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多肽合成中的低消旋控制:活化 α-氨基酸酯的逆向 N→C 成肽思路

导读

 

         多肽合成中常说的“低消旋”,本质上是尽量避免成键过程中氨基酸手性中心,尤其是被活化羧酸组分 α-位的构型丢失。近年的综述反复指出,差向异构化/消旋风险与活化中间体的类型、碱的参与方式、预活化时间、底物本身的敏感性以及反应温度密切相关。

 

         在这个背景下,Campagne 与 de Figueiredo 团队提出的逆向成键路线具有方法学意义。它不再沿用传统“先活化羧基,再与氨基偶联”的主线,而是借助 CDI〔N,N′-碳酰二咪唑〕 将氨基酸酯一侧转化为可偶联的活化氨基组分,从而探索 N→C〔氨基端到羧基端,N-to-C〕 方向的成肽。这里真正改变的是成键前高能中间体从哪里产生。

 

1、低消旋,不只是羧基活化体系的优化问题

 

         传统多肽合成之所以长期围绕 HATU、HBTU、PyBOP、COMU、DIC/Oxyma 等体系展开讨论,是因为主流成肽路线本身建立在羧基活化之上。只要仍沿用这条路径,实验优化通常就会表现为:寻找更快、更干净、对敏感底物更友好的羧基活化条件。

 

         但多肽合成中的许多差向异构化,也恰恰与这一阶段密切相关。羧基被活化后,体系中若形成更容易诱发差向异构化的中间体,同时又叠加合适的碱性环境、较长的停留时间,或本身就更敏感的底物,构型风险就更容易被放大。近年的综述也反复强调,低消旋首先是一个活化阶段的立体化学管理问题,而不只是试剂更换问题。

 

         因此,只要成键仍以羧基活化为核心,就需要管理由这一活化模式带来的立体化学代价。一个有启发性的方向是尝试改变成键时默认被活化的对象。逆向成键路线的重要性在于它把思路往前推了一步:低消旋不一定只能靠继续优化羧基活化条件来实现,也可以通过改变成键时被活化的对象来重新设计。

 

1.1 多肽低消旋研究中需要先区分的几个判断层面

 

观察层面

常见提问

更关键的问题

试剂层面

哪个缩合剂更低消旋

这个体系在什么活化框架下运行

机理层面

反应能不能做成

哪一步最容易导致构型丢失

条件层面

要不要换添加剂

碱、预活化时间、温度是否放大了风险

方法层面

是否有更温和的羧基活化剂

是否可以不再把羧基作为默认活化位点

 

2、逆向成键路线如何逐步建立:从 2014 年提出新入口到 2017—2022 年的发展完善

 

         2014 年的工作首先提出了这条路线最关键的改变:与传统先活化羧酸不同,作者改用 activated α-aminoesters〔活化 α-氨基酸酯〕 作为成肽入口,从而实现逆向 N→C〔氨基端到羧基端,N-to-C〕 的多肽构建。摘要还明确指出,这一方法不仅可用于二肽合成,而且在敏感的 Cys〔半胱氨酸,cysteine〕 例子中未检测到消旋,并通过模型四肽证明了逆向 N→C 延伸的可行性。对多肽低消旋研究而言,这一步的重要性是首次表明:成肽入口并不一定必须建立在羧基活化之上,改变被活化的对象,本身就可能带来新的立体化学控制空间。

          

         2017 年,作者进一步把原先需要分步制备并分离的活化中间体,发展为 sequential one-pot synthesis〔顺序一锅法〕。文献摘要指出,该方法依赖原位生成的瞬时 CDI 保护 α-氨基酸酯,并且偶联可在温和、中性且不额外加碱的条件下完成。这一步说明逆向成键开始从“概念可行”走向“实验上更可执行的方法”。

 

         2024 年 Organic Syntheses 的 discussion addendum 把这一阶段的条件逻辑进行了更清晰总结:顺序一锅法中,先在二氯甲烷里用 1.5 当量 CDI〔N,N′-碳酰二咪唑〕 于室温活化 30 分钟,随后加入第二个氨基酸组分以及催化量 CuBr2〔溴化铜〕 和 HOBt〔1-羟基苯并三唑〕 完成偶联。与早期分步法不同,这一路线在 CDI 活化阶段不再需要额外加碱;作者还明确指出,若在这一阶段加入碱,目标二肽的产率会从 87% 降到 7%。这说明在这条方法里,碱不是普通辅助条件,而是会直接影响反应能否按预期进行。

 

         到 2022 年,这条路线又向前推进了一步。Journal of Organic Chemistry 的论文摘要表明,作者建立了 Cu(II)/HOBt 催化、微波加速的方法,用于二肽和一般酰胺的合成,并展示了克级合成;同时,该方法在敏感氨基酸条件下仍可实现未检测到消旋的偶联。Organic Syntheses addendum 进一步总结,这一步把原先大约 20 小时 的偶联过程压缩到 30 分钟。到这里,这条路线已经不再只是“把活化对象换了一下”的新思路,而是形成了从提出新入口、验证构型保持、发展一锅法,到加速并拓展适用范围的连续方法链。

 

2.1 逆向成键路线从提出新入口到方法完善的关键节点

 

时间

核心进展

这一步说明了什么

2014

首次提出通过活化 α-氨基酸酯进行 inverse peptide synthesis(逆向多肽合成)

证明“活化氨基”可以成为成肽入口,而不必默认只能活化羧基

2014

敏感 Cys 残基模型中未检测到消旋

说明这条路线从一开始就把构型保持纳入方法价值判断

2017

建立顺序一锅法,省去活化中间体分离

方法开始从概念验证走向更可执行的实验流程

2017 / 2024 总结

CDI 活化阶段不额外加碱,且加碱会显著抑制反应

说明该路线的条件逻辑与传统偶联并不相同

2022

微波或常规加热下将偶联时间由 20 h 压缩到 30 min,并拓展到一般酰胺

解决了早期动力学偏慢的问题,并扩大了方法适用范围

2022

展示克级示例

方法价值不再局限于少数模型底物的小规模验证

 

3、改变活化对象后,差向异构化风险为什么可能随之改变

 

         现有文献提示了一个重要的问题:当成键所依赖的关键中间体不再来自传统羧基活化链路时,差向异构化风险的主要来源也可能随之改变。对多肽低消旋研究来说,这一点比单纯比较哪一种缩合剂更好更关键,因为它涉及的不是局部条件优劣,而是成键阶段的立体化学风险究竟从哪里产生。

 

         Organic Syntheses 2024 的 discussion addendum 对这条路线的机理理解给出了更具体的总结。结合实验观察、NMR〔核磁共振〕 监测和后续 DFT〔密度泛函理论,density functional theory〕 分析,作者认为该反应更可能经过氨基甲酸混合酸酐中间体,并通过脱羧 1,3-酰基迁移形成酰胺;与此同时,现有实验结果和文献先例都提示,这个反应的主要推进路径并不是经由氧唑酮或酰基咪唑这两类中间体形成酰胺。

 

         在多肽合成的传统讨论中,氧唑酮相关通道一直被认为是差向异构化的重要风险来源之一。若这条逆向成键路线的主要反应通道不再依赖这类中间体,那么它在某些底物上表现出较好的构型保持,更合理的理解是,成键阶段所经历的关键中间体已经变了,因此立体化学风险的主要来源也可能随之改变。

 

4、这条路线适合优先用于哪些问题,现实定位应如何把握

 

         这条逆向成键路线更适合用于那些不仅关心“能否成键”,还同时关心成键方向、构型保持、温和条件和方法可扩展性的研究问题。现有文献已经证明,它可以用于逆向 N→C 成肽,在敏感底物中报告了未检测到消旋,随后又发展出顺序一锅法、微波或常规加热加速,以及向一般酰胺和克级合成的扩展。

 

         如果研究重点是比较活化位点改变后,成键行为和立体化学风险是否随之变化,这条路线比继续只在传统缩合剂之间筛选更值得优先考虑。相反,如果目标只是完成常规短肽拼接,现有主流路线已经能够稳定满足需求。这条逆向成键路线虽然已经有明确的方法学价值,但目前还没有发展到在大多数多肽合成任务中都能像主流路线那样被普遍、稳定地采用。

 

         Organic Syntheses 2024 的 addendum 说明,这条路线在逆向 N→C 四肽和一般酰胺方向上已经得到清楚验证;但现阶段证据仍主要集中在短肽和模型体系上。2025 年综述进一步指出,N→C 多肽合成若要走向更广泛应用,仍需继续解决锚定、纯化和链延长等问题。

 

4.1 哪些实验目标更适合优先采用这条逆向成键路线

 

当前实验目标

是否值得优先考虑

主要原因

想研究多肽低消旋问题的来源,而不只是筛选缩合剂

值得优先考虑

这条路线直接改变活化位点,能够比较活化对象变化对构型保持的影响

关心 N→C 方向成肽是否可行

值得优先考虑

该方法本身就是围绕逆向 N→C 成肽建立和发展的代表性路线

需要在敏感氨基酸条件下考察温和偶联

可以重点关注

已有文献在敏感底物中报告未检测到消旋,并证明温和条件下可以完成偶联

只是做常规短肽拼接

未必优先

现有主流路线已较成熟,而这条方法目前更突出的价值在于活化位点改变本身

想直接替代长肽自动化平台

目前通常不作为优先选择

现有证据主要来自短肽、模型体系和方法学展示,尚不足以支持把它当作成熟的常规方法

 

5、围绕多肽低消旋与“活化氨基”逆向成键路线的产品选用指引(表1–表3)

 

当前科研或实验目标

建议优先看哪张表

为什么优先看这张表

建议联动看哪张表

导航说明

想先把“先活化氨基、后偶联羧酸”的基本实验路线搭起来,明确核心试剂、介质、碱和催化助剂该怎么选

表1

表1集中的是 CDI、CuBr2、HOBt、二氯甲烷、DIPEA、三乙胺这类核心活化体系与条件控制组分,最适合先把逆向成键的基本操作框架搭清楚

再看表2

先把活化体系和条件窗口建立起来,再进入底物与保护基组合筛选,更容易把路线跑通

想比较不同氨基酸酯体系底物的适配性,判断甲酯、乙酯、叔丁酯这类底物该如何用于活化氨基路线

表2

表2集中的是活化氨基酸酯体系底物和保护型羧酸偶联组分,能直接对应“底物怎么配、保护基怎么搭、偶联对象怎么换”这些实际选型问题

联动看表1

底物差异最终还是要回到活化条件和加入顺序中判断,因此适合和表1一起看

想比较 Boc、Fmoc、Cbz 三类保护型羧酸组分在这条路线中的使用位置,建立保护基选型思路

表2

表2把 Boc-L-苯丙氨酸、Fmoc-Gly-OH、Cbz-Gly-OH 放在同一组里,更方便从保护策略角度比较偶联起点与后续脱保护安排

联动看表1

保护基选择会影响偶联组织方式、前处理和后续路线衔接,因此需要结合表1一起判断

想把传统“活化羧基”路线和“活化氨基”路线做平行比较,观察条件组织和构型保持差异

表2

表2中同时保留了 CDI 路线所用底物平台和 PyBOP 这一传统羧基活化对照试剂,最适合做两类活化思路的并行比较

联动看表1、表3

比较时一方面要看表1中的条件体系,另一方面也要看表3中的模型残基是否能拉开差异

想验证这条路线对敏感残基、含硫残基、芳香残基和位阻残基的兼容性

表3

表3集中的是 Cys、Met、Trp、Phe、Val 这类更有代表性的模型残基,适合围绕残基兼容性、侧链耐受性和模型短肽构建展开实验

联动看表1

残基兼容性判断不能脱离具体活化条件,尤其需要结合表1中的碱、介质和催化助剂一起看

想重点考察构型保持与低消旋表现,建立更有判别力的模型体系

表3

表3中的残基更适合用于设计构型保持评估实验,尤其能把位阻、含硫侧链和芳香侧链等因素纳入同一判断框架

联动看表1、表2

先用表3确定模型对象,再用表1选条件、用表2选底物与保护基组合,实验判断会更完整

想做模型二肽或短肽的起步验证,先看哪一组产品更高效

表2

表2最直接对应模型二肽构建所需的氨基酸酯前体和保护型羧酸组分,最适合搭建第一轮底物组合

联动看表1

模型二肽能否顺利形成,最终仍取决于表1里的活化与偶联条件是否合适

想优化“一锅法”或比较不同前处理碱的影响,判断哪些组分应优先纳入条件筛选

表1

表1里同时保留了三乙胺、DIPEA、CDI、CuBr2、HOBt 和反应介质,最适合围绕前处理放盐、活化阶段和偶联阶段做系统优化

联动看表2

条件优化最好搭配一个明确的底物组合来做,因此通常需要和表2配套使用

 

表1|核心逆向成键活化体系与条件控制组分

 

分类

Cas编号

阿拉丁货号

名称

规格或纯度

产品特色与应用

条件调控碱 / 放盐对照组分

121-44-8

T140677

三乙胺

无水级, ≥99.5%, Water≤50 ppm

常用于氨基酸酯盐酸盐的放盐与前处理,也适合作为叔胺碱对照,比较不同碱对溶解性、滴加组织方式和偶联阶段副反应控制的影响。

逆向成键常用反应介质

75-09-2

D116152

二氯甲烷

适用于多肽合成, ≥99.8%(GC), stabilized with 50-150ppm Isoamylene

常用于 CDI 介导的活化氨基中间体生成与后续偶联阶段,介质切换清晰,便于观察活化过程、催化组分加入顺序和一锅法操作。

前处理放盐碱 / 碱性条件控制组分

7087-68-5

D109322

N,N-二异丙基乙胺

精馏级, ≥99.5%

常用于氨基酸酯盐酸盐放盐,便于形成可滴加的游离氨基酸酯体系;也适合与三乙胺平行比较,考察碱位阻和碱性环境对活化阶段组织方式的影响。

Cu(II) 协同催化组分

7789-45-9

C105401

溴化铜

AR, ≥99%

与 HOBt 组成协同催化体系,促进活化氨基组分与羧酸偶联;适合用于建立逆向 N→C 成键条件,并比较催化与非催化条件下的转化效率。

活化氨基核心试剂

530-62-1

C109315

N,N'-羰基二咪唑(CDI)

≥99%

核心活化剂,可将氨基酸酯转化为可偶联的活化氨基组分;适合搭建“先活化氨基、后偶联羧酸”的逆向成键路线,并考察不同酯型底物的反应性。

偶联促进助剂 / 协同催化组分

123333-53-9

H106176

1-羟基苯并三唑一水合物

≥97%

常与 CuBr2 配合使用以改善偶联阶段表现,适合用于优化活化氨基路线中的偶联效率、粗产物质量和条件窗口。

 

表2|逆向成键中的活化氨基酸酯底物与保护型羧酸偶联组分

 

分类

Cas编号

阿拉丁货号

名称

规格或纯度

产品特色与应用

活化氨基酸酯平台底物 / 乙酯型

623-33-6

G105477

甘氨酸乙酯盐酸盐

≥99%

典型乙酯型氨基酸酯前体,适合生成乙酯型活化氨基组分,用于比较不同酯基对活化效率、偶联速度和后续脱保护安排的影响。

传统羧基活化对照试剂

128625-52-5

P109336

1H-苯并三唑-1-基氧三吡咯烷基鏻六氟磷酸盐

≥98%

经典膦盐型羧基活化试剂,适合与 CDI 介导的活化氨基路线平行比较,用于观察传统羧基活化与逆向成键在条件组织、偶联效率和构型保持上的差异。

保护型羧酸偶联组分 / Boc

13734-34-4

B105463

BOC-L-苯丙氨酸

≥98%

常用 Boc 保护氨基酸羧酸组分,适合与活化氨基酸酯偶联构建模型二肽,并比较不同 N-保护策略下的偶联表现与纯化便利性。

保护型羧酸偶联组分 / Fmoc

29022-11-5

F103019

Fmoc-甘氨酸

≥98%

常用 Fmoc 保护氨基酸羧酸组分,适合评估逆向成键路线与 Fmoc 保护策略的兼容性,并为后续溶液相或固相延伸提供参考。

活化氨基酸酯平台底物 / 甲酯型

2491-20-5

A100815

L-丙氨酸甲酯盐酸盐

≥98%

典型手性 α-氨基酸酯前体,可用于建立甲酯型活化氨基组分;适合考察偶联过程中构型保持、活化稳定性与模型二肽构建。

保护型羧酸偶联组分 / Cbz

1138-80-3

Z110912

N-苄氧羰基甘氨酸

≥98%

常用 Cbz 保护氨基酸羧酸组分,适合与 Boc、Fmoc 平行比较,评估不同 N-保护基对偶联效率、纯化路径和后续脱保护安排的影响。

活化氨基酸酯平台底物 / 叔丁酯型

27532-96-3

G109218

甘氨酸叔丁酯盐酸盐

≥98%

叔丁酯型氨基酸酯前体,适合比较大体积酯基对活化氨基中间体稳定性、偶联反应性和后续拆保护策略的影响。

 

表3|代表性残基模型与构型保持评估组分

 

分类

Cas编号

阿拉丁货号

名称

规格或纯度

产品特色与应用

代表性位阻残基模型

72-18-4

L755656

L -缬氨酸

UltraBio™, ≥99.5%(NT)

支链位阻较大的常见氨基酸,适合构建位阻敏感的模型体系,用于考察成键效率、条件容忍度和序列延伸表现。

代表性芳香杂环残基模型

73-22-3

L755707

L-色氨酸

UltraBio™, ≥99.5%(NT)

含吲哚侧链的芳香杂环残基,适合评估逆向偶联对芳香杂环残基的兼容性及后续分析纯化表现。

代表性敏感巯基残基模型

52-90-4

L755721

L-半胱氨酸

UltraBio™, ≥98.5%(RT)

含巯基且更敏感的模型残基,适合用于检验温和偶联条件、构型保持能力以及含硫侧链的兼容性。

代表性含硫中性残基模型

63-68-3

M101130

L-甲硫氨酸

Moligand™, ≥99%

含硫醚侧链的中性残基,适合评估活化氨基路线对含硫但不带自由巯基底物的兼容性与稳定性。

代表性芳香疏水残基模型

63-91-2

P110424

L-苯丙氨酸

Moligand™, ≥99%

常见芳香疏水残基,适合构建分析窗口清晰的模型二肽或短肽,用于比较不同活化模式下的成键效率与分离表现。

 

         注:以上为阿拉丁代表产品,更多产品规格请关注文末产品清单或可用“品名/CAS/货号”在阿拉丁官网检索。

 

参考文献

 

[1] Suppo JS, Subra G, Bergès M, de Figueiredo RM, Campagne JM. Inverse Peptide Synthesis via Activated α-Aminoesters. Angew Chem Int Ed. 2014;53(21):5389-5393. doi:10.1002/anie.201402147.

 

[2] de Figueiredo RM, Suppo JS, Midrier C, Campagne JM. Sequential One-Pot Synthesis of Dipeptides through the Transient Formation of CDI-N-Protected α-Aminoesters. Adv Synth Catal. 2017;359(11):1963-1968. doi:10.1002/adsc.201700034.

 

[3] Tosi E, Campagne JM, de Figueiredo RM. Amine Activation: “Inverse” Dipeptide Synthesis and Amide Function Formation through Activated Amino Compounds. J Org Chem. 2022;87(18):12148-12163. doi:10.1021/acs.joc.2c01288.

 

[4] Campagne JM, de Figueiredo RM. Discussion Addendum for: Dipeptide Syntheses via Activated α-Amino Esters. Org Synth. 2024;101:508-523. doi:10.15227/orgsyn.101.0508.

 

[5] Duengo S, Muhajir MI, Hidayat AT, Musa WJA, Maharani R. Epimerisation in Peptide Synthesis. Molecules. 2023;28(24):8017. doi:10.3390/molecules28248017.

 

[6] Ghosh K, Lubell WD. N- to C-Peptide Synthesis, Arguably the Future for Sustainable Production. J Pept Sci. 2025;31(6):e70019. doi:10.1002/psc.70019.

 

[7] Suppo JS, de Figueiredo RM, Campagne JM. Dipeptide Syntheses via Activated α-Aminoesters. Org Synth. 2015;92:296-308. doi:10.15227/orgsyn.092.0296.

 

更多相关文章,详见下方:

 

Boc-Oxyma 的方法学价值:低消旋偶联、路线衔接与延伸用途

 

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引用本文

阿拉丁科学.《多肽合成中的低消旋控制:活化 α-氨基酸酯的逆向 N→C 成肽思路》. 阿拉丁知识库,更新于 2026年4月7日。 https://www.aladdin-e.com/zh_cn/faqs/low-racemization-control-in-peptide-synthesis.html
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