读懂花菁（Cyanine）染料：结构机理、 通道选择 、 排错要点及产品选型导航（附6张分类表）
读懂花菁（Cyanine）染料：结构机理、 通道选择 、 排错要点及产品选型导航（附6张分类表）
1. 什么是花菁（Cyanine）染料
花菁（Cyanine）染料是一类典型的多亚甲基（polymethine）共轭染料：两端多为含氮杂环（如吲哚啉/苯并吲哚啉等），中间由多亚甲基共轭链连接，π 电子在整条骨架上离域，因此具有强吸收与可观荧光。
类比：可以把它想成“一条可调长度的电子‘高速公路’”。路越长，吸收/发射的光就越偏向红端（波长更长）。
2． 为什么花菁能出不同颜色？
核心开关是：桥链长度
(1) 多甲炔桥越长 → 光谱越红移（更长波长）
(2) 这也是为什么常见系列从Cy3（橙红）→ Cy5（远红）→ Cy7（近红外）一路往长波走。
注意：除了链长，端基杂环类型、取代基、刚性锁定（rigidification）、电荷与溶剂/蛋白结合状态也会显著影响峰位与亮度；所以同为“Cy5”，不同厂牌/不同结构会有小到中等幅度的偏移（尤其 NIR 段更明显）。
常见名字和“颜色/通道”对应表：
常见代表 | 大致通道 | 常见激发/发射 | 典型用途 |
Cy3 | 橙红通道 | ~555/570 nm | 抗体/核酸标记、显微/流式、多色实验 |
Cy5 | 远红通道 | ~650/670 nm | 生物样品自发荧光更低，适合组织/复杂样本 |
Cy7（及类似 heptamethine cyanine） | 近红外通道 | ~740–770 / ~770–800 nm（依体系） | 近红外成像、低背景检测 |
ICG（吲哚菁绿） | 临床近红外 | 临床/体内成像多以 780–808 nm 激发配置。 | 临床/术中血管与淋巴成像、灌注评估 |
JC-1（碳菁/花菁类） | “绿↔红”比值 | 单体绿（~530）；聚集红（~595） | 线粒体膜电位（ΔΨm）比值读出 |
注意：Ex/Em 会随溶剂、盐型、聚集、以及是否与蛋白/膜结合而变化；表中表述为“常见范围/典型值”。
JC-1信息补充：红信号来自 J-aggregates，对染料浓度/装载量也敏感，要严格按推荐浓度与对照做。
3． 同一支花菁为什么在不同实验里“亮度差很多”？
花菁（Cyanine）染料有一个非常典型的特性：
荧光效率（量子产率）会强烈依赖分子所处的微环境（例如是否被大分子“束缚”、是否发生聚集、是否进入膜相、溶液黏度与局部刚性等）。很多综述都指出，花菁常见的“失亮”来源之一，是激发态发生骨架扭转/顺反异构化等非辐射衰减通道；而这些通道会被环境的“束缚程度”显著放大或抑制——越能限制骨架转动，往往越亮。
用三个关键词理解花菁的亮度变化
1. “转一转就不亮了”（环境越“束缚”越亮）
花菁激发态很容易走“扭转/异构化 → 热耗散”的非辐射路径；在自由溶液里，这条路更通畅，荧光可能偏弱；当染料被蛋白/核酸局部结构限制、或处在更黏稠/更刚性的微环境时，这些转动被抑制，荧光往往增强。
2. “抱团≠一定自灭”（H/J 聚集的方向不一样）
花菁确实容易聚集，但“聚集后一定更暗”并不总成立，关键看聚集型态：
(a) H-aggregate：更常见表现为吸收蓝移，并且更容易出现荧光降低/淬灭；
(b) J-aggregate：更常见表现为吸收红移 + 窄带（J-band），其发光可能降低，也可能在某些有序堆积条件下反而更强/更窄带（也存在“超淬灭”的情况，取决于堆积几何与环境）。
判别小提示：如果看到吸收峰出现明显蓝移肩峰且亮度掉得厉害，常更像 H-聚集；如果出现红移且很窄的吸收带，更像 J-聚集（但是否更亮需要实测，不能一概而论）。
3. “贴太近会自淬灭”（高标记度/高 DOL 的染料-染料相互作用）
在蛋白/抗体等共价标记里，若标记度过高（DOL 过大），多个花菁彼此距离过近，容易发生染料-染料相互作用导致自淬灭、谱形异常，甚至影响生物分子的行为（例如亲和力/体内分布等）。
因此做共价标记不仅要看“有没有标上”，还要把 DOL 优化当成亮度与可重复性的关键变量。
4． “Sulfo-”是什么意思？
很多产品名里会出现sulfo-Cy3、sulfo-Cy5。
Sulfo- 通常表示在染料上引入磺酸盐基团，使其在水相中更易溶解、一般更不易发生疏水驱动的堆叠，并可降低部分非特异吸附；但是否聚集仍与结构与浓度有关。偶联反应的最佳 pH 仍主要由反应基团决定（NHS/SE 常用 pH 7.2–8.5；maleimide-thiol 常用 pH 6.5–7.5）。
小结：
(1) 做水相的抗体/蛋白偶联：通常优先考虑sulfo-（更好溶、更不爱抱团）；
(2) 做插膜/进细胞/疏水环境：未磺化或专门的脂溶性花菁（如 DiI 系）往往更符合设计目的。
5． 花菁（Cyanine）应用族谱与典型用途
应用族谱 | 代表染料/系列 | 典型用途 | 关键机理/结构特点 | 选型关键词 |
A. 共价标记型 | Cy3/Cy5/Cy5.5 等的NHS酯 / Maleimide / Azide-Alkyne / Tetrazine-TCO | 蛋白/抗体/多肽/寡核苷酸等共价荧光标记 | 同一“Cy5”=同一颜色骨架；接头不同=“插头不同”，可反应位点完全不同 | 接口优先：胺/巯基/点击化学；其次才看波长与亮度 |
A1 NHS 酯（胺反应） | Cy3-NHS、Cy5-NHS… | 抗体/蛋白随机位点标记（常见 Lys） | 与一级胺反应；适合大多数蛋白标记 | “蛋白/抗体标记”“Lys/胺” |
A2 Maleimide（巯基反应） | Cy5-maleimide… | 半胱氨酸位点更“定点”的标记 | 与巯基更偏好；常用于定点策略 | “Cys/巯基”“定点” |
B. 膜示踪/细胞追踪（脂溶性花菁） | DiI / DiD / DiR 等 | 细胞膜/神经示踪、膜结构追踪、外泌体/囊泡相关可视化（视体系） | 长烃链“锚定”脂双层，在膜内扩散发光 | “膜染料”“细胞追踪”“脂溶性” |
C. 电位敏感/比值型（线粒体等） | JC-1（代表），以及其他 ΔΨm 探针 | 线粒体膜电位 ΔΨm 变化指示 | 聚集/单体发不同颜色 → 用红/绿比值更稳 | “ΔΨm”“比值”“线粒体状态” |
D. 近红外与活体成像 | ICG（吲哚菁绿）、以及 NIR 花菁家族（可延伸到 Cy7 等） | 血管/淋巴示踪、灌注与成像设备配套（视研究/合规） | NIR 波段背景更低、穿透更好；ICG 临床成熟 | “NIR”“活体/组织”“低自发荧光” |
E. 核酸结合/染色型 | SYBR/TO/YO 等 | DNA/RNA 染色、凝胶/扩增读出等 | 通过结合/插入核酸产生强荧光 | “核酸染色”“凝胶/扩增读出” |
6． 花菁染料“五步选型法”决策清单
Step | 决策点 | 怎么快速判断 | 推荐选择方向 | 关键注意事项 |
1 | 仪器有什么激光/通道/滤光片？ | 看显微镜/流式/成像系统配置表；确认激发线与发射窗口 | 先锁定大类：如 “类 Cy3 通道”“类 Cy5 通道”“NIR 通道” | 不同平台通道差异大；以设备为准 |
2 | 样本背景高不高？需不需要往长波走？ | 组织、血液、厚样本通常背景更高；做空白样本试跑 | 背景高 → 优先远红/近红外；背景低 → 可选可见区更高亮度/更经济的方案 | 长波并非“必然更好”：还要看探测器灵敏度、滤光片匹配与串色 |
3 | 目标分子可用的“化学接口”是什么？ | 目标上有没有胺/巯基？能否引入点击基团？ | 胺 → NHS；巯基 → maleimide；模块化拼装 → 点击/四嗪等 | 缓冲/添加剂可能“抢反应”（含胺缓冲、还原剂等）；接口选错=完全标不上 |
4 | 体系是水相蛋白/抗体为主吗？是否需要更亲水版本？ | 抗体/蛋白标记、非特异高、易聚集 → 多半需要 | 水相/蛋白标记优先考虑sulfo/水溶化版本以降聚集/非特异 | 更亲水常意味着更不穿膜；“要不要进细胞”要提前说清 |
5 | 对照与排错出口准备好了吗？ | 把对照写进实验表格：未标记、仅染料、去游离验证 | 先把“能否解释结果”设计好，再上样本 | 建议三件套：未标记对照、仅染料对照、去游离染料验证；膜/囊泡体系尤其关键 |
7． 花菁实验最常见的问题及注意事项
1. 光照太狠 → 漂白：降低激发强度、缩短曝光、用抗淬灭体系；不同染料光稳定性差异也客观存在。
2. 染料聚集 → 亮度变差/背景变高/光谱异常：降低染料局部浓度、提高溶解度（sulfo-）、优化偶联比例与纯化。
3. “只要是水溶，就一定不插膜”是误区：不少水溶性荧光团也会与脂双层发生明显相互作用，造成信号解释偏差。
4. 脂溶性染料标记囊泡/EV 的假阳性：脂溶性染料可能自组装成胶束/颗粒，被细胞吞噬后造成“看起来像囊泡进入细胞”的假象。
5. 同一条寡核苷酸，换个序列亮度变了：Cy3/Cy5 的亮度可能随核酸局部环境变化而变。做严格定量时要用同序列标准品/内参，不要跨序列直接比亮度。
8. 花菁（Cyanine）染料产品选型总览：导航表 + 6 张分类产品表（自由染料｜活性偶联｜膜染｜核酸染色｜应用成品与工具）
导航表
遇到的情况/目标 | 优先查看的表格 | 表里典型品类 | 选型小提示 |
想给蛋白/抗体/多肽做荧光标记（自己偶联） | 表1｜生物偶联/功能化花菁（NHS/SE、Mal、N3、Sulfo 等） | Cy3/Cy5/Cy7 等 NHS/SE（胺标记）、马来酰亚胺（巯基标记）、叠氮（点击）、水溶性 Sulfo 版本 | 不确定位点：优先 NHS；想更定向：优先 Mal（Cys/巯基） |
需要水溶性更好/背景更低的偶联（减少聚集、提升水相兼容） | 表1 + 表5（PEG5000/水溶化） | Sulfo-Cy（磺化）活性染料；Cy-PEG5000 成品连接臂（NHS/Mal/SH/NH2/COOH） | 水相偶联优先 Sulfo；需要“长间隔臂/更强亲水”优先 PEG5000 |
想做点击化学（Click）把染料接到目标分子上 | 表1 + 表5 + 表6 | Cy-N3、Cy-炔烃、Cy-PEGn-N3 等点击手柄与中间体 | 已有“炔”就选N3；已有“N3”就选炔烃；需要减少位阻可选 PEGn 版本 |
只想要自由染料（不带活性基团）做光谱/成像/示踪（尤其近红外） | 表2｜近红外/远红成像染料与基础花菁盐 | ICG、IR-820、IR-780、IR-775、HITC 等“自由染料/基础盐” | 体内深部/低背景通常选 NIR（如 ICG/IR 系）；做化学改造可从“基础盐”入手 |
要做细胞膜/脂质体/外泌体染色与追踪（插膜型） | 表3｜膜染色探针（DiI/DiD/DiR 等） | DiI/DiD/DiR 等长烷基脂溶性插膜染料 | 追求深部成像/低自发荧光：优先近红外膜染料（如 DiR 类） |
做核酸凝胶染色/核酸定量（SYBR、PicoGreen 等） | 表4｜核酸染料与细胞功能探针 | SYBR Green I、PicoGreen、TO/YO 系等核酸染料 | 凝胶染色看 SYBR；dsDNA 微量定量看 PicoGreen |
做细胞核酸染色/死活排除/固定后核染（如 TO-PRO、TOTO） | 表4 | TO-PRO 1、TOTO-3、噻唑橙/恶唑黄等 | 需要“膜不完整才进”的死细胞指示：优先 TO-PRO；固定/强信号核染可看 TOTO 类 |
做线粒体膜电位（ΔΨm） | 表4 + 表6 | JC-1（比率型）、DiOC5(3)（膜电位探针） | 需要更稳健的相对定量常用 JC-1（红/绿比值）；想要另一类膜电位读出可看 DiOC5(3) |
不想自己偶联，想直接买已标记成品（蛋白/肽/亲和体系/对照品） | 表5 + 表6 | Cy5-链霉亲和素、Cy5.5-BSA、Cy5-Aβ、Cy3-转铁蛋白、Cy3-Protein A、阴性对照等 | 追求“拿来即用/可重复性”：优先成品；做方法学验证也更省时间 |
想做寡核苷酸探针合成（固相）把 Cy 染料接到 DNA/RNA 上 | 表5 + 表6 | Phosphoramidite、CPG（1000 Å） 等固相合成专用原料 | 做固相合成：优先 CPG/Phosphoramidite；按合成路线选 3’/5’ 端引入方式 |
想做 PCR/酶促掺入实现核酸标记（dUTP 掺入） | 表6 | Sulfo-Cy3-E-dUTP 等染料核苷酸 | 需要水相兼容/降低非特异吸附：优先 Sulfo（磺化）版本 |
做递送/脂质体系/纳米颗粒的示踪与构建（DSPE、微球、药物偶联） | 表6 | Cy3 IRGD-PEG-DSPE、Cy5-PS 100 nm 微球、Cy7-紫杉醇、Cy3-顺铂等 | 做“载体示踪/方法学校准/药物行为研究”时，这一表最直接；与表2/表3互补 |
小结：蛋白/抗体→表1；膜/脂质体→表3；核酸检测/染色→表4；自由染料成像→表2；成品/体系化工具→表5/表6），再在对应表里按 通道（Cy2/Cy3/Cy5/Cy7…）+ 连接方式（NHS/Mal/Click/PEG/核酸合成） 精选。
表1｜生物偶联/功能化花菁（NHS/SE、马来酰亚胺、叠氮、酸/酰氯；含磺化/水溶性）
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色和应用 |
生物偶联染料｜马来酰亚胺（巯基标记） | 1593644-50-8 | Cy5.5 马来酰亚胺 | Ex:678nm, Em:695nm, ≥95% | 马来酰亚胺与巯基（Cys、还原抗体的-SH）选择性偶联；远红/近红外通道，适合蛋白/多肽标记、体内成像与多色检测。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记） | 146368-14-1 | Cyanine 5,SE,红色荧光染料 | Ex:647nm, Em:665nm, ≥95%(HPLC) | SE/NHS 酯与伯胺（Lys、N 端）反应；Cy5 远红通道，常用于抗体/蛋白标记、免疫荧光、流式与成像。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记） | 956579-01-4 | 800CW NHS(相当于IRDye 800CW NHS) | ≥98% | 800 nm 近红外通道 NHS 酯，适合抗体/蛋白标记做体内深部成像、术中荧光导航/小动物成像等研究。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记） | 477908-53-5 | CY7-SE | ≥98% | Cy7（近红外通道）SE/NHS 酯；常用于蛋白/抗体标记、体内成像与多色 NIR 检测。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记） | 1393363-07-9 | Cy3 NHS ester | ≥98% | Cy3 橙红通道 NHS 酯；常用于免疫荧光、FISH/探针标记、流式与显微成像。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（水溶性 Sulfo/磺化） | 1424150-38-8 | 磺基-Cy3 琥珀酰亚胺酯 | ≥96% | 磺化提升水溶性；NHS 酯可在水相缓冲中更方便做胺标记（减少有机助溶剂），适合蛋白/抗体水相偶联。 | |
生物偶联染料｜马来酰亚胺（水溶性 Sulfo/磺化） | 1656990-68-9 | 磺基-Cy3马来酰亚胺 | ≥96% | 水溶性巯基标记（马来酰亚胺）；适合蛋白/肽在水相中与 Cys 偶联，降低疏水聚集与非特异吸附。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记） | 186205-33-4 | Cy2-SE (iodine) | ≥95%, Em:510nm;Ex:492nm | Cy2 绿色通道 SE/NHS 酯，适合多重标记（与 Cy3/Cy5 组合常见）；用于蛋白/抗体标记、荧光成像与定量检测。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记） | 1032678-42-4 | Cy5 N-羟基琥珀酰亚胺酯 | ≥95% | Cy5 NHS 酯（胺标记）；常用于抗体/蛋白标记，远红通道背景低，适合流式、免疫荧光与活体/组织成像。 | |
生物偶联染料｜点击化学（叠氮） | 1267539-32-1 | Cy5叠氮化物 | ≥95% | 叠氮基用于点击化学（与炔基/DBCO 等体系）；适合生物正交标记、代谢标记与探针构建（按所用点击体系选择 CuAAC 或 SPAAC）。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记） | 2408482-09-5 | Cy7 N-羟基琥珀酰亚胺酯（Cy7 NHS ester） | ≥95% | Cy7 近红外 NHS 酯；用于抗体/蛋白标记，适合深部组织成像与 NIR 多色实验。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记） | 2632339-91-2 | Cyanine3 NHS酯 | ≥95% | Cy3 NHS 酯（胺标记）；用于免疫荧光、FISH 探针标记、显微/流式等。 | |
生物偶联染料｜马来酰亚胺（巯基标记） | 2755154-93-7 | Cyanine3 maleimide tetrafluoroborate | ≥95% | Cy3 马来酰亚胺（巯基标记），适合 Cys 位点定向标记蛋白/多肽；用于成像、偶联探针与定量检测。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记） | 1263093-76-0 | Cyanine5 NHS酯 | ≥95% | Cy5 NHS 酯；远红通道常用，适合蛋白/抗体标记、免疫荧光、流式与多色共定位。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记） | 2375105-86-3 | Cyanine5.5 NHS酯 | ≥95% | Cy5.5 远红/近红外通道 NHS 酯；用于蛋白/抗体标记与体内成像（相比 Cy5 更偏长波）。 | |
生物偶联染料｜马来酰亚胺（水溶性/高亲水） | 2242791-82-6 | 水溶性Cy5马来酰亚胺 | ≥95% | 更亲水配方的 Cy5 马来酰亚胺，适合水相巯基标记、降低非特异吸附/聚集；用于蛋白/抗体定向偶联与成像。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（水溶性 Sulfo/磺化） | 1603861-95-5 | 磺基-Cy7 琥珀酰亚胺酯（Sulfo-Cy7 NHS ester） | ≥95% | 水溶性 Cy7 NHS 酯，便于在水相缓冲中进行胺标记；适合体内成像、抗体偶联与 NIR 多色检测。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（水溶性 Sulfo/磺化） | 2230212-27-6 | 磺基花青5 NHS酯 | ≥95% | 水溶性 Cy5 NHS 酯，适合蛋白/抗体水相标记；用于免疫荧光、流式、组织成像，降低疏水染料带来的聚集。 | |
生物偶联前体｜羧酸（可再活化） | 1032678-01-5 | Cy3 Acid | —— | 带羧酸的 Cy3 前体：可用 EDC/NHS 再活化后与胺偶联，或用于合成更多功能化衍生物（连接臂/探针构建）。 | |
生物偶联染料｜NHS酯/SE（胺标记，高亮版本） | 228272-52-4 | Cy3B NHS ester | —— | Cy3B 通常更高亮度/更好光稳定性（适合单分子/超分辨等高要求成像）；NHS 酯用于蛋白/抗体胺标记。 | |
生物偶联前体｜酰氯（高活性，需防潮） | 1803099-44-6 | Cyanine7.5 carboxylic acid chloride | —— | 羧酸氯（酰氯）活性高，可快速与胺/醇反应构建 Cy7.5 偶联物；对水分敏感，操作需干燥条件、现配现用更稳妥。 |
表2｜近红外/远红成像染料与基础花菁盐（非活性基团/骨架）
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色和应用 |
近红外成像染料｜IR/ICG 类（非活性基团） | 3599-32-4 | 吲哚菁绿（ICG） | Moligand™, ≥75% | 临床常用近红外染料（常见吸收~780 nm、发射~820 nm），血管/淋巴/灌注成像与体内示踪研究常用；在水相中易与蛋白结合、需避光保存。 | |
近红外成像染料｜IR/ICG 类（非活性基团） | 172616-80-7 | 新吲哚菁绿（IR-820） | Dye content 80% | ICG 衍生的近红外染料，常用于体内荧光成像/示踪、光热/光动力相关研究（依体系而定）。 | |
近红外成像染料｜IR/ICG 类（非活性基团） | 207399-07-3 | IR-780 碘化物 | Dye content ≥95 % | 七甲烯（heptamethine）近红外花菁，常见疏水性较强；用于近红外成像、线粒体/细胞摄取研究及光热/光动力模型探索。 | |
近红外成像染料｜IR/ICG 类（非活性基团） | 115970-66-6 | IR 783 | ≥98%(HPLC) | 近红外花菁染料（多用于光谱/成像研究）；可用于标记体系开发、体内/体外 NIR 示踪（具体取决于溶解性与配方）。 | |
近红外成像染料｜IR/ICG 类（非活性基团） | 19764-96-6 | 碘化-1,1ˊ,3,3,3ˊ,3ˊ-六甲基吲哚三羰花青 | ≥97%(HPLC) | 常见 HITC（吲哚三羰花菁）类近红外荧光染料；用于光谱/成像研究，也可作为进一步功能化/偶联的起始染料。 | |
近红外成像染料｜IR/ICG 类（非活性基团） | 199444-11-6 | IR-775氯化物 | ≥90%(N) | 近红外花菁染料（IR-775），用于光谱/成像与材料研究；常需有机溶剂配制储备液并严格避光。 | |
基础花菁盐/合成中间体｜硫杂花菁 | 53213-94-8 | 3,3'-二丙基硫杂二羰花青碘化物 | ≥98% | 典型“硫杂花菁”骨架/盐，常作为合成其他花菁衍生物的母体或用于光谱/传感材料研究。 |
表3｜膜染色探针（脂溶性花菁｜插膜型）
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色和应用 |
膜染色探针｜脂溶性花菁（插膜型） | 41085-99-8 | 1,1'-双十八烷基-3,3,3',3'-四甲基吲哚菁高氯酸盐(DiI) | 用于荧光分析, ≥98% | 经典脂溶性碳菁膜染料，强疏水长链“插入”脂双层；常用于细胞膜/脂质体/外泌体标记、细胞追踪与神经示踪。 | |
膜染色探针｜脂溶性花菁（插膜型） | 34215-57-1 | 3,3'-二十八烷基氧杂碳菁高氯酸盐 | ≥98% | 超长烷基强疏水，易稳定嵌入脂膜；适合膜/脂质体/疏水相示踪、膜动力学与颗粒标记。 | |
膜染色探针｜脂溶性花菁（插膜型） | 127274-91-3 | DiD 高氯酸盐 | ≥98% | 脂溶性远红膜染料（DiD），稳定插膜；用于细胞膜/外泌体/脂质体标记、细胞追踪与膜融合研究。 | |
膜染色探针｜脂溶性花菁（插膜型） | 100068-60-8 | DiR' [DiIC18(7)],用于膜染色 | ≥95% | 近红外脂溶性膜染料（DiR/DiIC18 类），适合活体深部示踪；常用于细胞追踪、外泌体/脂质体标记与体内成像。 |
表4｜核酸染料与细胞功能探针（核酸染色/定量/复染 + 线粒体膜电位）
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色和应用 |
核酸染料｜嵌入/结合增强荧光 | 107091-89-4 | 噻唑橙 | Dye content,~90% | TO（Thiazole Orange）类核酸结合后荧光显著增强；用于 DNA/RNA 染色、核酸探针/适配体体系、细胞核酸成像与方法学开发。 | |
核酸染料｜凝胶/定量 | 163795-75-3 | SYBR Green I凝胶染色溶液 | 10000 x in DMSO | dsDNA 高灵敏荧光染料，凝胶染色/核酸检测常用；为浓缩 DMSO 储备液，使用时按倍率稀释、全程避光。 | |
核酸染料｜细胞核/染色质复染 | 143413-85-8 | YODi-1，DNA和染色质复染剂 | ≥97%, 5 mM DMSO Solution | YO 系核酸结合染料（复染/对比染色常用）；适用于细胞核/染色质显色与成像（多为 DMSO 储备液，注意按实验体系稀释）。 | |
核酸染料｜嵌入/结合增强荧光 | 152068-09-2 | Oxazole yellow（恶唑黄）, 1mM in DMSO | —— | YO（Oxazole Yellow）类核酸结合染料，结合核酸后荧光增强；常用于核酸染色/探针体系（为 DMSO 储备液，注意避光）。 | |
核酸染料｜dsDNA 高灵敏定量 | 177571-06-1 | PicaGreen(~PicoGreen) | —— | PicoGreen 类 dsDNA 定量染料，适合微量 DNA 荧光定量（板读/溶液法）；常用于样品定量与建库/纯化流程 QC。 | |
核酸染料｜细胞不可透（死细胞/核酸染色） | 157199-59-2 | TO-PRO 1 | —— | TO-PRO 系列多为细胞膜完整时不易进入：常用于死细胞指示/核酸染色、流式排除死细胞或固定后核染。 | |
核酸染料｜二聚体高亲和（远红） | 166196-17-4 | TOTO-3 | —— | TOTO（二聚体）核酸染料，结合 dsDNA 信号强、远红通道；常用于固定细胞/组织核酸染色、FISH/显微成像（多为膜不可透）。 | |
细胞功能探针｜线粒体膜电位（ΔΨm） | 47729-63-5 | JC-1 iodide | ≥95% | 经典线粒体膜电位比率染料：高 ΔΨm 形成聚集体偏红、低 ΔΨm 单体偏绿；用于凋亡/线粒体功能评估与药效筛选。 | |
细胞功能探针｜线粒体膜电位（ΔΨm） | 3520-43-2 | JC-1,线粒体膜电位染料 | ≥95% | 同为 JC-1 膜电位探针；适用于流式/显微，常做红/绿比值以降低染量与细胞数差异影响。 |
表5｜花菁（Cy3/Cy5/Cy7）染料功能化成品与功能化衍生物（PEG 偶联｜点击化学｜核酸合成｜已标记生物分子）
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色和应用 |
Cy3/Cy5-PEG5000功能化成品｜胺偶联（NHS） | —— | Cy5 PEG N-羟基琥珀酰亚胺 | MW 5000 Da | PEG5000 长间隔臂 + NHS 酯，可与蛋白/抗体伯胺快速偶联；提高水溶性、降低非特异吸附，适合构建水溶性荧光探针/偶联物。 | |
Cy3/Cy5-PEG5000功能化成品｜巯基偶联（Mal） | —— | Cy5 PEG 马来酰亚胺, Cy5-PEG-Mal | MW 5000 Da | PEG5000 + 马来酰亚胺，与 Cys/巯基选择性偶联；适合抗体定点标记、肽/蛋白巯基标记与体内成像探针构建。 | |
Cy3/Cy5-PEG5000功能化成品｜可再功能化（PEG-SH） | —— | Cy3 PEG 巯基, Cy3-PEG-SH | MW 5000 Da | 末端 -SH 可进一步接马来酰亚胺/烯烃等；常用作“可延伸的荧光 PEG 连接臂”，用于纳米材料表面修饰、可控偶联。 | |
Cy3/Cy5-PEG5000功能化成品｜可再功能化（PEG-NH2） | —— | Cy3 PEG 胺, Cy3-PEG-NH2 | MW 5000 Da | 末端 -NH2 便于与活化酸/酸氯/异氰酸酯等反应；用于合成荧光标记聚合物、表面修饰与探针构建。 | |
Cy3/Cy5-PEG5000功能化成品｜可再功能化（PEG-COOH） | —— | Cy3 PEG 羧酸, Cy3-PEG-COOH | MW 5000 Da | 末端 -COOH 可 EDC/NHS 活化后与胺偶联；适合与多肽/蛋白/胺化表面材料偶联，构建带长间隔臂的荧光探针。 | |
Cy3/Cy5-PEG5000功能化成品｜亲和体系（Biotin） | —— | Cy3 PEG 生物素 | MW 5000 Da | Cy3-PEG5000-生物素：用于生物素-链霉亲和素（SA）体系的荧光示踪/富集/成像；PEG 降低空间位阻与非特异吸附。 | |
Cy3/Cy5-PEG5000功能化成品｜靶向配体（Folate） | —— | Cy3 PEG 叶酸 | MW 5000 Da | 叶酸受体靶向常用配体；用于细胞靶向成像、受体介导摄取研究；PEG 提升水溶性与体内稳定性。 | |
点击化学染料｜叠氮（N3，近红外） | —— | CY7-N3 | Moligand™, 10 mM in DMSO | Cy7 近红外叠氮，用于点击化学（与炔基/DBCO 等）构建生物正交标记探针；10 mM DMSO 储备，便于快速上手。 | |
点击化学染料｜炔烃（Alkyne） | —— | Cy3炔烃 | ≥96% | Cy3-炔烃手柄，与叠氮底物进行点击反应构建荧光标记物；适合探针合成、代谢标记/生物正交体系。 | |
点击/连接臂中间体｜短 PEG 间隔（PEG3-叠氮） | —— | Cy5-PEG3-叠氮化物 | ≥96% | Cy5 + PEG3 间隔 + N3：兼顾一定亲水性与反应可及性；用于点击化学构建更“柔性”的偶联探针，减少位阻影响。 | |
偶联中间体｜短 PEG 间隔（PEG6-NHS） | —— | Cy5-PEG6-琥珀酰亚胺酯 | ≥96% | Cy5 + PEG6 + NHS：更长柔性连接臂，利于水相胺偶联、降低染料对靶分子功能影响；常用于抗体/蛋白温和标记。 | |
寡核苷酸合成试剂｜磷酰胺化（Phosphoramidite） | —— | Cyanine 3 Phosphoramidite | ≥97% | 用于固相寡核苷酸合成（DNA/RNA）末端/位点引入 Cy3；适合探针、引物、FISH/分子诊断探针制备。 | |
已标记蛋白｜亲和体系成品（Streptavidin） | —— | Cy5标记链霉亲和素 | Ex:647nm, Em:665nm | 成品即用：用于生物素化抗体/核酸/蛋白的检测与成像；适配免疫荧光、ELISA/微阵列、流式、亲和捕获可视化。 | |
已标记蛋白｜通用载体/标准品（BSA） | —— | Cy5.5标记牛血清白蛋白 | ≥98% | 常作荧光示踪蛋白/阴性背景对照/方法学标准品；用于渗透/分布、非特异吸附评估与成像验证。 | |
已标记肽探针｜疾病相关模型（Aβ42） | —— | Cy5-β-Amyloid (42-1), human | ≥98% | 阿尔茨海默相关 Aβ42 荧光肽：用于聚集/结合实验、成像与抑制剂筛选；成品提高可重复性。 | |
已标记寡核苷酸/对照品｜阴性对照 | —— | Cy5-Zorevunensen negative control | ≥99% | 标记寡核苷酸阴性对照（用于评估非特异摄取/背景信号）；适合细胞递送与成像/定量流程的对照设置。 | |
小分子反应性染料｜巯基偶联（Maleimide） | —— | Cy7马来酰亚胺 | ≥96% | 近红外 Cy7-Mal：直接用于蛋白/肽巯基标记（Cys 定向），构建 NIR 成像探针；无需先接 PEG 即可反应。 | |
构建模块｜二官能团“可再活化”（双酸） | —— | Cy5.5双酸 | ≥98% | 含两个羧酸位点，便于EDC/NHS 活化后做多样化连接（引入连接臂、两端偶联等）；适合定制合成/材料修饰。 | |
反应性染料｜醛/糖链标记（酰肼） | —— | Cy7.5酰肼 | ≥95% | 酰肼可与醛基（如氧化糖链、醛化表面）形成腙键/还原胺化路线；用于糖蛋白/糖链标记、表面化学与成像探针构建。 | |
小分子反应性染料｜胺偶联（NHS） | —— | Cy5-琥珀酰亚胺酯 | ≥96% | 经典 Cy5-NHS 胺标记染料；用于蛋白/抗体快速标记，适合免疫荧光、流式与成像。 |
表6｜花菁（Cyanine）染料应用成品与体系化工具表（PEG 偶联｜核酸合成/掺入｜递送脂质｜蛋白/微球成品｜药物偶联｜功能探针）
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 产品特色和应用 |
长 PEG 偶联染料成品｜Cy5.5-PEG-Mal（巯基偶联） | —— | CY5.5-PEG5000-Mal | —— | PEG5000 长间隔臂 + 马来酰亚胺，用于与蛋白/肽/抗体的巯基（Cys）选择性偶联；提升水溶性、降低非特异吸附，适合构建稳定荧光偶联物（同系列亦常见 PEG2000）。 | |
寡核苷酸固相载体｜CPG（1000 Å） | —— | Cy3 CPG (1000 Å) | —— | 固相寡核苷酸合成载体，用于合成 3’ 端带 Cy3 标记的寡核苷酸/探针；适用于引物、FISH 探针、分子诊断探针等制备。 | |
寡核苷酸合成单体｜Phosphoramidite | —— | Cy5 Phosphoramidite | —— | 用于固相合成中引入 Cy5 标记（常见 5’ 端或位点标记），适合定制寡核苷酸探针、qPCR/成像探针、FRET 体系构建。 | |
酶掺入核酸标记｜染料-dUTP | —— | Sulfo-Cy3-E-dUTP（磺酸基-Cy3-乙基-dUTP） | —— | 水溶性磺化 Cy3-dUTP，可用于 PCR/引物延伸/缺口平移等酶促掺入，实现 DNA 荧光标记；适合高水相体系与降低非特异吸附。 | |
递送/脂质体系｜肽靶向-脂质偶联 | —— | Cy3 IRGD-PEG-DSPE | —— | DSPE 脂质锚定 + PEG 间隔 + iRGD 肽，便于插入脂质体/LNP/膜体系并赋予靶向/穿透相关研究用途；用于递送体系示踪与细胞摄取评估。 | |
寡核苷酸/miRNA阴性对照（即用型） | —— | Cy3 MicroRNA Antagomir Negative Control | —— | Cy3 标记 miRNA Antagomir 阴性对照，用于转染/递送实验评估背景信号、非特异摄取与流程质量控制。 | |
醛/糖链标记｜酰肼（Hydrazide） | —— | Cy3 酰肼 | —— | 酰肼可与醛基（如氧化糖链/醛化表面）形成腙键/还原胺化路线；用于糖蛋白/糖链标记与表面化学偶联。 | |
已标记蛋白偶联物｜转铁蛋白（Cy3-Transferrin） | —— | Cy3-标记转铁蛋白 | —— | 受体介导内吞研究常用示踪蛋白；用于细胞摄取、靶向递送评估、共定位成像与方法学验证。 | |
纳米标准品/载体｜PS 微球（100 nm） | —— | Cy5-Polystyrene microsphere (100nm) | —— | 100 nm 荧光微球用于流式/显微/纳米颗粒方法学（对齐、灵敏度/漂移评估、颗粒示踪）；也可作模型纳米载体。 | |
染料-药物偶联｜紫杉醇（Paclitaxel） | —— | Cy7-紫杉醇 | —— | 以近红外通道示踪紫杉醇相关行为：用于药物摄取、分布、递送体系装载/释放与组织成像研究。 | |
染料-金属药物偶联｜顺铂 | —— | Cy3-Ccisplatin | —— | 顺铂相关示踪/递送研究模型：用于细胞摄取、分布与递送载体偶联策略验证（以荧光读出替代难检测环节）。 | |
水溶性活性酯｜Sulfo-bis-SE（双琥珀酰亚胺酯） | —— | Sulfo-Cy5 bis-SE（Sulfo-Cy5双琥珀酰亚胺酯） | —— | 磺化提升水溶性 + 双活性酯，用于胺基偶联构建 Cy5 标记物（或多点连接/桥连型构建）；适合水相反应、降低疏水聚集。 | |
水溶性前体｜Sulfo-free acid | —— | Sulfo-Cy3-3 free acid（磺酸基-Cy3-3） | —— | 磺化自由酸前体：可进一步活化后与胺偶联，用于合成更复杂的水溶性 Cy3 衍生物/连接臂探针。 | |
功能探针｜膜电位（carbocyanine/花菁类） | —— | DiOC5(3)膜电位荧光探针 | —— | 花菁/碳菁类膜电位探针，用于细胞膜电位变化监测（常见于流式/成像）；适合药理刺激、离子通道与细胞状态评估。 |
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