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小分子化学探针实用指南：概念纠偏、因果验证与实验选型（含产品导航与表A–D）
小分子化学探针实用指南：概念纠偏、因果验证与实验选型（含产品导航与表A–D）
引言
（1） 在生命科学实验里，我们经常想回答一个更“因果”的问题：某个蛋白是不是导致了你看到的表型？
小分子化学探针（chemical probe）的意义就在这里：它不是用来“看见”蛋白，而是用来在细胞中直接干预某个蛋白的功能，从而把“靶点变化”与“表型变化”更可靠地连接起来。
（2） 但现实中也很常见另一种情况：
同一类小分子，有人称为“探针”，有人称为“工具化合物”。实验做完才发现，表型确实变了，却可能来自非特异作用、细胞毒性、读出干扰或靶外效应。结果是：数据看起来很强，结论却更难解释，因果链反而变弱。
（3） 因此，本篇文章围绕一个核心目标展开：
怎样选择与使用小分子，使结论更接近“靶点因果”，而不是“化合物带来的混合效应”。全文按 5 步展开：
- 概念与标准：工具化合物与化学探针到底差在哪？什么情况下不该把分子称为“探针”？
- 实验优势：化学探针如何提供“时间控制”和“剂量控制”，并把因果推断做得更强？
- 探针从哪里来：HTS、表型筛选、片段法、化学蛋白质组学各自能解决什么问题、又最容易踩哪些坑？
- 可选资源：如何借助公开的细胞内互作/可配体化资源，更快找到“起点分子”，减少盲试。
- 可直接使用的清单：“好探针六件套 + 三条关键提醒”，用来做实验前的最后核对。
- 注：本文所说 chemical probe 特指用于调控靶蛋白功能以支持因果归因的‘化学探针’，不讨论广义的成像/检测探针。
Step 1｜概念与标准：工具化合物 ≠ 化学探针
1.1 定义与用途边界
类型 | 定义（是什么） | 用途（为什么用） | 能支持的结论强度 |
工具化合物（tool compound） | 用于干预某个生物过程/通路、帮助探索机制或验证方向的小分子 | 快速判断“某条机制/通路是否可能相关”、是否值得投入更多验证 | 更适合“提出假设/方向判断”，不宜直接做“靶点因果归因” |
化学探针（chemical probe） | 证据链较完整、可用于把表型归因到特定靶蛋白的小分子 | 建立“靶点—表型”的因果关系，用于机制研究与靶点验证 | 可用于“靶点归因/因果推断”，但仍需在适用边界内陈述 |
注：本文对“化学探针”的质量要求参考常用的专家评审资源（如 Chemical Probes Portal 与 SGC 的公开建议）。这些更像经验基线/选型指南，用于降低误判，不等同于对所有靶点通用的硬阈值。常见关注点包括：足够强的 potency、可交代的选择性、细胞内 on-target 证据、以及正交探针/匹配阴性对照（详见 Step 1.2 与 Step 5）。
1.2 两者差别不在“能不能用”，而在“证据链是否足以做归因”
关键维度 | 工具化合物（tool compound） | 化学探针（chemical probe） |
Potency（对目标有效性） | 可能“对某个靶点有活性”，但数据可能只来自少量实验、不同体系之间不可比，或只证明“能影响表型”而不是“强烈作用于目标”。 | 需要清楚、可复现的数值（如 IC₅₀/Kd 等）和测定条件，证明它对目标确实足够强，而不是“碰巧有效”。这决定了后续能否在较低浓度下做干净实验。 |
Selectivity（选择性） | 往往缺少系统性信息：可能同时影响同家族多个蛋白，或有已知“常见靶外”。在探索阶段可以接受，但必须承认不确定性。 | 需要用数据说明它对“最容易被误伤的蛋白”影响较小（尤其同家族/常见靶外/关键安全靶点）。选择性决定“表型能不能主要归因到一个靶点”。 |
细胞内 on-target 证据（细胞里是否真打到靶） | 可能只有“加药→表型变化”。但表型可能来自毒性、应激、膜作用或靶外通路，未必是目标蛋白导致。 | 需要细胞内证据支持“确实命中目标”：例如 target engagement（占有/结合）数据，或与目标机制一致的标志性读出，并能排除“只是细胞状态被扰乱”。这是“从相关走向因果”的关键一步。 |
对照配置（如何排除假阳性） | 常见情况是只有溶媒对照，或只有“另一个不相关化合物”作对照；这样很难排除“骨架自身效应/理化性质效应”。 | 通常要求至少有一类强对照：匹配阴性对照（结构相近但对靶点失活/弱化）和/或 正交探针（不同骨架命中同一靶点）。对照的作用是把“靶点效应”和“化合物副作用”分开。 |
用量与解释（用多大剂量、怎么写结论） | 经常出现“需要较高浓度才有效”，但没有把风险讲清楚；高浓度更容易命中更多靶点，解释空间变大。 | 强调在“已验证的 on-target 浓度窗口”内解释结果：尽量用更低浓度做出同方向证据，并把结论绑定到具体浓度范围与实验条件，降低误判。 |
适用定位（它适合解决什么问题） | 适合“探索/筛选”：判断某条通路是否可能相关、是否值得继续投入；结论表达应更谨慎。 | 适合“靶点归因/机制研究”：用于支撑“该蛋白导致该表型”的论证；可以写出更强的因果结论，但仍需说明边界条件。 |
1.3 出现这些情况，不建议把分子当“探针”来下因果结论
信号（观察到的情况） | 最可能的问题（意味着什么） | 优先补救（应该做什么） |
需要明显高浓度才出现表型 | 非特异命中增多，或主要效应并非来自目标 | 下调浓度做梯度；补 target engagement；换更强/更干净分子 |
没有选择性数据或已知广谱活性 | 靶外效应难排除 | 做谱系筛选/关键靶外验证；至少补同家族对比 |
表型伴随明显细胞毒性/应激 | 表型可能由毒性或应激通路驱动 | 加入毒性与应激读出；用更低剂量/更短时间窗口 |
没有阴性对照，也没有正交探针 | 难排除“骨架特性/偶然性” | 增加匹配阴性对照或第二骨架探针 |
只用单一表型就直接归因 | 归因链条过短 | 加机制相关读出与正交验证 |
Step 2｜核心价值：时间控制 + 剂量控制 + 因果推断路径
2.1 化学探针在实验设计中的三类“可控变量”
能力（能控制什么） | 具体能做什么（操作层面） | 适合回答什么问题（典型场景） | 为什么会提升解释力（逻辑原因） | 提醒 |
时间控制（快速起效/可逆） | 指定时间点加药产生效应；通过洗脱/停药/加入拮抗剂让效应减弱或消失（是否可逆取决于机制与停药方式） | 急性过程、快速信号通路、动态反馈；区分“先发生的变化”与“后续继发变化” | 把干预限定在明确时间窗，可更好区分直接效应与二级效应（时间顺序更清楚） | 不是所有小分子都可逆；细胞内滞留、不可逆抑制、长半衰期会让“关掉”不干净；因此需要用时间梯度验证 |
剂量控制（连续梯度） | 做浓度梯度，得到剂量–反应曲线；比较阈值、饱和、非线性区间；区分部分抑制与完全抑制 | 需要“强弱分级”的问题：阈值/饱和点、敏感读出筛选、窗口浓度确定；比较不同表型对同一通路的敏感度 | 连续剂量信息比“有/无”更能约束解释：如果效应随剂量有规律变化，更支持干预相关性 | 高浓度更容易出现靶外效应与应激；因此“有效”不等于“可归因”，需要在可解释窗口内讨论 |
因果推断路径（缩小靶外解释空间） | 用“同结论多证据”把靶外可能性压缩：同一结论在不同干预方式/不同化学骨架/关键对照下仍成立 | 机制验证、靶点归因、把表型可靠关联到目标蛋白 | 当多条独立证据指向同一靶点时，靶外解释空间显著变小，结论更稳 | 这一步依赖 Step 1 的探针标准与对照配置；如果缺少选择性/细胞内命中证据，仅凭表型无法完成归因 |
Step 3｜探针怎么来：HTS / 表型筛选 / FBLD / 化学蛋白质组学
3.1｜四条路线：强项、盲区与“下一步要补什么”
路线 | 擅长解决什么 | 常见盲区/风险 | 常见“下一步要补什么” |
HTS（高通量筛选） | 从大库快速找到“能影响读出/能结合/能抑制”的初始命中（hit），速度快、覆盖面广 | 命中中常混入干扰物/频繁命中（frequent hitters）：如胶体聚集体、反应性化合物、读出干扰（荧光/发光/氧化还原循环等），去伪成本高 | 反干扰与去伪：聚集/读出干扰排查；结构-活性复现；正交测定确认；早期选择性与可用浓度窗口评估 |
表型筛选（phenotypic screening） | 直接对“功能结果”负责，容易发现新机制/新路径，不依赖先验靶点假设 | 靶点归因（target deconvolution）难；表型可能来自多靶点或网络效应，机制拆解慢，推进到“可解释、可复现”的靶点结论需要额外工作 | 做靶点识别与因果加固：化学蛋白质组学/热稳态组学等；遗传学互证；正交探针与对照体系完善 |
FBLD（Fragment-Based Lead Discovery，片段为基础的先导发现） | 以小片段探索结合位点：命中常较弱，但配体效率高、可塑性强，利于精细“长大/拼接”优化 | 需要结构/生物物理/药化迭代能力；命中弱使验证更挑剔（对检测方法、蛋白质量、假阳性控制要求高） | 结构/生物物理确认；多方法交叉验证；沿位点进行片段增长与性质控制；逐步补细胞内证据与选择性边界 |
化学蛋白质组学（chemoproteomics，包括 ABPP 等） | 在接近生理环境的体系中识别“化合物与哪些蛋白/位点发生结合或竞争”，用于靶点确认、靶外谱、可配体化位点发现 | 数据解释复杂；背景结合多；对“竞争实验/对照设计/统计阈值”要求高，否则容易把背景当特异 | 做竞争与对照：同位点竞争、结构相近阴性对照、剂量依赖、重复与统计控制；再回到功能测定与机制读出闭环 |
Step 4｜一个公开资源，帮助更快找到“起点分子”并减少盲试
4.1 它在解决什么问题？
1. 很多人做探针/工具分子会卡在第一步：“我关心的蛋白，到底有没有小分子能结合？从哪类结构起步？”
- 传统路径往往需要自己做 HTS/片段筛选，成本高、周期长，且命中不确定。
2. 这里的“公开资源”指的是：
- Offensperger 等人在 Science 2024 建立的 Ligand Discovery 交互式资源。它把大规模活细胞化学蛋白质组学筛到的“片段—蛋白互作谱”做成了可检索的数据与网页工具，并配套了机器学习模型，帮助你更快定位“可能值得继续优化的起点分子/化学骨架”。
- 它本质上不是“现成可直接用的化学探针库”，而是一个“起点导航器”：告诉你在活细胞体系里，哪些片段更可能与哪些蛋白发生可捕获的互作，从而缩小你下一步做探针优化与验证的搜索空间。
4.2 这个公开资源解决什么问题？该怎么用它？
你在“找探针起点”时遇到的问题 | 在资源里怎么做 | 会得到什么“可用输出” | 下一步仍需要回到探针标准（Step 1&5） |
有一个感兴趣的蛋白/通路，但不知道从哪类小分子骨架开始 | 用 Interactions（主入口）按蛋白检索 | 与该蛋白相关的片段互作信息（用于筛“起点骨架”） | 仍需：效力/选择性/细胞内靶点占领 + 阴性对照/正交探针 |
手上有一组蛋白（同家族/同通路），想看哪些片段“整体更可能命中” | 用 Explore protein sets 输入蛋白集合 | 该蛋白集合与片段互作的覆盖情况（更像“起点机会评估”） | 仍需：逐个靶点做可重复验证，排除背景与偏好性 |
担心某些片段“太 promiscuous（到处粘）”导致背景高 | 用 Fragment predictor（偏行为预测） | 预测该片段更可能“广谱/偏好某类互作特征” | 仍需：在你的体系里用对照与剂量窗口验证“可解释性” |
我想快速得到“候选互作”的优先级，而不是从零盲筛 | 用 On-the-fly modeling 做快速建模预测 | 给你的片段/蛋白集合生成可解释的预测结果（用于排序） | 仍需：把预测当“导航”，不要当“结论”；最终靠实验与对照闭环 |
注意：这类公开互作地图解决的是“起点选择”问题：帮缩小要盲试的化学空间；但它不替代化学探针标准——真正能做因果归因，仍需要细胞内 on-target 证据与阴性对照/正交探针来闭环。
Step 5｜可直接使用的核对表：好探针六件套 + 三条关键提醒
5.1 好探针六件套
六件套要点 | 需要看到什么（最低应交代的信息） | 为什么重要（直接影响什么结论） | 缺了怎么办（最常用补法） |
1. Potency：对目标够强 | 对目标的活性/结合数据（如 IC₅₀、Kᵢ、K_d 等）+ 可复现的浓度—效应关系；最好说明测试体系与条件 | 不够强往往会被迫使用高浓度，靶外风险随之上升，后面再多对照也难救 | 找更强的化合物/同靶点更优探针；或先回到体外测定确认“是否真命中目标” |
2. Selectivity：对非目标干扰尽量低 | 至少在同家族/高风险靶点层面有选择性信息；有条件时提供更广谱筛选信息 | 选择性决定“表型能否主要归因到目标”，否则更像“多靶点工具” | 补同家族面板/关键靶外验证；把结论强度降为“提示相关”而非“靶点归因” |
3. 细胞内 on-target 证据：在细胞里确实命中目标 | 有 target engagement（直接/近端优先）或可靠替代标志物；并说明在你的细胞体系里目标是否可达、表达量/复合体状态是否影响可及性 | Portal FAQ 指出：没有 target engagement 时，很难判断“无效/有效”到底是靶点问题还是体系问题，也难确定合理用量窗口。 | 用更近端的结合/占有测定；或用可靠 PD 标志物建立“占有—表型”关联 |
4. 匹配阴性对照：结构接近但对目标显著弱/失活 | 结构相近（尽量只改关键相互作用点）+ 对主靶点显著弱化；并说明它是否仍可能有其他靶外作用 | 用来排除“骨架/理化性质导致的非特异表型” | 若缺乏理想阴性对照，至少用第二个不同骨架探针（见第5条）来增强因果链 |
5. 正交探针：不同骨架、同一靶点、同方向效应 | 两个结构明显不同的探针指向同一靶点，并在合理浓度窗口内给出一致结果 | Portal FAQ 明确建议：同一靶点最好使用两个结构不同的探针，并配套其失活衍生物；两种骨架不太可能共享同一套靶外谱，因此一致结果更可信。 | 如果只有一个探针，结论应更克制；优先去 Portal/SGC 等资源找第二个化学类型 |
6. 暴露—毒性边界：有效不是“把细胞弄坏”换来的 | 在接近有效浓度处并行做细胞活力/毒性/应激相关读出；并遵循“推荐最高用量/经验上限” | Portal 也提醒：单纯“抑制增殖/诱导死亡”通常不够特异，不能当作选择性成立的证明；同时平台也会给出细胞用量建议上限。 | 做剂量梯度，找“最低有效且低毒”的窗口；必要时换更干净探针或改变处理时程 |
5.2 三条关键提醒与应对策略
三条关键提醒 | 典型表现（你会看到什么） | 常见原因（为什么会这样） | 最有效的处理方式 |
1：结构警报/干扰化合物把“假阳性”当“命中” | 同一个化合物在很多不相关体系都“有效”；换检测方式结果消失；表现强烈但不呈合理剂量规律 | PAINS/读出干扰、胶体聚集、非特异反应性、氧化还原循环等。 | 先做反干扰排查（聚集/读出干扰/反应性）；到 Chemical Probes Portal 查专家评审与 Unsuitables，避免把“不适合作为探针”的化合物当探针用。 |
2：细胞毒性伪装成通路效应 | 表型“越强越好看”，但同时活力下降/应激升高；或只有高浓度才出现效果 | 高浓度带来的广谱靶外与细胞状态崩坏，表型不再可归因 | 在有效浓度附近并行做活力/毒性/应激读出；把结论绑定在低毒窗口内；必要时更换探针或缩短处理时间 |
3：没有对照，只靠一个分子下因果结论 | 只有“一个探针+溶媒对照”，就直接写“该靶点导致该表型” | 任何单一化合物都可能有未知靶外；数据天然不完整。Portal FAQ 解释了为何推荐“正交探针 + 阴性对照”的组合，同时也提醒阴性对照并非万无一失。 | 优先补“第二个化学类型探针”；同时尽量配匹配阴性对照；若都缺，结论降级为“提示相关/需要进一步验证”而非“已归因” |
6. 产品导航表｜小分子化学探针/化学蛋白质组学：表A–表D怎么选
遇到的需求/场景（典型问题） | 优先看哪张表 | 为什么这张表最合适 | 在这张表里能找到什么 |
要开始做裂解/样品前处理：蛋白溶不出来、样品不稳定、消化不一致 | 表A｜样品裂解与蛋白组学前处理 | 先把样品状态做对，后面的 click、富集、上机才有可比性；否则背景与重现性会崩 | 高纯水、尿素/盐酸胍、SDS；还原/烷基化三件套（DTT/TCEP/IAA）；碳酸氢铵缓冲；β-巯基乙醇 |
做完裂解后要做“还原→烷基化”：担心二硫键重排、巯基背景高 | 表A｜样品裂解与蛋白组学前处理 | 这是蛋白组学/化学蛋白质组学的基础步骤，直接决定后续标记一致性与肽段质量 | DTT/TCEP（还原）、IAA（烷基化封闭）、β-巯基乙醇（维持还原态） |
探针带炔/叠氮，要把生物素/荧光“点上去”（CuAAC） | 表B｜Click 化学（CuAAC）与去铜体系 | CuAAC 成败主要由“铜源+还原剂+配体+去铜”是否配套决定；这张表是全套核心件 | CuSO₄·5H₂O、CuBr/CuI、抗坏血酸钠、THPTA/TBTA、EDTA-2Na、BCS |
点击反应不完全/信号弱：上胶/上机看不到富集 | 表B｜Click 化学（CuAAC）与去铜体系 | 常见原因集中在 Cu(I) 生成/稳定不足、配体不合适、体系被杂质耗铜；先从催化体系排查最有效 | Cu(I) 盐（CuBr/CuI）与 Cu(II)+抗坏血酸体系切换；THPTA ↔ TBTA 配体选择；EDTA/BCS 去铜终止 |
背景高、蛋白氧化、样品发黄：怀疑铜造成副反应 | 表B｜Click 化学（CuAAC）与去铜体系 | 需要“更温和的配体 + 充分去铜终止”来压铜相关背景 | THPTA（更适合生物体系）、EDTA/BCS（淬灭/去铜） |
要把“手柄/连接臂/标签”装到母体分子上：做探针衍生物或中间体 | 表C｜探针衍生化与偶联活化 | 这是探针化学构建的核心：活化—缩合—引入手柄/连接臂 | EDC、NHS、DCC；DIPEA、DMAP；炔丙胺（炔基手柄）；三苯基膦（替代/对照连接思路） |
需要在有机相做偶联/酰化：反应慢、收率低、需要催化/捕酸 | 表C｜探针衍生化与偶联活化 | 有机相偶联的关键是“缩合剂+碱+催化剂”组合是否合理 | DCC（溶液）、DIPEA（碱）、DMAP（催化）、NHS（活性酯） |
在做共价探针/反应性片段：关注 Cys 反应性、想要 warhead 或封闭背景 | 表D｜富集与“探针化”模块 | 这一张把“共价标记 + 背景控制 + 清除/竞争对照”放在一起，最贴合共价探针/ABPP 类实验 | 马来酰亚胺、NEM、氯乙酰胺、丙烯酰胺；L-半胱氨酸/NAC/GSH（清除/竞争对照） |
需要做 pull-down 富集：上 streptavidin/avidin 体系，或者想要温和洗脱 | 表D｜富集与“探针化”模块 | 富集标签与洗脱策略决定“能不能拉下、洗不洗得干净、回收好不好” | 生物素、NHS-Biotin、D-脱硫生物素（desthiobiotin，利于竞争洗脱） |
想做光交联探针（photoaffinity）：把瞬时结合固定下来再鉴定 | 表D｜富集与“探针化”模块 | 光交联模块属于“探针结构模块”，常和富集/点击一起组成完整证据链 | 二苯甲酮及其衍生物（4-氯/4-甲氧基二苯甲酮） |
需要配母液/做细胞处理/准备 LC-MS 流动相：担心溶解度与上机背景 | 表D｜富集与“探针化”模块 | 溶剂与酸添加剂决定“能用到的浓度窗口”和“质谱背景/离子化表现” | DMSO、DMF、甲醇、乙腈；甲酸/三氟乙酸溶液 |
小结：
(1) 先把样品处理跑顺 → 看 表A
(2) 探针带手柄要做 CuAAC → 看 表B
(3) 要合成/衍生化“探针本体” → 看 表C
(4) 要富集/共价标记/光交联/配溶剂上机 → 看 表D
表A｜样品裂解与蛋白组学前处理（变性/去污/还原-烷基化/缓冲/用水）
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 用途与选型要点（小分子探针） |
超纯水/体系用水 | 7732-18-5 | 细胞生物学级水 | 用于细胞生物学，无内毒素，无热源，超滤和高压灭菌 | 细胞/蛋白组学流程用高纯水，可降低内毒素与杂质带来的背景波动；用于配制 click/缓冲/洗涤体系。 | |
蛋白组学/样品裂解｜变性剂 | 57-13-6 | 尿素 | 珠 | 常用蛋白变性/溶解剂，用于裂解与变性以暴露结合位点、提高消化效率；用于蛋白组学前处理时通常需稀释到低浓度以避免抑制酶活并降低 MS 背景。 | |
蛋白组学/样品裂解｜强变性剂 | 50-01-1 | 盐酸胍 | 用于蛋白分析, ≥99.5% | 强变性/溶解剂：适合难溶蛋白与复合体裂解；用于探针富集/蛋白组学前处理时通常需稀释/置换以兼容消化与 MS。 | |
蛋白组学/样品裂解｜去污剂 | 151-21-3 | 十二烷基硫酸钠 (SDS) | 用于电泳, anionic | 强阴离子表活：裂解与溶解膜蛋白/复合体常用；但会显著影响胰蛋白酶消化与 LC-MS，上机前通常需要去除（降低背景、提升重现性）。 | |
蛋白样品处理｜还原剂（断二硫键） | 3483-12-3 | DL-二硫苏糖醇(DTT) | 用于电泳, ≥99% | 蛋白二硫键还原高频试剂；用于蛋白组学前处理（还原→烷基化）与巯基反应前准备，提升标记与消化一致性。 | |
蛋白样品处理｜还原剂（稳定） | 51805-45-9 | 三 2-羰基乙基 磷盐酸盐 盐酸盐（TCEP HCl） | UltraBio™, 适用于电泳, SDS-PAGE tested | 稳定水相还原剂：用于二硫键还原，较少引入巯基相关副反应；常用于蛋白组学还原步骤与巯基反应前预处理。 | |
蛋白样品处理｜Cys 烷基化封闭 | 144-48-9 | 碘乙酰胺 | Moligand™, 超纯级, ≥99%(NMR) | 蛋白组学经典烷基化试剂：还原后封闭 Cys，防止再氧化/二硫键重排；也用于评估巯基相关背景与标记一致性。 | |
蛋白组学｜挥发性缓冲盐 | 1066-33-7 | 碳酸氢铵 | 试剂级 | 蛋白组学消化常用挥发性缓冲盐（兼容 LC-MS）；用于胰蛋白酶消化、脱盐前缓冲体系构建。 | |
巯基化学｜还原/维护 | 60-24-2 | β-巯基乙醇 | 用于细胞培养, 适用于电泳, 分子生物学级, ≥99% | 还原性添加剂：用于维持巯基还原态、降低二硫键重排；也可在共价探针/巯基反应后作为清除剂降低残余电亲试剂导致的背景。 |
表B｜Click 化学（CuAAC）与去铜体系（铜源/还原剂/配体/终止）
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 用途与选型要点（小分子探针） |
Click 化学｜铜源（Cu(II) 前体） | 7758-99-8 | 硫酸铜，五水 | 用于植物细胞培养, ≥98% | CuAAC 常用 Cu(II) 来源；与抗坏血酸钠配套原位生成 Cu(I) 催化叠氮-炔点击偶联，适合做探针手柄“点标签”。 | |
Click 化学｜Cu(I) 直接铜源 | 7787-70-4 | 溴化亚铜 | PrimorTrace™, ≥99.99% metals basis | CuAAC 常用 Cu(I) 盐；与配体联用可提高 Cu(I) 稳定性与反应效率，适合点击偶联条件筛选。 | |
Click 化学｜Cu(I) 直接铜源 | 7681-65-4 | 碘化亚铜 | 无水级, ≥99.995% metals basis | CuAAC 的 Cu(I) 直接来源；常与配体（TBTA/THPTA）联用以提高稳定性与点击效率，适合条件筛选与优化。 | |
Click 化学｜还原剂（生成 Cu(I)） | 134-03-2 | 抗坏血酸钠 | 用于细胞培养, ≥99% | CuAAC 常用还原剂：将 Cu(II) 还原为 Cu(I) 形成催化活性；常用于点击反应体系配套与条件优化。 | |
Click 化学｜CuAAC 配体（生物体系友好） | 760952-88-3 | 三(3-羟丙基三唑甲基)胺 （THPTA） | ≥97% | 水相 CuAAC 常用配体：提高点击效率并降低铜介导氧化损伤；常用于裂解液/蛋白样品点击与蛋白质组学相关流程。 | |
Click 化学｜CuAAC 配体（经典） | 510758-28-8 | 三[(1-苯甲基-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基]胺（TBTA） | ≥95% | 经典 CuAAC 配体：提高 Cu(I) 稳定性与反应选择性；常用于点击偶联条件筛选（在水相体系中通常需共溶剂或优化溶解）。 | |
金属螯合/终止｜去金属/控背景 | 6381-92-6 | 乙二胺四乙酸二钠,二水 | 用于植物细胞培养, ≥99% | 螯合金属离子：用于抑制金属催化副反应、保护样品；在 CuAAC 后可用于“终止/去铜”以降低铜相关氧化与背景。 | |
Click 终止/去铜｜Cu(I) 选择性螯合 | 52698-84-7 | 浴酮灵二磺酸二钠盐 | ≥97% | BCS：对 Cu(I) 络合选择性强；用于点击后快速“淬灭/去铜”，降低铜相关氧化与非特异背景。 |
表C｜探针衍生化与偶联活化（EDC/NHS/DCC + 碱/催化 + 手柄/替代连接）
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 用途与选型要点（小分子探针） |
偶联活化｜水溶性碳二亚胺 | 25952-53-8 | Aladdin™ EDC | 分析标准品 | 羧酸-胺偶联核心试剂：常用于把“手柄/连接臂/标签”接到母体分子或载体上（偏水相体系），是探针衍生化高频工具。 | |
偶联活化｜NHS 助剂（制活性酯） | 6066-82-6 | N-羟基琥珀酰亚胺 (NHS) | ≥98% | 与 EDC/DCC 配套生成 NHS 活性酯，提高羧酸-胺偶联效率；用于构建可进一步接入手柄/标签的探针中间体。 | |
偶联活化｜有机相碳二亚胺 | 538-75-0 | N,N′-二环己基碳二亚胺 溶液 | 1.0 M in methylene chloride | 有机相常用缩合剂：用于酰胺/酯化与连接臂构建；适合探针衍生化的有机合成阶段（配合 NHS/DMAP/碱可提高效率）。 | |
偶联活化｜碱（缩合用） | 7087-68-5 | N-乙基二异丙胺 溶液 | 适用于多肽合成, ~2 M in 1-methyl-2-pyrrolidinone | 常用有机碱（DIPEA）：用于 EDC/NHS、DCC 等偶联体系中捕酸、推动酰胺/酯化；适合连接臂/标签衍生化与多肽/探针合成步骤。 | |
偶联活化｜酰化催化剂 | 1122-58-3 | 4-二甲氨基吡啶 | ≥99% | 常用酰化/酯化催化剂（DMAP）：用于提高 DCC/活性酯相关缩合效率，常见于连接臂/标签/探针衍生物合成。 | |
探针手柄｜炔基构建块 | 2450-71-7 | 炔丙胺 | ≥98% | 最常用“炔基手柄”构建块：用于把炔基引入母体分子（后续可走 CuAAC/SPAAC 等路线接生物素/荧光标签）。 | |
生物正交｜Staudinger 膦试剂 | 603-35-0 | 三苯基膦 | ≥99%(GC) | 经典膦试剂：可用于叠氮相关的 Staudinger 还原/连接思路（作为点击以外的替代路线/对照化学），也常用于有机合成还原步骤。 |
表D｜富集与“探针化”模块（生物素体系 + 共价/巯基化学 + 光交联模块 + 常用溶剂/LC-MS 添加剂）
分类 | Cas编号 | 阿拉丁货号 | 名称 | 规格或纯度 | 用途与选型要点（小分子探针） |
富集标签｜生物素母体 | 58-85-5 | 生物素 | PharmPure™, USP | 亲和富集核心标签：用于链霉亲和素/亲和素体系拉下（pull-down）与富集；也常用于竞争洗脱与体系验证。 | |
富集标签｜胺反应生物素化 | 35013-72-0 | Aladdin™ NHS-Biotin | ≥99% | 生物素-NHS 酯：与胺基（Lys/N 端）快速偶联实现生物素化；用于构建生物素化探针/连接臂或做生物素化对照样品以跑通 pull-down 流程。 | |
富集标签｜可逆富集/温和洗脱 | 533-48-2 | D-脱硫生物素 | ≥95% | Desthiobiotin：与链霉亲和素结合可被生物素竞争更易洗脱；适合需要温和回收、降低不可逆吸附的 pull-down 流程。 | |
巯基位点偶联｜马来酰亚胺基团 | 541-59-3 | 马来酰亚胺 | ≥98% | Cys-SH 优先反应连接基团：用于构建“马来酰亚胺-标签/连接臂/探针”实现蛋白/肽巯基位点偶联；常见于定点标记与连接策略。 | |
巯基化学｜封闭/控背景 | 128-53-0 | N-乙基顺丁烯二酰亚胺（NEM） | Moligand™, 超纯级, ≥99% | 快速封闭游离巯基（Cys-SH），常用于裂解后“封闭/控背景”，减少非特异巯基反应与二硫键交换对探针读出的干扰。 | |
共价化学｜Cys 亲电 warhead | 79-07-2 | 氯乙酰胺 | ≥99% | 强亲电 Cys-SH 反应基团：用于共价探针/反应性片段设计与对照；需控制用量与反应时间以降低广谱非特异标记。 | |
共价化学｜Michael 受体母体/对照 | 79-06-1 | 丙烯酰胺 | Moligand™, 用于电泳, ≥99% | Michael 受体 warhead 的结构母体/反应性对照（电泳也常用）；实际共价探针通常为“骨架-丙烯酰胺”形式，需控制反应性与选择性，避免广谱非特异标记。 | |
亲核体/清除剂｜硫醇（对照/竞争） | 52-90-4 | L-半胱氨酸 | UltraBio™, ≥98.5%(RT) | 含巯基亲核体：可用于共价探针/电亲试剂的“清除/竞争”与条件对照，帮助区分特异标记与非特异反应性背景。 | |
亲核体/清除剂｜抗氧化/巯基前体 | 616-91-1 | N-乙酰-L-半胱氨酸（ NAC） | PharmPure™, USP, 欧洲药典（Ph.Eur）, ≥98.5% | 常用抗氧化/巯基相关对照试剂：用于降低氧化应激背景、也可作为反应性电亲试剂的清除/对照（常用于共价探针与样品处理边界验证）。 | |
亲核体/清除剂｜细胞内还原体系对照 | 70-18-8 | 谷胱甘肽(还原型)（GSH） | Moligand™, 用于细胞培养, ≥98% | 细胞内主要还原剂：用于评估共价探针/电亲基团在还原环境中的稳定性与“被清除”风险；也可用于竞争/清除实验降低非特异反应背景。 | |
光交联探针模块｜二苯甲酮母体 | 119-61-9 | 二苯甲酮 | 适用于合成 | 经典光亲和（photoaffinity）模块母体；可用于构建光交联探针（UV 触发形成共价捕获），帮助把瞬时互作转化为可鉴定信号。 | |
光交联探针模块｜二苯甲酮衍生物 | 134-85-0 | 4-氯二苯甲酮 | ≥99% | 二苯甲酮类光交联模块衍生物：用于合成可光交联的探针骨架（UV 触发共价捕获），便于后续富集/鉴定互作蛋白。 | |
光交联探针模块｜二苯甲酮衍生物 | 611-94-9 | 4-甲氧基二苯甲酮 | ≥98%(GC) | 二苯甲酮类光交联模块衍生物：用于构建 photoaffinity 探针并实现 UV 共价捕获，适合做互作鉴定与靶点归因支持。 | |
溶剂｜细胞处理母液/配制 | 67-68-5 | 二甲基亚砜（DMSO） | 医药级, PharmPure™ | 探针与小分子母液最常用溶剂；便于做剂量梯度与细胞处理（通常控制终浓度以减少细胞应激/假阳性）。 | |
溶剂｜合成/偶联（极性非质子） | 68-12-2 | N，N-二甲基甲酰胺（DMF） | 无水级, ≥99.8% | 常用偶联/衍生化溶剂：用于连接臂/手柄安装与有机合成阶段；也常用于配制部分难溶探针中间体。 | |
溶剂｜蛋白组学/沉淀洗涤 | 67-56-1 | 甲醇 | 制备色谱级 | 蛋白沉淀/洗涤、去盐脱脂与 LC-MS 体系常用溶剂；用于降低杂质背景、改善上机稳定性。 | |
溶剂｜LC-MS 常用 | 75-05-8 | 乙腈(ACN) | 用于DNA合成, H2O≤10 ppm | LC-MS/蛋白组学高频溶剂：用于流动相、洗脱与样品处理；低水/低杂质有助于降低背景并提高重现性。 | |
LC-MS 添加剂｜酸（样品/流动相） | 64-18-6 | 甲酸（FA） | 医药级, PharmPure™, ≥98% | 蛋白组学/LC-MS 最常用调酸添加剂（如 0.1%）；提高峰形与离子化兼容性，适合上机与脱盐流程。 | |
LC-MS 添加剂｜酸（样品/流动相） | 76-05-1 | 三氟乙酸 溶液（TFA） | 用于蛋白测序, 25% solution in water | 常用于肽段溶解、反相体系调酸与部分分离条件；用于 MS 时需注意 TFA 可能抑制电喷雾离子化，常在上机方法中控制用量或改用甲酸体系。 |
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