双环[1.1.1]戊烷(BCP)为何成为重要药物化学砌块:苯环替代、应变释放与官能团接口
双环[1.1.1]戊烷(BCP)为何成为重要药物化学砌块:苯环替代、应变释放与官能团接口
引言
苯环能够限制分子构象、控制取代基方向,并通过疏水作用、π–π相互作用或阳离子–π相互作用参与靶点结合,因此广泛存在于药物分子中。但在部分先导化合物中,芳香环也可能与脂溶性偏高、晶体堆积紧密、溶解度不足或氧化代谢有关。
双环[1.1.1]戊烷(bicyclo[1.1.1]pentane,BCP)是一种刚性笼状碳骨架。1,3-二取代BCP能够保持与对位二取代苯环相近的取代基出口方向,同时去除芳香π体系,并改变分子的长度、形状、表面性质和代谢暴露。
BCP能够成为重要药物化学砌块,还与其合成方法的发展密切相关。[1.1.1]螺桨烷([1.1.1]propellane)的特殊中心成键使自由基、亲核试剂和有机金属试剂能够较快构建1,3-二取代BCP;羧酸、胺、卤素和有机硼等官能团则使BCP能够接入酰胺化、交叉偶联和自由基反应等常用合成路线。
BCP的药物化学价值主要来自三个方面:
① 能够在一定程度上替代对位二取代苯环的空间支撑作用;
② [1.1.1]螺桨烷可通过应变释放反应快速形成BCP骨架;
③ 桥头官能团为后续分子连接和结构扩展提供反应位点。
1 BCP替代对位苯环的结构依据
1.1 对位苯环在药物分子中的主要作用
对位二取代苯环的两个取代键近似向相反方向伸展,能够将两个分子片段保持在相对固定的位置。在许多分子中,苯环主要发挥刚性连接作用,而不一定直接参与芳香相互作用。
其主要功能包括:
① 控制两个药效团的相对方向;
② 保持两个连接片段之间的距离;
③ 减少柔性连接链的构象数量;
④ 填充结合位点中的疏水空间;
⑤ 通过芳香共轭调节取代基的电子性质。
当苯环主要承担方向控制和刚性间隔作用时,1,3-二取代BCP具有较明确的替代研究价值。
1.2 BCP保留了什么,又改变了什么
1,3-二取代BCP的两个取代基分别连接在两个桥头碳上,两个取代键的出口方向近似呈180°排列,与对位二取代苯环的取代方向相似。
两者的尺寸并不相同。BCP两个桥头碳C1和C3之间的距离约为1.85 Å,苯环对位碳C1和C4之间的距离约为2.8 Å。该数据反映的是骨架原子之间的距离;实际分子中两个末端基团之间的距离还取决于连接键和取代基结构。[3]
比较因素 | 对位二取代苯环 | 1,3-二取代BCP | 可能产生的影响 |
取代基出口方向 | 近似180° | 近似180° | 可保持总体线性连接方向 |
骨架连接距离 | 相对较长 | 相对较短 | 两端药效团可能相互靠近 |
骨架形状 | 平面 | 刚性笼状 | 改变结合构象和晶体堆积 |
碳原子杂化 | 以sp²碳为主 | 以sp³碳为主 | 增加局部三维特征 |
芳香π体系 | 存在 | 不存在 | 不能保留π–π及阳离子–π作用 |
电子效应传递 | 可通过芳香共轭传递 | 不具有相同的共轭方式 | 可能改变相邻官能团的电子性质 |
分子表面 | 较平坦、极化率较高 | 紧凑、非平面 | 可能改变溶剂化、脂溶性和非特异性结合 |
1.3 BCP替换较适合哪些结构
BCP较适合用于原苯环主要发挥以下作用的分子:
① 作为两个药效团之间的刚性间隔单元;
② 保持两个取代基近似反向伸展;
③ 提供疏水体积,但不形成关键芳香相互作用;
④ 构成可能发生芳香氧化或苄位氧化的结构区域;
⑤ 与较强晶体堆积或较高局部平面性有关。
当苯环直接参与π–π堆积、阳离子–π作用、电子共轭或严格的空间定位时,BCP替换可能降低活性。BCP引起的连接距离缩短也可能使两端药效团偏离原有结合位置,需要结合靶点结构、构象分析和匹配分子对实验进行评价。
2 药物化学研究如何验证BCP的替代价值
2.1 早期BCP生物电子等排体研究
1996年,Pellicciari等报道了(S)-(+)-2-(3′-羧基双环[1.1.1]戊基)甘氨酸。该化合物是(S)-(4-羧基苯基)甘氨酸的BCP类似物,并表现出代谢型谷氨酸受体1(metabotropic glutamate receptor 1,mGluR1)拮抗活性。[1]
这一研究表明,当原苯环主要承担刚性连接和空间定位作用时,BCP能够将两个桥头取代基置于靶点可以识别的位置。
2.2 γ-分泌酶抑制剂中的BCP替换
2012年,Stepan等将γ-分泌酶抑制剂BMS-708,163中的中心对位二取代氟苯环替换为1,3-二取代BCP。
所得BCP类似物具有以下特点:
① 酶抑制活性与原苯环化合物相近;
② 水溶性明显提高;
③ 被动膜渗透性提高;
④ 在小鼠中的最大血药浓度和血药浓度—时间曲线下面积约提高4倍。[2]
这一结果说明,在该分子中,中心苯环的芳香π体系并不是维持活性的主要因素,而BCP仍能将两侧结构片段保持在靶点可容纳的位置。骨架替换同时改变了溶剂化、脂溶性、固态性质和膜渗透行为。
不同化合物对BCP替换的响应并不相同。水溶性取决于水合能力、离子化状态和晶格能;膜渗透性受到脂溶性、极性表面积、氢键和构象影响;代谢稳定性还与整个分子在代谢酶中的结合方式有关。
2.3 BCP替换需要同时评价活性和性质
BCP类似物不能仅根据酶活性或单项溶解度数据进行判断。较完整的匹配分子对研究通常包括以下指标:
评价层面 | 主要指标 |
靶点作用 | 生化活性、细胞活性、选择性 |
溶液性质 | 水溶性、脂水分配系数、酸碱解离常数 |
膜转运 | 被动渗透性、外排比 |
代谢行为 | 肝微粒体稳定性、代谢产物和主要代谢位点 |
体内暴露 | 清除率、半衰期、生物利用度 |
固态性质 | 熔点、晶型和晶格稳定性 |
BCP替换的作用是改变多个相互关联的分子参数,其优势需要通过具体化合物的实验结果确认。
3 [1.1.1]螺桨烷为何能够快速形成BCP
3.1 [1.1.1]螺桨烷的中心成键特征
[1.1.1]螺桨烷与BCP具有相同的五碳主体框架,但两个桥头碳之间还存在特殊的跨环中心成键。
传统路易斯结构将其表示为一条桥头碳—桥头碳键。理论计算表明,该中心区域具有明显的σ–π电子离域,其成键特征与普通烷烃中的碳—碳σ键存在差异。[4]
[1.1.1]螺桨烷的反应性与以下因素有关:
① 三个小环构成较高的骨架张力;
② 中心区域具有特殊的电子离域;
③ 加成过程可形成较稳定的外向碳—碳键或碳—杂原子键;
④ 生成的BCP自由基或有机金属中间体能够继续与第二反应组分反应。
[1.1.1]螺桨烷双官能团化的一般过程
反应阶段 | 结构变化 |
第一步 | 第一反应组分与[1.1.1]螺桨烷中心区域发生加成 |
第二步 | 中心成键重新分布,生成桥头取代的BCP活性中间体 |
第三步 | 活性中间体被第二反应组分捕获 |
结果 | 形成1,3-双官能团BCP |
3.2 自由基应变释放反应
自由基加成是制备1,3-双官能团BCP的重要方法。第一自由基加成至[1.1.1]螺桨烷后形成桥头取代的BCP自由基,随后通过原子转移、夺氢、自由基偶联或过渡金属捕获形成第二个桥头键。[3,5]
下式中的BCP表示双环[1.1.1]戊烷骨架。
自由基加成的一般反应过程
步骤 | 反应式 |
自由基加成 | R· + [1.1.1]螺桨烷 → R—BCP· |
第二组分捕获 | R—BCP· + X供体或偶联组分 → R—BCP—X |
其中,R·可以由以下试剂或前体产生:
① 烷基卤化物;
② 羧酸及其氧化还原活性衍生物;
③ 含氮自由基前体;
④ 含硫或含氟自由基前体;
⑤ 有机硼化合物;
⑥ 其他能够产生碳自由基的底物。
如果BCP自由基未被及时捕获,它可能继续加成另一分子[1.1.1]螺桨烷,形成含多个BCP单元的低聚物。自由基浓度、底物比例、捕获试剂反应性和反应物极性均会影响产物选择性。
3.3 有机金属试剂加成
格氏试剂能够向[1.1.1]螺桨烷发生亲核型加成,形成BCP有机镁中间体。该中间体可以直接与亲电试剂反应,也可以经过转金属化后参与交叉偶联。[3]
格氏试剂参与的BCP双官能团化
步骤 | 反应式 |
亲核加成 | R—MgX + [1.1.1]螺桨烷 → R—BCP—MgX |
亲电捕获 | R—BCP—MgX + E⁺ → R—BCP—E |
BCP有机镁中间体可与以下反应组分连接:
① 二氧化碳;
② 醛和酮;
③ 卤化试剂;
④ 硼试剂;
⑤ 烯丙基亲电试剂;
⑥ 芳基或杂芳基偶联底物。
该路线适合建立BCP与烷基、芳基或杂芳基之间的碳—碳键。有机金属试剂对水、氧和部分亲电官能团较敏感,具体应用需要结合底物结构和反应条件选择。
4 官能团接口如何决定BCP砌块的用途
BCP骨架控制分子的形状和连接方向,桥头官能团决定其可以参与哪些后续反应。
具有实际合成价值的BCP砌块通常具备以下特征:
① 反应位点明确;
② 能够以固体或浓度可控的溶液形式保存和使用;
③ 可参与成熟的成键反应;
④ 两端官能团可以选择性或分步修饰;
⑤ 合成路线具有克级或更大规模的制备基础。
4.1 羧酸、酯和胺接口
羧酸和胺是药物化学中应用较广的连接官能团,可以用于形成酰胺、脲、磺酰胺和其他含氮结构。
BCP接口 | 主要反应 | 主要用途 |
羧酸 | 酰胺化、酯化、脱羧偶联 | 连接含氮或含氧片段 |
酯 | 水解、还原、选择性官能团转化 | 作为羧酸保护形式和合成中间体 |
胺 | 酰胺化、脲化、磺酰化、还原胺化 | 构建含氮末端或连接单元 |
氨基酸或氨基酯 | 胺端和羧酸端依次偶联 | 将BCP嵌入分子主链 |
单保护二胺 | 分步酰化、烷基化或脲化 | 构建非对称双官能团分子 |
BCP-1,3-二羧酸是制备多类BCP砌块的重要通用中间体。
2021年,Ripenko等利用[1.1.1]螺桨烷与2,3-丁二酮进行流动光化学反应,在一天内制备约1 kg的1,3-二乙酰基BCP,随后通过卤仿反应获得多克级BCP-1,3-二羧酸。该二酸还被转化为醇、胺、氨基酸和三氟硼酸盐等砌块。[6]
BCP-1,3-二羧酸的制备路线
反应物 | 反应条件 | 产物 |
[1.1.1]螺桨烷+2,3-丁二酮 | 光照、连续流 | 1,3-二乙酰基BCP |
1,3-二乙酰基BCP | 卤仿反应 | BCP-1,3-二羧酸 |
该路线先形成可较大规模制备的二酮,再利用羧酸官能团进行多方向转化,为BCP酸、胺和氨基酸砌块提供了共同来源。
4.2 卤素和有机硼接口
桥头卤代BCP可参与自由基反应、金属—卤素交换和过渡金属催化偶联。有机硼BCP则可以参与Suzuki–Miyaura偶联、氧化、胺化和自由基偶联。
BCP接口 | 主要转化 |
碘或溴 | 自由基生成、金属化、羧化、硼化和交叉偶联 |
硼酸酯 | 芳基化、杂芳基化、氧化为醇和胺化 |
三氟硼酸盐 | 光氧化还原偶联和过渡金属催化偶联 |
氧化还原活性酯 | 脱羧自由基反应 |
2018年,Caputo等报道了1-卤代-3-取代BCP的合成。该方法利用三乙基硼引发烷基卤化物与[1.1.1]螺桨烷的原子转移自由基加成,在较温和条件下获得同时含碳取代基和卤素接口的BCP产物。[5]
2024年,Ripenko等进一步报道了烷基碘化物与[1.1.1]螺桨烷的流动光化学反应。在所报道的条件下,该反应不另加催化剂、引发剂或添加剂,并可在毫克、克和公斤级实施。[8]
BCP碘化物的流动光化学制备
反应物 | 反应条件 | 产物 |
R—I+[1.1.1]螺桨烷 | 光照、连续流;R为烷基 | R—BCP—I |
产物中的R基团构成一个已确定的桥头取代基,碘原子保留为第二个可继续转化的反应位点。所得BCP碘化物可进一步进行:
① 金属—卤素交换后与亲电试剂反应;
② 光氧化还原自由基反应;
③ 铜、镍或其他过渡金属催化偶联;
④ 羧化、硼化、还原或氘代反应。
这类卤代BCP适合从同一中间体出发制备一系列1,3-二取代衍生物。
4.3 异双官能团和差异化反应接口
两个桥头带有相同官能团的BCP通常需要选择性单反应或保护基控制。带有两个不同官能团的BCP则可以按照预定顺序连接不同分子片段。
常见组合包括:
① 一端为胺,另一端为羧酸或酯;
② 一端为卤素,另一端为羧酸或酯;
③ 一端为保护胺,另一端为游离胺;
④ 一端为有机硼,另一端为卤素;
⑤ 两个位置带有反应性不同的离去基团。
2025年报道的碘代BCP甲基噻蒽鎓试剂同时含有噻蒽鎓甲基反应位点和BCP桥头碘。两个官能团具有不同的反应方式,可以先在噻蒽鎓甲基位置进行亲核取代,再利用桥头碘进行金属化、自由基反应或交叉偶联。[9]
该试剂扩展的是含亚甲基连接单元的BCP结构,不等同于传统的1,3-桥头异双官能团BCP,但同样体现了通过差异化接口进行分步修饰的设计思路。
5 制备方式如何影响BCP的实际应用
5.1 [1.1.1]螺桨烷的操作特点
[1.1.1]螺桨烷具有较高挥发性,通常以醚类溶液形式保存和使用。在适当条件下,其溶液可以保存一定时间,但较大规模使用仍需要关注以下问题:
① 溶剂挥发引起的浓度变化;
② 活性中间体的转移和计量;
③ 低温制备过程中对水和氧的控制;
④ 储存时间对反应重复性的影响;
⑤ 放大反应中的传热、混合和安全管理。[3]
5.2 连续流按需生成
2021年,Donnelly和Baumann建立了[1.1.1]螺桨烷的连续流制备方法。所得溶液无需分离即可进入后续BCP官能团化反应,通量最高达到8.5 mmol/h,并用于克级BCP砌块制备。[7]
连续流方式的主要作用包括:
① 减少挥发性中间体的瞬时持有量;
② 缩短生成、转移和使用之间的时间;
③ 改善混合和传热;
④ 在与后续光化学反应串联时,提高照射均匀性;
⑤ 便于将螺桨烷生成与后续反应串联。
BCP二酸、卤代物和差异化双接口试剂的发展,使研究人员可以从通用中间体出发进行后期结构扩展,不再需要为每一种BCP类似物重新建立完整的骨架合成路线。
6 如何判断BCP是否适合具体药物设计
BCP替换需要同时考虑原苯环的作用、骨架尺寸变化和可采用的合成路线。
需要判断的问题 | 对BCP选择的影响 |
苯环是否形成关键π相互作用 | 若作用明显,替换后可能损失结合能力 |
苯环是否主要作为刚性间隔单元 | 若是,BCP具有较高的比较价值 |
两端药效团能否容忍距离缩短 | 决定替换后空间定位是否可以保持 |
项目需要改善哪项性质 | 决定替换是否具有明确实验目标 |
计划形成哪一种化学键 | 决定选择羧酸、胺、卤素或有机硼接口 |
是否需要两端依次修饰 | 决定是否选择异双官能团或保护型砌块 |
在缺少靶点复合物结构时,可以先制备苯环化合物与BCP类似物的匹配分子对,并同时比较以下指标:
① 生化和细胞活性;
② 水溶性和脂水分配系数;
③ 被动渗透性和外排比;
④ 肝微粒体稳定性和代谢位点;
⑤ 血浆蛋白结合和体内药代动力学;
⑥ 熔点、晶型和其他固态性质。
6.1 BCP合成正在向桥位取代结构扩展
[1.1.1]螺桨烷加成适合制备单取代和1,3-二取代BCP,但桥位取代和高度取代BCP的合成较为复杂。
近年来发展的无螺桨烷路线可按主要成键机理概括为:
① 分子内双自由基偶联;
② 卡宾介导的环扩张;
③ 基于两电子极性过程的断键与关环。
这些方法主要用于构建传统螺桨烷加成不易获得的1,2-取代、桥位取代和多取代BCP。1,3-二取代BCP仍是目前药物化学应用和商品砌块开发中相对成熟的结构类型。[10]
7 BCP苯环替代、应变释放官能团化与合成接口研究相关代表化学品分类及科研应用
表1 核心前体、关键中间体与官能团化试剂
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色与应用 |
自由基反应引发剂 | 97-94-9 | 三乙基硼 溶液 | 2.0 M in diethyl ether | 用于烷基卤化物自由基生成、原子转移自由基加成及[1.1.1]螺桨烷应变释放官能团化研究。 | |
有机硼接口构建试剂 | 73183-34-3 | 双(频哪醇合)二硼 | ≥99% | 用于卤代或有机金属型双环[1.1.1]戊烷中间体硼化、有机硼接口构建及后续碳—碳键形成研究。 | |
光化学加成原料 | 431-03-8 | 2,3-丁二酮 | ≥98% | 用于与[1.1.1]螺桨烷进行光化学加成,制备1,3-二乙酰基双环[1.1.1]戊烷及二羧酸路线研究。 | |
[1.1.1]螺桨烷合成前体 | 98577-44-7 | 1,1-二溴-2,2-二(氯甲基)环丙烷 | ≥97% | 用于[1.1.1]螺桨烷制备、在线生成及双环[1.1.1]戊烷骨架合成路线研究。 | |
应变释放核心前体 | 35634-10-7 | (1.1.1)Propellane | ≥95% | 双环[1.1.1]戊烷砌块的核心前体;用于自由基加成、亲核加成、有机金属加成及1,3-双官能团化研究。 | |
二羧酸路线关键中间体 | 115913-30-9 | 1,1'-(双环[1.1.1]戊烷-1,3-二基)二酮 | —— | 用于卤仿氧化制备双环[1.1.1]戊烷-1,3-二羧酸,并可作为酸、酯、胺及其他双官能团砌块的合成中间体。 |
表2 羧酸、酯、卤素、有机硼及含氟双环[1.1.1]戊烷砌块
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色与应用 |
对称二酯型砌块 | 115913-32-1 | 双环[1.1.1]戊烷-1,3-二羧酸二甲酯 | ≥98% | 作为二羧酸的保护形式,用于选择性水解、单酸单酯制备以及双端差异化官能团转换研究。 | |
硼酸酯型砌块 | 2152645-07-1 | 2-(双环[1.1.1]戊-1-基)-4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧硼杂环戊烷 | ≥98% | 用于过渡金属催化碳—碳键形成、氧化生成醇、胺化及自由基官能团化研究。 | |
含三氟甲基羧酸型砌块 | 224584-18-3 | 3-(三氟甲基)-双环[1.1.1]戊烷-1-羧酸 | ≥97% | 用于含三氟甲基双环[1.1.1]戊烷衍生物制备、酰胺化及脂溶性、电子效应和代谢行为研究。 | |
异双官能团酸酯型砌块 | 83249-10-9 | 3-(甲氧基羰基)双环[1.1.1]戊烷-1-羧酸 | ≥97% | 同时具有游离羧酸和甲酯接口;用于分步酰胺化、水解及非对称1,3-二取代砌块构建。 | |
溴代羧酸型砌块 | 156329-70-3 | 3-bromobicyclo[1.1.1]pentane-1-carboxylic acid | ≥97% | 用于桥头溴自由基转化、交叉偶联及羧酸端酰胺化研究。 | |
碘代羧酸型砌块 | 224584-16-1 | 3-iodobicyclo[1.1.1]pentane-1-carboxylic acid | ≥97% | 用于桥头碘自由基生成、硼化、交叉偶联及羧酸端连接反应研究。 | |
含氟羧酸型砌块 | 146038-53-1 | 3-氟双环[1.1.1]戊烷-1-羧酸 | ≥97% | 用于含氟双环[1.1.1]戊烷酰胺及酯类衍生物制备,并用于氟取代对电子性质和理化性质影响研究。 | |
溴代酯型砌块 | 83249-14-3 | methyl 3-bromobicyclo[1.1.1]pentane-1-carboxylate | ≥97% | 兼具桥头溴和甲酯接口;用于自由基反应、金属化、交叉偶联、水解及还原转化研究。 | |
单羧酸酯型砌块 | 106813-54-1 | methyl bicyclo[1.1.1]pentane-1-carboxylate | ≥97% | 用于单取代双环[1.1.1]戊烷结构研究,可经水解、还原和亲核转化制备羧酸、醇及相关衍生物。 | |
三氟硼酸盐型砌块 | 2410559-72-5 | potassium;1-bicyclo[1.1.1]pentanyl(trifluoro)boranuide | ≥97% | 用于光诱导自由基偶联、过渡金属催化碳—碳键形成及双环[1.1.1]戊烷片段引入研究。 | |
羟甲基型砌块 | 22287-32-7 | 双环[1.1.1]戊基-1-基甲醇 | ≥97% | 用于氧化制备醛或羧酸、醚化、酯化、卤代及含羟甲基双环[1.1.1]戊烷衍生物研究。 | |
对称二羧酸型砌块 | 56842-95-6 | 双环[1.1.1]戊烷-1,3-二羧酸 | ≥97% | 双端羧酸连接砌块;用于二酰胺、二酯、单酸单酯、氨基酸及其他1,3-双官能团衍生物制备。 | |
单羧酸型砌块 | 22287-28-1 | 双环[1.1.1]戊烷-1-羧酸 | ≥97% | 用于酰胺化、酯化、脱羧自由基反应及单取代双环[1.1.1]戊烷生物电子等排体研究。 |
表3 胺、氨基酸及保护型双环[1.1.1]戊烷砌块
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色与应用 |
桥头单胺型砌块 | 22287-35-0 | 双环[1.1.1]戊-1-胺盐酸盐 | ≥98% | 用于酰胺化、磺酰化、脲化、还原胺化及桥头含氮双环[1.1.1]戊烷衍生物制备。 | |
保护型氨基酸砌块 | 303752-38-7 | 3-{[((叔丁氧基)羰基]氨基}双环[1.1.1]戊烷-1-羧酸 | ≥97% | 兼具保护胺和羧酸接口;用于分步酰胺化、脱保护及非对称双端连接结构构建。 | |
保护型氨甲基酯砌块 | 676371-64-5 | 3-{[((叔丁氧基)羰基]氨基}甲基双环[1.1.1]戊烷-1-羧酸甲酯 | ≥97% | 兼具保护氨甲基和甲酯接口;用于侧链胺连接、酯水解及两端顺序官能团化研究。 | |
保护型桥头胺砌块 | 1886967-60-7 | tert-butyl N-(1-bicyclo[1.1.1]pentanyl)carbamate | ≥97% | 用于桥头胺保护、脱保护后酰胺化、脲化、磺酰化及含氮末端片段构建。 | |
氨基酸型异双官能团砌块 | 406947-32-8 | 3-氨基双环[1.1.1]戊烷-1-羧酸 | ≥95% | 同时具有胺和羧酸接口;用于酰胺键分步构建、肽样连接及双环[1.1.1]戊烷主链嵌入研究。 |
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参考文献
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[2] Stepan A F, Subramanyam C, Efremov I V, et al. Application of the bicyclo[1.1.1]pentane motif as a nonclassical phenyl ring bioisostere in the design of a potent and orally active γ-secretase inhibitor. Journal of Medicinal Chemistry, 2012, 55(7): 3414–3424. DOI: 10.1021/jm300094u.
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