氢氧化甲基汞和 RNA 中的尿嘧啶和鸟嘌呤上的亚胺键可发生反应，而这些键涉及到 Watson-Crick 碱基配对。因此，氢氧化甲基汞是一种有效的变性剂，能破坏 RNA 的二级结构.在氢氧化甲基汞存在时，RNA 的电泳迁移率是其分子质量的 1g 对数的反函数。由于氢氧化甲基汞可与丙烯酰胺聚合反应中所需的自由基发生反应，因此不能用于聚丙烯酰胺凝胶电泳，而只能用于琼脂糖凝胶电泳和蔗糖密度梯度离心。

操作方法

氢氧化甲基汞琼脂糖凝胶电泳

材料与仪器

4X 甲基汞凝胶电泳缓冲液 2X 凝胶加样缓冲液 溴化乙锭 乙酸铵溶液
水平电泳装置 水浴

步骤

(一）材料与设备

1) 水平电泳装置。

2) 水浴

3)4X 甲基汞凝胶电泳缓冲液：200 mmol/L 硼酸，20 mmool/LN2B4O7.H2O,40 mmol/LNa2S04(pH8.0)

4)2X 凝胶加样缓冲液：

lmol/L 氢氧化甲基汞                                25u1

4X 甲基汞凝胶电泳缓冲液                      500ul

甘油                                                        200ul

溴酚蓝                                                     2ug

5)0.5ug/ml 溴化乙锭

6)0.lmol/L 乙酸铵溶液

(二）操作方法

1) 制备凝胶：大于或等于 1kb 的 RNA 用 1% 琼脂糖，小于 1kb 的 RNA 用 1.4% 琼脂糖. 将琼脂糖溶于 1X 甲基汞凝胶屯泳缓冲液，冷却至 55°C 后，加氢, 氧化甲基汞至终浓度为 5 mmol/L，随后灌胶。

2) 电泳：将等体积的 2X 凝胶加样缓冲液与 RNA 溶液混勻，点样，电泳。

3) 结果观察：电泳结束后，用含 0.4 g/ml 溴化乙锭的 0.lmol/L 乙酸铵溶液浸泡凝胶即 30〜45 min，进行 RNA 染色，在紫外灯下观察。铵离子使甲基汞转化为带电的非挥发性复合物，并促使溴化乙锭与 RNA 的结合。

注意事项

1) 氢氧化甲基汞是剧毒品，且挥发性极强. 最好在通风橱中操作。

2) 氢氧化甲基汞应加入凝胶中而不能加入到甲基汞凝胶电泳缓冲液中。这种化合物不带电荷，因此不能很快迁移出凝胶。然而如果电泳过程中将凝胶浸在电泳液中，则甲基汞离子会扩散至凝胶外。为避免这问题，可调整电泳缓冲液的液面，使之能与凝胶的各边保持完全接通，而不溅到凝胶表面。加样完毕且 RNA 进入凝胶后，用保鲜膜覆盖凝胶，以防止它在电泳过程中干涸。

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