应用酶学的方法，在体外将各种来源的遗传物质（同源的或异源的、原
依据大小分离RNA
RNA 样品经甲酰胺处理以及经含有甲醛的凝胶电泳分离可能会发生变性，这一方法是从 Lehrachetal. (1977), Goldberg (1980)，Seed (1982a）和 Rosen et al, (1990) 修改而来
DNA 电泳（agarose 胶）
DNA电泳可用于：（1）分离不同大小的DNA片段；（2）鉴定目的DNA片段；（3）纯化和回收DNA片段。
通过 PCR 方法对微量 DNA 进行定量分析实验
PCR被用于从每样品的1〜20 000个分子中定量某一特定DNA序列的 数量。此外，它可辅助评估那些造成这类实验失败的污染序列的存在。来源：《精编分子生物学实验指南》第五版
差异显示 PCR
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
从 M13 噬菌体模板合成固定长度的单链 DNA 探针
本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
从 M13 噬菌体模板合成非固定长度的单链 DNA 探针
在合成过程中，低浓度的放射性标记的 dNTP 使探针的长度限制为 200~300 个核苷酸。但是新合成的 DNA 可通过改变投入的模板量和 dNTP 的浓度使其长度为 100~1000 个核苷酸，
微核实验在染色体水平检测 DNA 损伤实验
研究染色体水平的 DNA 损伤是遗传毒理学的重要组成部分，因为染色体突变是癌症发生过程中重要的一环。微 核 实 验（micronucIeus assay) 因为能准确检测染色体丢失和染色体
用寡聚（dT）作引物合成放射性标记的扣除 cDNA 探针
本方案描述通过与 mRNA 驱动方杂交，继之以羟基磷灰石层析纯化单链放射性标记的 cDNA，制备扣除 cDNA 探针。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
DNA 条形码的收集—分析方案实验
生物条形码的兴起表明了人类正积极探索建立一种基于对短的标准化基因区序列多样性的分析来鉴别真核生物的系统。此项工作在动物界研究中发展最快。这里，一个目标基因区域得
体外转录合成单链 RNA 探针
制备特异性的单链 RNA 探针不仅比 DNA 探针更容易，在杂交反应中一般也比具相同比活性的 DNA 探针产生更强的信号，这可能是由于含有 RNA 的杂合链固有的更高稳定性的缘故（
用随机寡核苷酸引物从 mRNA 合成 cDNA 探针
本方案以 poly(A) + RNA 作为模板，通过随机引物反应合成 cDNA 探针，这类探针可用于 cDNA 文库的差异筛选。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。
琼脂糖凝胶电泳实验
琼脂糖凝胶电泳可应用于：（1）DNA切胶回收；（2）DNA分离；（3）佐证DNA是否重组，质粒等是否切开以及其他分子生物学研究。
痘苗病毒 DNA 提取实验
如果提取的痘苗病毒DNA用于转染，则应在蛋白酶 K 消化和苯酚抽提后分离。具体方法见本实验。来源《精编分子生物学实验指南（第五版）》
DNA 浓度和纯度的测定
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