1,4-苯并二噁烷(Benzodioxane)构件指南:定义与命名、衍生化入口与药物先导应用(附表1–表3)
1,4-苯并二噁烷(Benzodioxane)构件指南:定义与命名、衍生化入口与药物先导应用(附表1–表3)
1.现实问题:为什么药物分子需要“苯并二恶烷”这样的杂环构件
很多先导化合物在早期筛选中能看到活性,但进入进一步研究时,常会遇到更“工程化”的瓶颈:
1. 分子过于疏水或极性分布不理想,导致溶解度、暴露或组织分布难以稳定;
2. 构象过于自由,结构—活性关系(SAR)不够清晰,优化迭代效率低;
3. 连接位点不够“好用”,想在不破坏核心骨架的前提下做快速修饰比较困难。
苯并二恶烷(benzodioxane)之所以反复出现在药物发现与先导优化中,核心原因在于它能用一个相对紧凑、可修饰的含氧稠环骨架,同时提供适度极性、较清晰的取代基指向(exit vector)以及方便构建衍生物的结构接口;因此在多类靶点与设计策略中被长期使用。
2.定义与基本概念:苯并二恶烷是什么
2.1 母核定义
苯并二噁烷(1,4-benzodioxane / 1,4-benzodioxan)是由苯环与含两氧的六元环稠合形成的双环含氧杂环骨架;母体分子式 C₈H₈O₂,常用 CAS 493-09-4 进行定位。
在数据库与供应商条目中,也常写作 2,3-dihydro-1,4-benzodioxin(e)(或等价顺序写法 “1,4-benzodioxin, 2,3-dihydro-”),用于强调该骨架相对 1,4-benzodioxin 为“二氢化/更饱和”的版本。
在多数数据库/药物 IUPAC 片段里:2,3-dihydro-1,4-benzodioxin ≈ 1,4-benzodioxane(同一骨架的不同命名路径)。
2.2 易混淆概念:苯并二噁烷 vs 苯并二噁烯(1,4-benzodioxin)
1,4-benzodioxin(苯并二噁烯/更不饱和体)与苯并二噁烷(1,4-benzodioxane)最关键的差别在于“含氧六元环的饱和度”:
苯并二噁烷可视为 2,3-dihydro-1,4-benzodioxin(e)(在含氧环上引入一对氢,使该段呈 –O–CH₂–CH₂–O– 的饱和连接),因此其分子式为 C₈H₈O₂;而 1,4-benzodioxin 更不饱和,分子式为 C₈H₆O₂。检索与选构件时,优先用 “dihydro-” 作为关键词,或用 分子式/结构图(是否出现 –CH₂–CH₂–) 与 CAS 进行交叉确认,以避免把不饱和体误当作苯并二噁烷母核。

3.结构特点:苯并二噁烷在分子设计里最常用的 3 个优势
结构特征 | 带来什么变化(性质/构象) | 典型用途 |
两个氧原子(2 个 H-bond 受体) | 在体积不大幅增加的情况下,引入可预测的极性/相互作用位点(注意:只提供受体,不自带供体) | 用于微调溶解度、logP/logD、结合相互作用等平衡;具体效果仍由全分子环境决定 |
稠合双环、相对紧凑 | 相比更“软”的链状醚/乙二醇片段,构象自由度更少、取代基指向更可控 | 更容易建立 SAR:减少“构象噪声”,让取代基变化的真实效应更清晰 |
可系列化取代位点(如 2 位等) | 便于做同骨架的系统对照:不同侧链/官能团快速排布 | 快速搭建“同骨架不同取代”的小库,用于活性×ADME同步筛选与迭代 |
4.苯并二噁烷:常用官能团入口构件
常见构件形态 | 主要用来做什么 |
芳环卤代/拟卤代(Br/Cl/I/OTf 等) | 偶联与取代反应的通用入口;用于快速改变芳环取代图谱(不同位点/电子效应/位阻),也是很多“先导优化”最常走的改造路径之一。 |
芳环硼酸/硼酸酯(B(OH)₂ / Bpin 等) | 与卤代/拟卤代成对出现,用于 Suzuki 等偶联;常作为“另一端”构件与芳卤配对,便于模块化拼接与并行合成。 |
2 位侧链入口(2-substituted 系列) | 系列化衍生的高频入口:用同一母核快速铺开不同侧链/官能团对照;需要留意是否引入手性中心以及是否能买到单一对映体/外消旋体。 |
醇/活化醇/卤代烷基(–CH₂OH,–CH₂X,–OMs/OTs 等) | 用于接入连接臂(linker)与做醚化/胺化等“接链”反应;适合把苯并二噁烷当作平台骨架,再把功能端基外接出去做系列对照。 |
胺/含氮侧链入口(–NH₂、–CH₂NH₂、二级胺/胺盐等) | 常用于快速引入可成盐位点与提高相互作用/极性调参;也是做酰胺/脲/磺酰胺/还原胺化等衍生化的高频起点之一。 |
羧酸及其衍生物(–CO₂H / –CO₂R / –COCl / –CONR₂) | 用于酰胺键构建与系统调参(极性、氢键、代谢稳定性等);同一母核上通过“酸→酰氯→酰胺/酯”能快速做一组可比对照。 |
5.典型应用:药物发现与先导优化中常用的骨架模板
文献综述总结显示,1,4-苯并二噁烷(1,4-benzodioxane)长期作为药物化学中的常用骨架出现,覆盖多类生物活性与多种先导发现/优化策略。
5.1 苯并二噁烷在药物设计中常见的 3 种用法:替换、连接、系列化
①. 模块替换(scaffold hop):把分子中某一段“环/链模块”替换为苯并二噁烷骨架,做一组可比对照,用于同步观察活性、选择性与 ADME 的变化趋势(是否值得继续沿该骨架展开)。
②. 作为连接与空间占位模块:在“药效团—药效团”拼接或引入连接臂时,用苯并二噁烷作为可被系列化改造的连接/占位单元,便于快速建立结构对照并提高 SAR 迭代效率。
③. 围绕关键位点做立体与系列化展开:很多研究会围绕 2 位侧链与芳环取代做系统对照;当 2 位引入手性中心时,进一步比较外消旋体/单一对映体也常成为先导优化的一部分。
5.2 真实药物锚点:上市药中的苯并二噁烷片段与阿拉丁对应产品
命名提醒:在药物 IUPAC/数据库条目里,1,4-苯并二噁烷环常写作 “2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-…”(强调 2,3 位二氢化/饱和化),与 “1,4-benzodioxane/benzodioxan” 指的是同一骨架,只是命名路径不同。
以 多沙唑嗪(Doxazosin) 与 依利格鲁司他(Eliglustat) 为例,它们的结构/命名信息里能看到苯并二噁烷骨架以不同写法进入真实药物结构:
①. 多沙唑嗪(游离碱 74191-85-8 / 甲磺酸盐 77883-43-3):其系统命名中常出现片段 “(2S)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-yl …”,对应的是 1,4-苯并二噁烷环在 IUPAC/数据库中的常见写法;盐型变化不改变该环骨架,只改变化合物的存在形态。
②. 依利格鲁司他(Eliglustat)的 IUPAC/数据库命名中,该环片段通常写作 “2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl …”(对应 1,4-苯并二噁烷环)。(即苯并二噁烷片段作为分子的一部分被讨论,且在药物研发的描述里常会被纳入代谢/理化性质的考虑)。
分类(锚点药物 × 形态) | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 典型用途或特色 |
Eliglustat|游离碱(API 本体) | 491833-29-5 | Eliglustat | Moligand™, ≥98% | 母体结构对照更直接:常用于谱图/结构确认、方法学开发与杂质谱参比;也更适合做“母体化合物”的性质/代谢相关对照。 | |
Eliglustat|盐型(半酒石酸盐) | 928659-70-5 | 依利格鲁司他半酒石酸盐 | ≥99% | 更贴近实际供货/固态形态:用于盐型相关的质量控制对照;也便于评估盐型对溶解/稳定性等性质的影响(与游离碱并列对照更稳妥)。 | |
多沙唑嗪|游离碱(API 本体) | 74191-85-8 | 多沙唑嗪 | Moligand™, ≥98% | 结构锚点参照:用于结构/谱图确认与方法学对照;在做同骨架系列化衍生时也常作为参比物。 | |
多沙唑嗪|盐型(甲磺酸盐) | 77883-43-3 | 甲磺酸多沙唑嗪 | ≥99% | 常见药物盐型:用于质量控制/标准品对照更常见;也适合比较“游离碱 vs 盐型”在溶解行为与配方相关表现上的差异。 |
6.阿拉丁苯并二恶烷相关化学品|按科研任务快速选表(对应表1–表3)
科研/实验需求 | 建议优先看哪张表 | 选表逻辑 | 表中代表产品 |
需要母核/基础对照:确认骨架、做空白对照、或作为后续衍生化起点 | 表1 核心骨架与连接臂入口 | 表1包含母核与最常用“2位可拼接入口”,适合作为所有路线的起点与对照基准 | 1,4-苯并二噁烷(493-09-4,B103171) |
想把苯并二恶烷片段接到目标分子上(做连接臂/引入胺或醚侧链) | 表1 核心骨架与连接臂入口 | 表1集中在 2 位的 胺/卤甲基/羟甲基 等“最通用拼接手柄”,适合快速把骨架“接出去”并做系列化对照 | 2-氨甲基-1,4-苯并二噁烷(4442-59-5,A170391);2-溴甲基-1,4-苯并二噁烷(2164-34-3,B470628);2-羟基甲基-1,4-苯并二噁烷(3663-82-9,H136282) |
需要更稳定、易称量的胺类供货形态(做盐、做后续酰胺/脲/磺酰胺) | 表1 核心骨架与连接臂入口 | 盐酸盐通常更稳定、便于储存与计量;适合以“含氮连接点”为核心的系列构建 | 1,4-苯并二噁烷-2-甲胺盐酸盐(1446-27-1,B701410) |
以酰胺化/酯化为主线做衍生物(需要羧酸或其衍生物作为连接点) | 表2 芳环位点可转化官能团入口;(若是2位连接点补看表3) | 表2包含 5/6 位羧酸、酚、胺等“可直接做键”的官能团;若你想从 2 位作为连接点,则表3的 2-羧酸/甲酯更合适 | 1,4-苯并二氧六环-5-甲酸(4442-53-9,B153005);1,4-苯并二氧六环-6-羧酸(4442-54-0,B138847);1,4-苯并二噁烷-2-羧酸(3663-80-7,B153003) |
需要做芳环位点取代扫描(调电子效应/代谢热点/极性窗口:如 OH、NH₂、NO₂、CN 等) | 表2 芳环位点可转化官能团入口 | 表2集中了最常见的“芳环调参位点”:酚、芳胺、硝基、腈等,适合做结构—性质与结构—活性对照 | 6-羟基-1,4-苯并二噁烷(10288-72-9,D189394);5-氨基-1,4苯并二恶烷(16081-45-1,D174599);6-硝基-1,4-苯并二噁烷(16498-20-7,N132790);(19102-07-9,D182405) |
需要把酚/羟甲基进一步转成醚、碳酸酯、磺酸酯或再氧化/再官能化(路线切换) | 表2 芳环位点可转化官能团入口 | 表2里的 6-OH / 6-CH₂OH 是高频“路线切换点”:可引入侧链、也可进一步氧化/活化得到更多衍生物类型 | 6-羟基-1,4-苯并二噁烷(10288-72-9,D189394);苯并二氧六环-6-甲醇(39270-39-8,D588974) |
需要以还原胺化快速扩展侧链(用醛/酮把“碳骨架长出来”) | 表2 芳环位点可转化官能团入口 | 醛/酮是最直接的“侧链扩展入口”,适合快速生成胺类衍生物并建立 SAR | 3,4-亚乙二氧基苯甲醛(29668-44-8,E156097);6-乙酰基-1,4-苯并二恶烷(2879-20-1,A151115) |
需要用Suzuki 等偶联快速“换芳基/换杂芳基”,扩展芳环结构空间 | 表3 偶联与快速换芳基入口 | 表3集中在 芳基溴/芳基硼酸 这类典型偶联手柄,用最少步骤扩展芳基结构空间 | 6-溴-1,4-苯并二噁烷(52287-51-1,B133470);苯并-1,4-二氧六环-6-硼酸(164014-95-3,W132665) |
想用2位羧酸的“可储备形态”先备料,后续再水解/转酰胺/转酯(提高路线灵活性) | 表3 偶联与快速换芳基入口 | 甲酯往往比游离酸更利于储存与反应条件选择;需要时再转回羧酸进入酰胺化/酯化 | 1,4-苯并二恶烷-2-羧酸甲酯(3663-79-4,M184053) |
使用建议:
1. 要“把骨架接出去”:先看 表1(2位胺/卤甲基/羟甲基最通用)。
2. 要“调性质/调电子/做位点对照”:优先 表2(OH、NH₂、NO₂、CN、CHO、Ac 等)。
3. 要“快速换芳基/扩展芳基空间”:优先 表3(溴/硼酸 + 2位酸/甲酯)。
表1|核心骨架与“连接臂/可拼接入口”(最常用于把苯并二恶烷片段接入目标分子)
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色与应用 |
母核|基础骨架/对照 | 493-09-4 | 1,4-苯并二噁烷 | ≥98% | 母体骨架:用于作为基础起始原料、对照标准或溶剂/添加剂相关研究参考;也是构建各类取代苯并二恶烷衍生物的核心母核之一,常见于药物与功能分子骨架库。 | |
侧链胺|连接臂入口(2位) | 4442-59-5 | 2-氨甲基-1,4-苯并二噁烷 | ≥97% | 2-位伯胺是典型“拼接接口”:便于做酰胺/脲/磺酰胺等系列化衍生物,快速评估不同取代与连接臂对活性与 ADME 的影响;常用于药物化学构件库。 | |
侧链胺盐|稳定供货形态(2位) | 1446-27-1 | 1,4-苯并二噁烷-2-甲胺盐酸盐 | ≥97% | 胺盐酸盐形态便于称量与储存:作为 2 位含氮连接点,可用于制备二级/三级胺、酰胺、脲等;常用于把苯并二恶烷骨架接入药效团或连接臂以优化溶解度与结合模式。 | |
侧链卤甲基|亲核取代/烷基化入口(2位) | 2164-34-3 | 2-溴甲基-1,4-苯并二噁烷 | ≥97% | 典型电亲试剂:通过 SN2 反应引入 O/N/S 等亲核基团,快速构建醚、胺、硫醚及各类连接臂;用于把苯并二恶烷骨架“挂接”到不同功能片段上。 | |
侧链醇|醚化/酯化入口(2位) | 3663-82-9 | 2-羟基甲基-1,4-苯并二噁烷 | ≥97% | 2-位醇是通用衍生化位点:可做醚化、酯化、碳酸酯等,适合构建可调长度/极性的连接臂;也便于进一步氧化/卤化实现路线切换。 |
表2|芳环位点“可转化官能团”入口(羧酸/酚/胺/硝基/腈/醇/醛/酮)
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色与应用 |
羧酸|酰胺化/连接臂入口(5位) | 4442-53-9 | 1,4-苯并二氧六环-5-甲酸 | ≥98%(HPLC) | 典型“羧酸位点”构件:可直接做酰胺/酯用于连接侧链与构建系列化衍生物;与 6-羧酸互为位点异构对照,常用于药物化学 SAR 与性质窗口对比。 | |
羧酸|酰胺化/连接臂入口(6位) | 4442-54-0 | 1,4-苯并二氧六环-6-羧酸 | ≥98% | 常用“芳环位点羧酸”构件:用于构建酰胺/酯并调控极性与代谢位点;与 5-羧酸形成位点异构对照,适合在同一骨架上比较取代位置对活性/性质的影响。 | |
酚/羟基|芳环位点衍生化入口(6位) | 10288-72-9 | 6-羟基-1,4-苯并二噁烷 | ≥95% | 芳环羟基是高频“出射位点”:可做醚化/碳酸酯化/磺酸酯化以引入不同侧链并调节极性;常用于围绕苯并二恶烷骨架做结构—性质精细调参。 | |
羟甲基|连接臂/进一步氧化入口(6位) | 39270-39-8 | 苯并二氧六环-6-甲醇 | ≥95% | 6-位羟甲基兼具“连接臂起点”与“路线切换点”:可醚化/酯化引入侧链,也可进一步氧化到醛/酸以扩展衍生物类型;适合做同位点不同官能团的系列化对照。 | |
芳环胺|位点异构对照/衍生化入口(5位) | 16081-45-1 | 5-氨基-1,4苯并二恶烷 | ≥97% | 芳环 5-位胺用于构建酰胺/脲/磺酰胺等;与其他位置芳胺形成位点对照,便于比较取代位置对结合与性质的影响,是常用的 SAR 入口构件之一。 | |
芳环胺|酰胺/脲/磺酰胺入口(芳环位) | 22013-33-8 | 3,4-亚乙基二氧苯胺 | ≥98% | 典型芳胺“衍生化手柄”:常用于酰胺化、脲化、磺酰化等快速构建一系列含苯并二恶烷片段的含氮衍生物;用于药物化学先导优化中引入可调极性与关键相互作用位点。 | |
硝基|电子效应扫描/还原制胺前体(6位) | 16498-20-7 | 6-硝基-1,4-苯并二噁烷 | ≥97% | 硝基提供强吸电子取代,用于电子效应与性质窗口评估;同时可作为“制备相应芳胺”的前体(还原得到胺后可继续酰胺化/偶联),适合做路线与系列化衍生物的中间体。 | |
腈|强吸电子位点/后续转化入口(6位) | 19102-07-9 | 2,3-二氢-1,4-苯并二氧杂环己-6-甲腈 | ≥97% | 腈基提供稳定的强吸电子取代:用于电子效应与性质窗口调参;同时也是合成中常见“可继续转化”位点(如进一步导向酰胺/酸等路线需按体系选择)。 | |
醛|还原胺化/碳骨架延伸入口 | 29668-44-8 | 3,4-亚乙二氧基苯甲醛 | ≥98%(GC) | 芳香醛“扩展手柄”:常用于还原胺化、缩合(席夫碱/肟等)与进一步官能化,快速引入胺/醇等侧链;适合搭建苯并二恶烷相关芳香醛系列用于先导优化与中间体合成。 | |
酮|还原胺化/α位衍生化入口(6位) | 2879-20-1 | 6-乙酰基-1,4-苯并二恶烷 | ≥98%(GC) | 6-位酮基提供稳定“碳骨架延伸点”:可做还原胺化生成胺类侧链,也可转肟/腙或进一步还原为醇;常用于围绕苯并二恶烷骨架快速扩展取代基、建立构效关系。 |
表3|偶联与“快速换芳基”入口(卤代/硼酸)+ 2位羧酸衍生物(便于备料与转化)
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色与应用 |
卤代芳环|偶联入口(6位) | 52287-51-1 | 6-溴-1,4-苯并二噁烷 | ≥98% | 芳基溴是高频“交叉偶联入口”:适用于 Suzuki、Buchwald–Hartwig 等偶联策略,快速引入芳基/杂芳基/胺基片段;常用于构建构件库与做位点取代扫描。 | |
硼酸|Suzuki 偶联入口(6位) | 164014-95-3 | 苯并-1,4-二氧六环-6-硼酸 (含不同量的酸酐) | ≥97% | 典型 Suzuki 偶联构件:与卤代芳烃/杂芳烃偶联可快速构建芳基化衍生物库;适合在保持苯并二恶烷骨架的同时做“芳基替换”与结构扩展(含酸酐时按实际含量与活性做计量)。 | |
羧酸|2位连接点入口(侧链构建) | 3663-80-7 | 1,4-苯并二噁烷-2-羧酸 | ≥98% | 2 位常作为“连接点”:羧酸可直接用于酰胺化/酯化引入连接臂与药效团;在系列化衍生物中便于做取代基扫描与性质优化(必要时需关注 2 位取代可能带来的立体异构管理)。 | |
酯|2位羧酸衍生物(便于储存与后续转化) | 3663-79-4 | 1,4-苯并二恶烷-2-羧酸甲酯 | ≥95% | 羧酸甲酯是常用“可转化储备形态”:可水解回酸再做酰胺化/酯化,也可在特定条件下进行酯交换;适合做 2 位连接臂系列时的中间体与备料。 |
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