实验方案(Protocols)

基因型鉴定

简介

用小鼠鼠尾或鼠趾或组织进行小鼠基因型鉴定

原理

通过化学方法裂解鼠尾或鼠趾或组织,获得小鼠基因组 DNA 并通过 PCR 方法将其扩增,通过 DNA 水平电泳结果判断小鼠基因型。

应用

鉴定小鼠基因型

操作方法

小鼠基因型的鉴定

原理

通过化学方法裂解鼠尾或鼠趾或组织,获得小鼠基因组 DNA 并通过 PCR 方法将其扩增,通过 DNA 水平电泳结果判断小鼠基因型。

材料与仪器

试剂:
NaOH、EDTA、Trizma base
基因型扩增试剂盒、琼脂糖、TAE 溶液、核酸染料
名称
配方
pH 值
A 液
0.1 g NaOH + 0.058 g EDTA + 100 mL ddH
2
O
B 液
0.63 g Trizma base + 60 mL ddH
2
O
调节 pH = 8.0
仪器:
眼科剪、镊子、金属浴加热器、PCR 仪
水平电泳设备(主机、电泳槽)

步骤

1、剪下小鼠鼠趾、鼠尾或组织适量(至少一个鼠趾或 0.5 cm 长鼠尾),放于 1.5 mL EP 管中。加入 100 μL  A 液,混匀离心,在 100 ℃ 金属浴煮 1 小时,中间取出混匀离心一次。

2、煮完静置至室温,再加入 100 μL 的 B 液充分混匀,可立即测定基因型,也可 -20 ℃ 长期存放。

3、取上清,依据基因扩增试剂盒说明配置扩增体系,一般每个样本中加入 10 μL Taq 酶 Mix,2 μL 上清液,1x 引物各 1 μL,最后用 ddH2O 补至 20 μL。

注意同时制备空白对照(ddH2O 为模板)和野生型对照(野生型小鼠样本为模板)。扩增体系混匀离心后在 PCR 仪中进行扩增,扩增好的 DNA 短期 4 ℃ 存放。PCR 程序设置可根据引物设计进行调整,常规可考虑:

 

温度时间循环
94 ℃5 min 
94 ℃30 s35 循环
94 ℃30 s35 循环
55 ℃30 s 
72 ℃30 s 
72 ℃7 min 
4 ℃∞ 

 

4、配制琼脂糖胶,按 60 mL  1xTAE 溶液加入 0.9 g 琼脂糖的比例配制,混匀后微波炉调至中高火加热 3 分钟,确认琼脂糖粉末溶解完全后待液体稍微冷却后,加入 6 μL 核酸染料,摇晃混匀倒入制胶板中等待凝固。

5、凝固时间约为 30 分钟,随后拔出梳子将胶放入电泳槽中,加入 TAE 溶液至漫过凝胶,每孔上样 10 μL,除了加入样本外,另外加入空白对照,野生型对照和 DNA ladder。水平电泳电压设置 120 V,时间根据条带大小确定,一般 20~30 分钟。电泳结束,在照胶仪下观测条带位置,判断小鼠基因型。

注意事项

1)保证清洁操作,其他物质的掺入可能导致出现杂带;2)ddH2O 用新灭菌后的,或者使用 DEPC 水。

3)配置琼脂糖凝胶时,在琼脂糖完全溶解时加入核酸染料混匀后快速导入制胶板,避免冷却太长时间,避免降温出现絮状沉淀。另外,倒入制胶板后若出现气泡,可用干燥枪头挑破,小的气泡不影响结果。

常见问题

1)出现杂带:与空白对照进行比较,首先检查是否 ddH2O 的问题;其次,检查退火温度是否适合该引物的扩增,一般退火温度低于引物 Tm 值 1~2 ℃。

2)不出现目的条带或条带很弱:与野生型对照进行比较,首先检查是否该结果即为该鼠正确基因型;其次,是否样本剪取过少或裂解不充足导致 DNA 量较少。


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Da — 若无特别说明,分子量单位默认为道尔顿。   Mw — 重均分子量。   Mn — 数均分子量。

产品仅供科研与开发使用,不用于人体、动物、诊断或治疗。

引用本文

阿拉丁科学.《基因型鉴定》. 阿拉丁知识库,更新于 2024年12月24日。 https://www.aladdin-e.com/zh_cn/faqs/genotyping.html
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